六月叛亂 為了協調即將發生的事件，蘇聯代表安德烈-日丹諾夫抵達塔林。在與當地的蘇聯支持者建立聯絡後，他指派他們在 6 月 21 日組織一次示威遊行，以支援蘇聯最後通牒的要求。
6 月 21 日，幾千人聚集在塔林的自由廣場。 他們是工廠工人、佩喬裡地區的俄羅斯人和蘇聯基地的建設者。 會議要求以尤里-烏盧茨為首的政府辭職（實際上內閣已於 6 月 17 日宣佈辭職），併成立新內閣。 整個活動得到了紅軍方隊和裝甲車的支援。
示威者從自由廣場出發，前往圖姆佩亞，隨後來到卡德里奧爾格宮，在那裡，出來迎接民眾的總統被人群的口哨聲和喧鬧聲壓制住了。 示威者代表要求更換政府。 在他們提出要求後，一些與會議組織者保持距離的不太理智的人開始發言，呼籲革命。
接著，一些示威者來到帕塔雷監獄，釋放了大約二三十名囚犯，其中包括一些共產黨員。 愛沙尼亞軍隊接到不得侵入的命令後被解除武裝。 叛軍遇到的唯一抵抗是在勞亞街上的學校，那裡的通訊營向他們開火。
同一天，根據塔林的指示，愛沙尼亞各地組織了集會和示威。 在塔林傳來訊息之前，沒有采取任何決定性行動。
新政府 6 月 21 日晚，由左翼人士和反對派知識分子組成的新內閣被任命。 醫生兼詩人約翰內斯-瓦雷斯-巴爾巴魯斯出任總理；歷史教授漢斯-克魯斯被任命為副總理；作家約翰內斯-森佩爾被任命為教育部長。 前國會議員被任命為農業、社會和內政部長， 內閣中還沒有共產黨員。
第二天提交的政府活動計劃看起來相當常規：他們承諾保障人民的權利，增加物質財富，促進民族文化，發展與所有國家的正常關係。 此外，他們還口頭承諾，愛沙尼亞的獨立和主要掌握在農民手中的政府體系以及私有財產將不會被國有化。 這些人顯然沒有意識到蘇聯的進一步意圖。
六月叛亂後，國家機器的清洗行動立即開始。 各部委的高階官員、軍隊和警察的領導層以及縣政府和市議會的首腦紛紛被撤換。 透過這種方式，關鍵職位逐漸落入共產黨人之手。
一些組織被關閉， 次要社團的領導人也被撤換。 唯一合法的政治組織變成了愛沙尼亞共產黨，但它在形式上仍然是獨立的。7 月初解散，並宣佈提前舉行選舉。
宣佈提前舉行選舉。 新議會只有一個議院，即國家議會。 為了保證議會由適合蘇聯的人組成，愛沙尼亞勞動人民協會成立了，該協會為其候選人開展了廣泛的競選活動。 民族主義團體候選人的競選方案被禁止。
7 月，愛沙尼亞舉行了真正的蘇維埃 "選舉"：只有一名候選人，選民受到恐嚇，選票是偽造的。 結果可想而知： 92.9% 的選民投票給了愛沙尼亞勞動人民協會的候選人。 7 月 17 日，結果正式公佈，當天晚上，在塔林自由廣場組織了一次大型集會，宣佈愛沙尼亞併入蘇聯。
在 7 月 21 日至 23 日召開的第一屆國家議會上，共產黨人的真正目標變得清晰起來。 首先，愛沙尼亞共和國更名為愛沙尼亞蘇維埃社會主義共和國。 決定申請加入蘇聯。 國務委員會開始制定《愛沙尼亞蘇維埃社會主義共和國憲法》，並解除了康斯坦丁-帕茨的總統職務（7 月底，他和家人被驅逐到蘇聯）。 同屆國務委員會會議決定進行土地改革，並將大型企業和金融機構國有化。
1940 年 8 月 6 日，蘇聯最高蘇維埃滿足了 "愛沙尼亞人民的要求"，將愛沙尼亞併入蘇聯。
1940 年 8 月 25 日，國家議會透過了以蘇聯憲法為基礎的《愛沙尼亞蘇維埃社會主義共和國憲法》。
最高蘇維埃被賦予了立法權，並將國家議會更名為最高蘇維埃。 該機構實際上沒有真正的立法權。 議員們只需批准來自莫斯科的命令。 為了管理最高蘇維埃，成立了最高蘇維埃主席團。 約翰內斯-瓦雷斯-巴爾巴魯斯被任命為主席團主席。
由 13 名成員組成的人民委員蘇維埃掌握著執行權。 他們的任務也是完全服從莫斯科的命令。 共產黨員約翰內斯-勞里斯丁被任命為蘇維埃主席。
地方政府系統也進行了重組。 執行委員會取代了市議會和縣議會。憲法確定了共產黨在愛沙尼亞社會中的領導地位。 以前作為獨立組織的愛沙尼亞共產黨（ECP）成為了俄共布林什維克黨的一部分。
愛沙尼亞共產黨的黨員人數在一年內從 130 人增加到 3700 人。 增加的部分原因是來自蘇聯其他地區的工作人員，但增加的原因也包括支援新政權的當地人。 卡爾-薩雷成為愛沙尼亞共產主義布林什維克黨的第一書記，而第二書記一職則由一位曾旅居俄國的愛沙尼亞人尼古拉-卡羅塔姆擔任。 這種由莫斯科使者支援的愛沙尼亞人擔任領導職務的制度成為了典型。
接下來，愛沙尼亞的立法被俄羅斯蘇維埃聯邦社會主義共和國的立法所取代。 愛沙尼亞成立了人民法院，這是典型的蘇維埃法院系統。 愛沙尼亞警察被工農民兵取代。 愛沙尼亞軍隊改編為紅軍第 22 本土步兵團。
經濟改革。 經濟重組從國有化開始。 工業企業、運輸機構、商業公司和金融機構以及較大的房屋（幾乎佔所有住宅面積的一半）都被國有化。 只有小型貿易和工業企業仍為私有。
經濟由中央管理。為了推行指令性經濟，在新成立的國家計劃委員會的協調下，開始編制經濟計劃。
在土地改革過程中，建立了國家土地基金。 這包括從教會、地方政府和離開愛沙尼亞的人那裡沒收的土地，以及從大農場徵用的土地。 規定了農場的最大面積，即 30 公頃。 作為社會主義集體農莊的第一種形式，愛沙尼亞在重組的莊園基礎上建立了國營農場，併為建立集體農莊做準備。 還成立了九個集體農莊。 蘇聯當局認為愛沙尼亞尚未做好大規模集體化的準備。 成功組建集體農莊的一個先決條件是讓農民陷入貧困，用低得離譜的價格強制國家收購。
1940 年 11 月進行了貨幣改革，用盧布取代愛沙尼亞克朗，匯率為 1 克朗兌 1.25 盧布（實際匯率應為 1 克朗兌 10 盧布），導致生活水平急劇下降。 隨後，工業品和食品價格迅速上漲。愛沙尼亞人開始認識到蘇聯的另一個典型特徵：商品長期短缺。 愛沙尼亞立即開展了一場符合蘇聯標準的文化革命。學校課程得到改進，增加了幾門必修課，如馬克思列寧主義、蘇聯歷史、憲法和俄語。
大多數小型雜誌和報紙被關閉。 少數獲准發行的報紙和雜誌的發行量大幅增加。 蘇聯教科書、蘇聯小說譯本和社會政治文學，特別是《蘇共布林什維克黨史簡明教程》大量出版。
美術的任務是 "擺脫衰落的歐洲腐朽藝術的影響"，美化蘇維埃政權。 主要的 "藝術作品 "變成了宣傳海報和蘇維埃國家元首的炫耀性肖像，劇院、電影院和音樂會的劇目被蘇維埃作家的作品所取代。 愛沙尼亞作家的作品。 愛沙尼亞和外國作家的作品只允許在有限的範圍內展示。
對早期文化價值觀的破壞開始了：雕像被拆毀，一些書籍被禁，業餘協會和團體被解散，不受歡迎的有創造力的人要麼被完全拋棄，要麼被逮捕和驅逐出境。
實際上，第一批逮捕行動在 6 月 17 日就已開始，但在愛沙尼亞併入蘇聯，內務人民委員會（NKVD）開始在愛沙尼亞開展工作後，逮捕行動的規模變得十分龐大。 根據蘇聯法律，他們因在獨立後的愛沙尼亞犯下的罪行而被定罪。 1941 年，逮捕人數激增。 屬於社會不同階層的人都被逮捕，包括工人，甚至還有蘇維埃活動家。 沒有人能確定明天會發生什麼。 官方對逮捕事件隻字不提，這更加重了人們的恐懼。
1941 年 6 月 14 日，鎮壓政策達到高潮，波羅的海三國同時進行了大規模驅逐。 超過 10 000 名被認為有潛在危險的人被驅逐出愛沙尼亞。成年男子（佔少數）被宣佈被捕並被送往戰俘營，其中大多數人死在那裡。 沒有人被起訴或判刑。
