阿克巴周密的行政舉措，是出於對帝國的長期考慮，被認為給他的帝國帶來了相對的和平和穩定。除了從舍爾汗公正有效的行政遺產中受益外，阿克巴還繼續了他的軍事征服行動，以保證領土擴張和安全。1585年，他將首都改到拉合爾，在那裡建造了一座巨大的城堡，位於他偉大的孫子奧朗則布以後所修建的大清真寺的正對面，象徵著莫臥兒王朝在巴基斯坦的榮光。
由於擁有灌溉農業的水資源和當時的工業潛力，旁遮普省欣欣向榮，阿克巴巧妙地將之變成自己的優勢。他從拉合爾派遣軍隊去征服斯瓦特、馬爾丹和克什米爾。他曾被尤蘇夫柴的普什圖人所困擾，在阿托克建立一座大城堡以給普什圖地區提供軍事援助後，他征服了普什圖人印度河兩岸的領地。
他從拉合爾向印度河下游擴張，獲取了信德和鄰近的路支，並且警惕任何來自北方的、烏茲別克人可能造成的襲擊。1595年，坎大哈的波斯總督與阿巴斯·沙吵翻，遂轉而向莫臥兒宮廷表達了忠誠，雖然當時莫臥兒王朝與薩非王朝的關係還比較順心。阿克巴在拉合爾呆了十年後，回到阿格拉，重點考慮征服德干諸邦。那時他已經對造訪蘇菲派聖殿失去了興趣，重新恢復了對一些終極真理和共同信仰的追求。
除了對印度教徒表現出極大的寬容，阿克巴也試圖為印度女性帶來一些改善之舉。他禁止童婚和寡婦自焚的“薩蒂”儀式，鼓勵寡婦再婚。他還努力控制給眾多神學院、神殿和烏力馬的財力支援，以維護自己的世俗政策，同時平衡僧侶的改宗壓力。
穆斯林教士不喜歡阿克巴的世俗主義政策、與非穆斯林婦女的婚姻，以及修建廟宇的舉動。不過阿克巴出於脾性和帝國的需求，希望將他的國家變成包羅永珍的統一體。他對宗教問題的自主性、批評性的思考，在與葡萄牙耶穌會、印度教、耆那教和瑣羅亞斯德教的教士們的教派對話中顯示了出來，他甚至也邀請了一些穆斯林學者。阿克巴總體上並沒有放棄他的伊斯蘭教身份，遵循的是一種更融合的蘇菲派伊斯蘭傳統，這激怒了一些正統的烏力馬。
經過許多年努力仍未有男性繼承人之後，阿克巴開始造訪阿杰梅爾和法塔赫布林·西格里的蘇菲派神殿.並把薩利姆的出生看成是一位西格里蘇菲派教士的保佑所得。
為了表達對這位聖徒的愛，阿克巴將小王子命名為他的名字，甚至在法塔赫布林·西格里建造了一座新都城，位居阿格拉26英里之外處，靠近這個切斯蒂神殿。這個用紅色石頭建成的精美建築，有宏大的庭院、宮殿和廣場，由於缺水，最終不得不被廢棄，然而好奇的阿克巴堅持尋找終極的宗教真理和玄學命題。他專門建造了一個房間用於辯論，辯論導致他設計了自己的信仰系統——不同於伊斯蘭教和其他已經確立的宗教，稱為“神聖宗教”。
儘管所有莫臥兒王朝的繪畫中，他的頭部周圍開始出現一輪光圈，賦予他一些神靈的地位，但因為追求普遍和平的政策，阿克巴沒有逼迫顧問和臣民們改宗他的信仰。阿克巴49年的統治確保了國家的穩定，和向德干的擴張。但在生命的最後幾年，他不得不對付薩利姆的謀反，薩利姆被一些堂皇的陰謀所激發，開始發起挑釁。
根據阿布·法茲爾和一些到訪的耶穌會傳教士的記載，阿克巴是一個智慧而又寬容的人，與另外一些莫臥兒人不同，避免飲酒和吸食鴉片。而且，在他統治的最後幾年，菸草已經進入印度，但他沒有使用過。
1572年，在古傑拉特徵戰期間，阿克巴接觸到了基督教徒。他讓一位孟加拉的耶穌會教士朱裡安·佩雷拉教給他基督教神學知識，但後者有傳教士身份的限定。1578年，果阿的葡萄牙總督德梅內茲，派遣安東尼奧·加布拉到帝國宮廷，給皇帝講基督教神學。
透過與加布拉的交談，阿克巴熟悉了基督教和歐洲，接著他要求總督再給莫臥兒宮廷派遣兩位更有能力的傳教士。三位耶穌會士在莫臥兒使臣的陪同下，滿懷使那個時代最強大的君主改宗的希望，從果阿來到法塔赫布林·西格里。代表團由義大利耶穌會士拉道爾夫·阿卡維亞率領，成員包括加泰隆·斯潘尼亞、安東尼奧·蒙塞爾拉帖和弗朗西斯科·恩裡奎茲，後者是穆斯林改宗的教士。
這幾個人中，蒙塞爾拉帖最能言善辯，他記載了逗留在大陸期間所觀察到的皇帝、莫臥兒宮廷和辯論。阿克巴不僅在宮中建了小教堂，他甚至還允許傳教士們自由地向印度人傳教。但與耶穌會士們的很高期望相反，阿克巴除對天主教表示了崇高的敬意之外，並未走得更遠，也從來沒有改宗。他與高素質以及常常不同脾氣的人群交往中的機敏和不拘，源於自信和開放的辯論水平。
更熱衷於打獵、藝術和飲酒的薩利姆王子開始擔憂他的繼位問題，他害怕被兒子庫斯勞取代。阿克巴察覺到兒子的反意後，派遣他的近臣和顧問阿布·法茲爾，去勸阻王子。這位使臣在前往阿格拉的途中，被一位忠於薩利姆的印度首領神秘地殺死。阿克巴懷疑薩利姆策劃了針對阿布的暗殺行動，但試圖與兒子和解。兒子熱衷於酒精，對行政責任不感興趣，這讓阿克巴深為擔憂。
另外兩個兒子丹雅爾和穆拉德已經不幸死於酒精，而薩利姆也在同樣的路上，令阿克巴的晚年非常淚喪。阿克巴寵愛的勇敢妻子薩利姆公主自告奮勇地撮合父子之間的關係，並勸說兒子為自己幸福著想改掉壞習慣。薩利姆公主象阿克巴的母親哈米達一樣，是一位精力充沛的莫臥兒王后。
她陪護犯錯的王子回來，把他留在奶奶那裡，等待皇帝的召見。阿克巴親自去哈米達的住處，擁抱過不順從的兒子後，他將自己的頭巾放在兒子頭上，向王子保證他會繼位。
1604年，父子之間的吵鬧再起波瀾，皇帝決定採取限制行動，將兒子從瀕臨的災難中拯救出來。不過皇帝未來得及邁出這一步，因為他的母親哈米達，在1604年9月10日去世了。他再次強迫薩利姆戒掉酒精和鴉片，除派來醫生外，還將兒子單獨拘禁，但一切都沒有收到任何實質性效果。
阿克巴這位往昔莫臥兒王朝榮光的傑出建築師，現在被不幸的庭生活所折磨，開始顯示出不調和失眠的症狀，最終發展成重病。在人生的最後幾天裡，薩利姆看望了躺在床上的阿克巴。阿克巴再次向兒子保證，他會繼承王位。1605年10月25日，這位偉大的莫臥兒人去世，時年 63 歲。
1605 年，阿克巴的穆斯林葬禮在阿格拉舉行，接著他被安葬在法塔赫布林·西格里一座專門設計的陵墓中。薩利姆隨後繼位，成為父親之後的第四位莫臥兒君主。
