然而，強大的禪宗和新的思想潮流的覺醒，偶爾也從虛飾和因襲中拯救了武士文化。在京都外的孤立桂離宮和修學院將茶室的美的原則與貴族生活方式的需求結合起來，可能是最好的家庭建築的模式。它們的線條簡單，利用天然木和周圍的花園結合，十分嚴謹，是日本建築傳統的最佳範例。
在繪畫方面，一些新風格比狩野派的藝術家更富有生命力。本阿彌光悅（1558-1637年）和儇屋宗達（？-1643年）從大和繪傳統中發展出一個非常簡單但別具風格的學派，用於裝飾性屏風、漆盒和瓷器。在尾形光琳（1658-1716年）的畫筆下，這種風格成為日本藝術的主要表現形式。在另一方面，像丸山應舉（1733-1795年）這樣的人注重現實的細節，將新的生命注入中國的單色畫。丸山細心地觀察生活，並從西方繪畫中借鑑透視和明暗法。所有這些繪畫上的新發展，都是低階的藝術家為高階的主顧在當時存在的傳統基礎上創作的作品，這是非常有趣的。
更確切地說，武士階級的特點是文人畫（或南畫），它是隨著儒家哲學的流行而興起的。業餘畫家或專業畫家都刻意追求繪畫背後的思想，培養了書卷氣和寫意畫的意識。謝蕪村（1716-1783年）和池大雅（1723-1776年）在他們的畫論中，把這種風格捧到了最高點。
然而，武士最能展示他們的創造力和勤奮之處，在學術和哲學領域，尤其是在歷史方面。因為德川時代的學者為客觀的歷史學奠定了基礎，並開始蒐集現代歷史研究所依賴的檔案和藏書。
在這個時期的歷史編纂物中，首推《本朝通鑑》。這是一部日本編年史，完成於1670年前後。它是儒家學者林氏家族以中國司馬光的《資治通鑑》為模板編寫的。其他的官方著作還有《德川實紀》，它是18一1849年完成的，記載了將軍幕府內的史事，非常詳盡。還有《寬政重修諸家譜》，成於1812年，包括了有關所有大名和將軍的重要侍臣的家族記錄。
德川時代的大名們也積極主持了著述活動，其中一部與林家的著作相媲美的“國史”是《大日本史》。這部鉅著由水戶藩的大名德川光國（1628-1709年）主持編寫，由水戶藩的修史館彰考館在1720年完成了前250卷，而整部作品直至19世紀末才完工。其他的藩主則主要致力於編寫家譜或地方誌。
在為幕府服務的儒家學者和歷史學家中，隊伍逐漸龐大。許多私人歷史也開始湧現。新井白石以其著作《讀史餘論》而聞名，這是一部研究政權如何由貴族之手轉向軍事貴族之手的理性主義之作。飯田忠彥（1816-1861年）的《大日本野史》被認為是水戶歷史的續篇。賴山陽（1780-1832年）的著作《日本外史》是一部通俗的、略帶民族主義色彩的歷史著作。同時，幕府的文獻學家縞保己一（1746-1821年）著手編纂龐大的《群書類從》，這部集合了基本史料的著作於1794年完成。它連同縞保己一的兒子編輯的續編，共有91卷，包括了3,000多種書籍，直至今天仍被認為是歷史資料的重要彙編。
自然，具有學識的人並不僅限於武士階級。德川時代湧現了許多重要的學術和哲學作者，其中許多是出身於町人或農民階層。這表明在德川社會中，受教育的機會在各個階層中都得到了顯著擴充套件。在教育設施方面，雖然幕府的昌平黌仍然是主要的官立學院，但大名辦的藩立學校在17世紀後期發展迅速，直至德川時代末期達到270所以上。此外，據說有375所以上由藩資助的學院，還出現了1,400多所私立學校。這些學校主要面向武士階級，但也不忽視普通人的教育。一些藩立學校還接納商人和農民的子弟，特別是來自農村領導人家庭的孩子，因為識字和寫字是記錄行政事務所必需的技能。此外，普通人還可以進入所謂的“寺小屋”，這是私立的初等學校，但不一定與當地的寺廟有關。據記錄，到19世紀中葉，這種寺小屋就有一萬以上。根據R.P.多爾的說法，在19世紀60年代，估計有百分之四十到五十的男子和百分之十五的女子是受過教育的。考慮到日本封閉、與外界隔絕的情況，這是非常令人驚奇的。
教育的性質本身是德川文化的主要組成部分。儘管在大多數情況下，以儒教為基礎，富有書卷氣，奉行道德標準，但卻受到了認真對待，因為它是武士和町人階級取得成功的必要條件。因此，德川人的心態是經院式的，但實際的。他們的探索方式是演繹的，在一定範圍內是靈活而實用主義的。雖然德川的經院哲學以中國儒家思想為基礎，但卻沿著自己的發展路線。這將武士引向了道德哲學、政治經濟學和歷史學等不同的學術領域。尤其是武士對武事和文藝都極為重視，因此他們對自己的行業和日本文化意識都非常忠誠。
德川時代初期，日本的儒學主要是教條主義的，他們把新儒家的經典奉為聖典。在整個德川時代，林家所主張的朱熹學派一直是恪守正統路線的。在1790年，松平定信曾試圖在幕府學院中禁止異端的教學。然而，在幕府試圖管理自己的教育機構時，卻難以控制大名領地和京都或大阪的私立學校的政策。儘管儒家教義內部存在理性主義的種子，包括理智上的質疑和懷疑，但大名們還是保持了保守的社會影響。
德川時代中期，荻生徂徠（1666-1728年）成為古學的倡導者。他主張透過查閱原著來證實對幕府政策的獨到勸告。他的著作《政談》呼籲幕府進行切實的改革，並主張幕府更堅定地執行專制主義。新井白石對日本歷史的客觀態度以及對基督教的公正評估是相稱的。他的《西洋紀聞》寫於他於17歲會見了喬瓦尼·西多蒂（1668-1714年）之後。這位義大利傳教士曾於1708年試圖秘密進入日本而被關押。在這本書中，新井對西方科學表示由衷的讚美，並明言基督教對日本無害。三浦梅園（1723-1789年）是一個沒有武士背景的學者，一生都致力於尋找答案於“眼睛為何不聽而耳朵為何不看”等問題。他無法接受儒家教義中的形式化說明，發展了一種在經驗中尋找證據的懷疑主義哲學。海保青陵（1755-1817年）發展了敦促武士政府將商業作為財源的經濟學說。他質問道：為什麼荷蘭國王積極支援商業冒險，而武士卻輕視貿易和利潤？本多利明（17-1821年）研究了世界地理，並得出結論說日本的鎖國政策是一條錯誤之路，他預見日本將衝出海洋，發展北疆以自衛。佐藤信淵（1768-1850年）廣泛閱讀了荷蘭的天文學、植物學、地理學和歷史學著作。他一生遊歷日本，勸說大名改善農業，並建議幕府對國家進行嚴格管理。
在19世紀，明顯可見各領域的作者在一定程度上受到西方科學和地理知識的影響，或是擔憂被西方文化吞噬的影響。儒家思想的晚期發展並非自發的。為了因應外來的新思想，其中一些日本人不得不拒絕並感到驚恐，而另一些人則透過繼承的儒家思想來遷就、尋求折衷。
例如，山片蟠桃（1748-1821年）試圖將西方的日心論和儒家的宇宙論結合起來，甚至將西方科學和儒家理念等同起來。然而，儒家的理性主義在科學探索中缺乏否認自身前提的勇氣，而正統思想的主線依然以道德主義和以階級為基礎的態度深深影響著德川時代人的思想。
