《塔什干協定》簽完後，印度總理在返回印度途中突然死亡，布托離開了阿尤布·汗的內閣。與此同時，因為交戰主要發生在西部地區，許多東巴基斯坦人提出了關於自身安全的嚴重問題。儘管中國發表了一些鼓舞士氣的宣告，東巴基斯坦人仍認為當局的主要興趣是保護西翼，置他們於不顧。東巴基斯坦缺乏任何抵抗印度打擊的能力。
此外，東巴基斯坦人對於權力和資源的持續中央化感到沮喪，把此看成主要為西部居民保留的東西。當失勢的總統失去了控制能力，而葉海亞·汗將軍在權力上升之路上具備政治掌控力後，阿尤布·汗的政治結構隨他的垮臺一併消失了。葉海亞·汗1917年生於白沙瓦，是波斯人後裔。
1938年進入印度軍隊，隨即獲得初級軍銜。作為阿尤布·汗的心腹，在陸軍元帥關注國家事務時，葉海亞·汗也獲得了更多權力，並於1966年被提升為巴基斯坦軍隊總司令。更早些時候，他曾擔任將伊斯蘭堡選為新聯邦首都的選址委員會頭頭，與美國官員也關係融洽。
葉海亞·汗影響力的提升是在1968-1969年期間，當時孤立的阿尤布·汗面臨可怕的群眾騷動，葉海亞·汗不同意總統使用武力彈壓公共示威。迫使阿尤布·汗辭職後，葉海亞·汗與其執政團隊試圖採取了一些平息公眾的措施。
1970年3月30日，他宣佈了一項由孟加拉學者喬杜裡辛勤完成的法律框架令，承諾1970年10月舉行有成人普選權的全國選舉。被提議的國民議會將有313個代表席位，根據人口分配給聯邦各組成部分。葉海亞·汗廢除了西巴基斯坦的“統一框架”，而與1955年前保持一致，巴基斯坦再次由東巴基斯坦、旁遮普、信德、西北邊省和伸路支省五個省組成每省部落地區都有特別席位。
這樣，國民議會意味著東巴基斯坦有更多代表（162席），其次是旁遮普（82席）、信德（27席）、西北邊省(18席）、俾路支省（4席）和部落地區（7席）。此外，給婦女留13席，其中7票給了東巴基斯坦。各省要有自己的地區性國民議會，而全國性國民議會要在180天內製定國家新憲法。
1969年在國內實行軍事管制法時，葉海亞·汗已經廢除了阿尤布·汗的1962年憲法，要求被提議的國民議會制定出一部新憲法。
葉海亞·汗的執政隊伍中一些成員與阿里·布托關係緊密，但對謝赫·穆吉布林·拉赫曼的六點方案持強烈反對意見，他們希望選舉中二者能有一個綜合性的結果。全國性和地方性選舉在1970年10月舉行，25個黨派的1570名候選人競爭300個席位，競選活動很為壯觀，因為這是巴基斯坦歷史上實施成人普選權後的首次選舉。
結果讓每個人都很震驚，因為拉赫曼的人民聯盟成了最大的贏家，獲得169席中的167票，而西巴基斯坦布托的巴基斯坦人民黨（PPP）在旁遮普和西北邊省獲得大多數席位（81票），成為西巴最大的政治集團。東巴基斯坦選舉是在發生大洪水和颶風時進行的，人民聯盟的選舉活動增強了人民對中央政府的不滿情緒。
葉海亞·汗與其周圍的軍事助手們，如阿卜杜爾·哈米德、阿·皮薩達、穆罕默德·烏瑪爾、提卡·汗、雅丘布·汗等將軍們與拉赫曼舉行會談，探討緩和其六點方案的可能性。布托利用他在西部的地位使自己的利益最大化，在人民聯盟內造成了對未來政治體制的嚴重疑慮。
1971年3月是關鍵性時期。在國民議會於達卡舉行的全國性會議上，中央政府和東巴基斯坦未來關係的性質似乎令大會陷入僵局。
將軍們希望保持對他們的徹底影響力，而獲勝的拉赫曼尋求實施自己的方案，同樣野心勃勃的布托則拒絕接受少數反對派領袖的角色。嚴重的僵局發展後，將軍們失去了耐心，緊隨對東巴基斯坦境內人民聯盟成員的軍事鎮壓，他們下令速捕拉赫曼和其周圍的助手。
對人民聯盟動用武力之後，葉海亞·汗與其軍事助手、布托一起.在日益增長的混亂、內戰和流血中，於3月26日飛往東巴基斯坦。他的小集團相信，強硬手段有效遏制了拉赫曼支持者們越來越強的分離主義傾向，但他們低估了犧牲和其對東巴基斯坦人的影響，以及印度正計劃從事的分離巴基斯坦的運動。
在英迪拉·甘地夫人的領導下,印度政府開始接納從孟加拉逃出的政治難民，允許他們組建一個流亡的孟加拉地方政府。印度政府還給反叛者提供道義、經濟和技術支援。隨著內戰的遷延，反叛者們組成了如解放軍這樣的軍事組織，該組織受到了印度政府的訓練和裝備，包圍著東巴基斯坦。
尼克松政府支援葉海亞·汗政權，批評了英迪拉·甘地與莫斯科的密切關係，不過除了一些支援性宣告和象徵性姿態外，華盛頓沒有采取任何實質性步驟。事實上，巴基斯坦還安排了亨利·基辛格的秘密訪問北京，促進了中美關係的緩和。華盛頓同樣關注巴基斯坦的政治穩定，這使得蘇聯在印度洋地區採取更強硬的立場。
不過，巴基斯坦當局發現很難平息公眾的反抗，他們有印度的全力支援，決心從鄰居那裡尋找合法但不合理的事。更早些時候，印度甚至禁止東西巴基斯坦的國內航班透過其領空，這使得在兩翼之間的旅行如噩夢一般。巴基斯坦軍隊和供給在運往東巴基斯坦方面越來越困難。
人民聯盟和巴基斯坦軍隊之間的對抗變成了一場內戰，雖然東巴基斯坦有一些人支援後者，但大部分公眾對持續數月之久的軍事行動感到痛苦。印度軍隊利用巴基斯坦的動盪和藉口難民出現在其領土上，進入了東巴基斯坦。士氣受挫的巴基斯坦軍隊正在那裡等待拉瓦爾品第的清晰指導。
1971年11月，葉海亞·汗和其統治層開闢了西線，不過半心半意的舉動未能阻止印度完全控制達卡，也未能阻止A.K.內亞茲（A. K. Niazi）將軍率領的巴基斯坦軍隊的投降。
1971年12月17日簽訂停火協議後，東巴基斯坦變成了孟加拉。在西巴基斯坦，公眾對於失敗和分離的憤怒無窮無盡。人們將羞辱和失敗歸咎於將軍們、印度人和聯合國。布托在聯合國發表了尖銳激烈的言辭，之後從紐約飛回，領導垂頭喪氣的老百姓。
巴基斯坦和年輕的國家孟加拉都在繼續，他們的記憶中有暴風驟雨般的過去，對未來充滿不確定感。在1971年的最後那些日子裡，印度河流域和恆河三角洲的生活，特徵是屠殺、破壞、遷移、難民營、無助感和憤怒。
