正始元年，王肅被外派為廣平太守。他因為公事又被徵召回來，被任命為議郎。沒過多久，他又擔任侍中，升任太常。
當時大將軍曹爽專權，任用何晏、鄧颺等人。王肅與太尉蔣濟、司農桓範談論時政，神情嚴肅地說：“這類人就是弘恭、石顯之徒，有什麼值得稱道的呢！”
曹爽聽說後，告誡何晏等人說：“一定要慎重！公卿已經把諸位比作前代的惡人了。”
王肅由於受宗廟祭祀之事的牽連而被罷免。後來他又擔任光祿勳。當時有兩條一尺長的魚，出現在武器庫的屋頂，有些官員認為這是吉兆。
王肅說：“魚本來是生活在水潭裡的，現在卻高居屋頂之上，這是因為有甲有鱗的動物失去了他們賴以生存的處所。守護邊防的將領大概有丟盔棄甲的事情發生吧？”後來果然發生了東關戰敗的事情。王肅調任河南尹。
嘉平六年，他手持符節兼任太常，侍奉皇帝車駕，在元城迎接高貴鄉公。這一年，白氣從地上升起直上天空，大將軍司馬景王問王肅其中的緣故，王肅回答說：“這是蚩尤的旗幟，東南大概發生戰亂了吧？您如果修持自身的道德來安撫百姓，那麼天下喜歡安定的人肯定會歸順有德的人，首先起來作亂的人肯定會率先滅亡。”
第二年春季，鎮東將軍毌丘儉、揚州刺史文欽造反，司馬景王對王肅說：“霍光被夏侯勝的話感動了，才開始重視儒家士人，的確是有原因的。安定國家輔佐君主，最好的方法是什麼呢？”
王肅回答說：“當年關羽帶領荊州的部眾，在漢水邊降伏了于禁，從那時起他心裡就有了向北爭奪天下的志向。後來孫權偷襲他，俘虜了他的將士和家屬，他的軍隊一下就瓦解了。現在淮南將士的父母、妻子、兒女都在內地州郡，只要前去守衛，讓敵人不能前進，一定會出現關羽土崩瓦解的情況。”
司馬昭採納了他的建議，於是大敗毌丘儉、文欽。後來王肅升任中領軍，加散騎常侍頭銜，增加食邑三百戶，算上以前的一共二千二百戶。
叔然沒有赴任。王肅撰寫《聖證論》來譏諷鄭玄的不足之處，孫叔然反駁併為此作了解釋，又撰寫了《周易例》《春秋例》，為《毛詩》《禮記》《春秋三傳》《國語》《爾雅》作註解，還有註解類書籍十多篇。自從魏初征召嫩煌士人周生烈開始，到明帝時大司農弘農人董遇等人，都相繼為經傳作注，在社會上廣為流傳。
王肅在甘露元年去世，他的門生為他服喪的有幾百人。朝廷追贈他為衛將軍，諡號是景侯。兒子王惲繼承爵位。王惲去世後，沒有兒子，封國就撤銷了。景元四年，朝廷封王肅的兒子王恂為蘭陵侯。鹹熙年間，開始建立五等爵位，朝廷認為王肅對前朝有很大的功勞，改封王恂為丞縣子爵。
當初，王肅精通賈逵、馬融的學說，卻不喜歡鄭玄的學說，採集匯通各家的不同學說，為《尚書》《詩經》《論語》《三禮》《左氏傳》作註解，還完成了父親王朗所撰寫的《易傳》，都被列入學官。他所論述的朝廷典制、郊祀、宗廟、喪紀、輕重的文章，一共有一百多篇。當時樂安郡的孫叔然，在鄭玄門下學習，有人把他稱為東州大儒。朝廷徵召他做秘書監，孫叔然沒有赴任。
王朗文識淵博而富有才學，確實都是一代的俊秀偉岸之才。魏國剛剛建立，就位列三公，算是顯赫了！王肅忠誠正直，見多識廣，可以說是子承父業啊！
