河內太守王匡，派遣泰山兵駐紮在河陽津，將要討伐董卓。
董卓派出疑兵假裝要在平陰渡河，暗中派遣精銳隊伍從小平津過河到達北岸，繞到敵軍背後，在河陽津以北大敗王匡的軍隊，王匡計程車兵幾乎都死了。
董卓因為東部的豪傑紛紛起兵，心中恐懼不得安寧。
初平元年二月，他就帶著皇帝遷都長安，焚燒了洛陽的宮室，將陵墓全部挖開，盜取裡面的寶物。
董卓到了長安，當上了太師，號稱尚父。他出門乘坐青蓋金華車，車廂兩側車播上都裝飾著精美的圖案，當時人們稱之為“竿摩車”。董卓的弟弟董旻擔任左將軍，被封為鄠侯；侄子董璜擔任侍中、中軍校尉，掌管兵權；董氏內外親族都在朝廷做官。
公卿見到董卓，也要跪拜於車下自報姓名，董卓從不回禮。他召喚職位在三臺尚書以下的官員自行到他府中稟報政事。修築郡塢，高度和長安城的矮牆一樣高，儲存的糧食足夠用三十年，說大事成功，就佔據天下稱雄，如果不成，守著這些家產也足以終老。
他曾經到郿塢視察，公卿以下的官員都在橫門外為他送行，董卓預先設定了帳篷，準備了酒席，誘降了幾百名北方地區的叛軍，在座位上先割掉他們的舌頭，或者斬斷他們的手腳，或者挖出他們的眼睛，或者扔進鍋裡煮死，沒有立即死掉的，都撲倒在桌子中間掙扎，參加宴會的人都嚇得發抖，筷子和湯匙都掉在地上，而董卓卻依舊喝酒吃菜，神情自若。
太史觀察天象，說會有大臣被殺害，原太尉張溫當時擔任衛尉，平素與董卓關係不好，董卓心裡非常忌恨他，因為上天將有災變，所以董卓想用他來抵擋災禍，派人揚言張溫和袁術有勾結，最終將他鞭打而死。
董卓的法令嚴苛殘酷，依據自已的愛憎濫用刑罰，人們相互誣陷，冤死的不下千人，百姓怨聲載道，在路上使眼色相互示意，董卓砸破銅人、鍾架，廢除五銖錢，改為鑄造小錢，價值五分，上面沒有文飾，錢體和錢孔沒有輪廓，也不打磨。
於是錢幣貶值，物價上漲，糧食達到幾十萬錢一斛。從此以後，錢幣就不通用了。
初平三年四月，同徒王允、尚書僕射士孫瑞、董卓的部將呂布共同謀劃誅殺董卓。
這個時候，皇帝病體剛剛恢復，在未央殿大會群臣。呂布指使同郡的騎都尉李肅等人，帶著十幾個親信士兵，偽裝成衛士守衛掖門。呂布懷裡揣著詔書。董卓到達後，李肅等人與他格鬥。董卓驚慌失措，大叫：“呂布在哪裡？”呂布說“有詔書在此”，於是殺掉董卓，滅了他的三族。
主簿田景上前撲向董卓的屍體，呂布又把他殺死了，連殺三人，其餘的人就不敢再動了，長安官民都相互慶賀，那些依附董卓的人都被關進牢獄判處了死刑。
當初，董卓的女婿中郎將牛輔率領軍隊駐紮在陝縣，他分別派造校尉李傕、郭匯、張濟劫掠陳留、穎川等縣。
董卓死後，呂布派遣李肅到陝縣，準備以皇帝下令為名殺掉牛輔，牛輔等人迎戰李肅，李肅戰敗逃往弘農，呂布就把李肅殺死了。
後來牛輔軍中計程車兵有夜裡叛逃的，兵營中一片驚慌，牛輔以為士兵都叛變了，於是取出金銀財寶，獨自與平時關係不錯的支胡赤兒等五六個人一起逃跑，穿越城北，渡過黃河，赤兒等人貪圖他的金銀財寶，將他殺死送到長安。
等到李傕等人回來後，牛輔已經戰敗了，眾人無依無靠，想要解散回家。但既然沒有赦免罪過的詔書，又聽說長安城中將要殺光涼州人，大家都感到憂愁和恐懼，不知道該做什麼，李傕等人採納賈詡的計策，於是帶領軍隊向西進軍，一路上不斷收集殘兵，當他們到達長安時，部隊已經有十幾萬人了，與董卓原來的部下樊稠、李蒙、王方等人聯合圍攻長安城。
十天後城池陷落，他們與呂布在城中激戰，呂布戰敗逃走。
李傕等人放任土兵掠奪長安百姓，幾乎殺光了百姓，屍體散亂橫陳，他們誅殺了殺死董卓的人，把王允的屍體扔在街市上示眾。
李傕等人把董卓的屍體埋葬在郡縣，狂風暴雨震開了董卓的墳墓，雨水流進了墓室，棺材漂浮起來。
李傕擔任車騎將軍，封池陽侯，兼任司隸校尉，持符節。郭汜擔任後將軍，封美陽候。樊稠擔任右將軍，封萬年侯。李傕、郭汜、樊稠專斷朝政大權。張濟擔任驃騎將軍，封平陽侯，率兵駐紮在弘農郡。
這一年，韓遂、馬騰等人歸降朝廷，帶領軍隊來到長安。
朝廷任命韓遂為鎮西將軍，派遣他駐紮涼州，任命馬騰為徵西將軍，率軍駐紮在郡縣。
侍中馬宇和諫議大夫種邵、左中郎將劉範等人暗中謀劃，想讓馬騰率兵偷襲長安，他們在城內做內應，來誅殺李催等人。當馬騰率軍到達長平觀的時候，馬宇等人的計劃洩露了，於是他們逃到愧裡。樊稠率兵迎戰馬騰，馬騰戰敗逃到涼州；樊稠又攻打槐裡，馬宇等人全部被殺死。當時長安一帶的民眾尚且有幾十萬戶，李傕等人放任士兵燒殺掠奪，攻打搶劫城邑，人民飢餓困苦，兩年的時間裡，人吃人的現象經常發生，最後人口滅絕殆盡。
