接到胡馬雍在德里去世的訊息後，培拉姆汗和其他一些莫臥兒的高階朝臣們立刻擁戴阿克巴登基，他當時正在旁遮普領導軍事行動。如以往一樣，新老競爭者考驗著這位年輕國王的勇氣，除了蘇利王朝的普什圖族外，一些拉吉普特人也想試試他們的軍事威力。
年輕的阿克巴生於1542年，在父親流亡波斯期間，是叔叔阿斯卡里和卡姆蘭在照顧他，他常常被詭計多端的叔叔們當作籌碼。像舍爾汗一樣，阿克巴頭腦機警而強硬。他透過了這次考驗，雖然有老練的穆尼姆汗和培拉姆汗這樣的導師，也不缺乏智力和世故，但他未受過教育。在培拉姆汗和阿克巴與蘇利競爭者纏鬥時德里落入到一位曾在蘇利王朝服役的精明印度將軍喜穆·巴卡爾手中。
在這個混亂時期，他決定自謀生路。喜穆也是一位倔強的司令，在印度嚴重的飢謹中，他只擔心如何餵飽他龐大的大象軍。普通印度人在捱餓，而每頭大象一天要喂250公斤穀物，使得人民疏遠了這位想得到德里王位的將軍。阿克巴不顧一些顧問的建議，決定與喜穆的10萬部隊和1500頭大象交戰，充分發揮大炮的威力。
顧利汗領導的莫臥兒游擊隊襲擊了疲憊的喜穆軍隊。1556年11月5日，喜穆軍在歷史性的帕尼帕特戰場發動了陣地進攻，30年前，巴布林曾在此地擊敗了易卜拉欣。培拉姆汗士氣高漲的弓箭手們瞄準了騎在領頭大象上的喜穆，並射中了他的眼睛，令這位將軍失去了意識。他的大象驚恐逃竄，直到被莫臥兒人的指揮所控制，培拉姆汗親手殺死了奄奄一息的喜穆。失去指揮的軍隊成了烏合之眾，莫臥兒人得以重新確立了威信，給其他反叛的王公和圖謀不軌的邦主們傳遞了強硬訊號。
阿克巴皇帝無數的成就中，有三者引人注目。第一，他透過與非穆斯林臣民結成緊密聯絡，將莫臥兒帝國變成了橫跨次大陸的力量。第二，他在內政管理中建立了有力的制度框架，使得王朝政權維繫了更長時間。第三，他引入了宗教寬容和文化融合政策，開啟了印度一伊斯蘭文化的一段金色歲月。在實現這些成就過程中，他得到了精心挑選的顧問團隊的幫助——常被稱作九顆寶石，包括穆斯林阿卜杜勒·法薩拉和印度教徒道達爾·馬爾，後者在一些重大問題上給皇帝提供了建議。
在宗教問題上，阿克巴善於聽取不同意見和觀點，但決策時非常堅決。毫無疑問，在16世紀最後25年，處在權力頂峰的阿克巴是他那個時代最有實力且受到廣泛尊敬的皇帝。
阿富汗人和突厥人的異議被遏制後，他將目光轉向拉吉普特王公，後者給剛剛重新恢復的莫臥兒王朝構成了嚴重威脅。這時他沒有采取沒完沒了戰爭策略，而是選擇與有合作意向的拉吉普特首領談判，給他們提供了高階宮廷職位，並與拉吉普特公主們締結婚約。阿克巴的聯姻保證了相當數量拉吉普特實力派首領們的忠誠。
他還與一些在莫臥兒宮廷有地位的印度教武士精英集團建立了婚姻關係，得到了他們的支援和忠誠。1563年，他向琥珀堡的頭領比哈里·馬爾接近，與他的女兒結婚.在此過程得到了她兩位有實力的兄弟曼·辛格和巴格萬·達斯的支援。
在另外一樁與久德普的久德哈的類似婚姻中，阿克巴再次避免讓她改宗伊斯蘭教，並在他的宮中為印度皇后們建了一座印度廟宇。久德哈是未來的王子和皇帝沙利姆的媽媽。沙利姆自己後來也與一位拉吉普特公主結婚，公主給他生下了庫拉姆，亦即未來的皇帝沙賈汗。阿克巴讓道達爾擔任了財政大臣的高階內閣職位。在阿克巴廢除向非穆斯林臣民徵收的吉茲亞稅時，曼·辛格一度擔任了高階軍職和內政職位。阿克巴沒有爭取過來梅瓦爾的統治者和拉納·桑伽的後裔拉納·烏代·辛格。
1567年，他親自領導，向這個土邦首府齊圖發動了攻擊。他的拉吉普特親戚和盟友與阿克巴並肩作戰，對付與他們有共同信仰的教徒們。莫臥兒王朝獲得了更大實力、土地和聲望。在印度北部和古傑拉特鞏固了權力之後，阿克巴向德干發動了旨在征服維查耶納伽爾和其他土邦的軍事行動。
阿克巴從周圍有才幹的人中得到了益處，他還採納了舍爾沙開創的行政和財政政策，並進一步促進了土地分配和稅收評估工作。阿克巴一反過去將領地作為永久基礎來任命世襲地方官員的做法，把忠誠和優點作為選拔地方官員的唯一標準，並常常將他們調到不同地方任職。
除了根據他們給中央政府貢獻的稅收外，他們所維持的馬匹和軍隊數量也是給這些官員分級的依據。他們被授予不同的曼沙級別，憑藉對國家的責任和服務，將來可獲得提升的希望。曼沙達爾制度下的官員們獲得的職位，是由在帝國的服務和危機時期提供的軍隊與馬匹數量來確定的。這種等級制度不完全是封建的，除了不帶永久的領地外，看起來更像歐洲的貴族制。
這些曼沙達爾的子孫們必須從頭開始，以前的世襲特權被個人的英勇和才幹所代替。由於氣候反覆無常，稅收也經常變動，不想疏遠農民的阿克巴，甚至還建造了糧倉儲存穀物，以便救急。
