陸軍戰爭 以卡里斯-烏爾馬尼斯為首的拉脫維亞臨時政府在捍衛獨立時遇到了嚴重困難。 由於組建的民族步槍團加入了布林什維克，他們不得不向德國人求援。
因此，拉脫維亞的主要保衛者變成了由波羅的海德國人組成的波羅的海陸軍和由德國志願兵組成的鐵甲師。 他們的活動由德國將軍呂迪格爾-馮-德-戈爾茨協調。 他在波羅的海德國人的支援下制定了影響深遠的計劃。 4 月，德國人組織了一場政變，用安德利夫斯-尼德拉領導的德意志政府取代了烏爾馬尼斯政府。
佔領里加後，德軍本應轉向東方追擊撤退的布林什維克，但他們卻轉向北方，於 6 月初在採西斯附近襲擊了愛沙尼亞國民軍的先頭部隊。 德軍的目的是讓拉脫維亞儘可能大的地區臣服於尼德拉政府。 愛沙尼亞軍隊指揮部與烏爾馬尼斯內閣達成協議，不承認尼德拉傀儡政府。 他們要求德國人撤出。
6 月初發生的武裝衝突演變成了一場嚴重的軍事衝突。 在採西斯附近持續四天的激戰中，國民軍擊退了馮-德-戈爾茨的兵團。 佔領採西斯的日子，即 6 月 23 日，自此被定為愛沙尼亞的勝利日。
德軍被追至里加，只有西方盟國的干預才使里加沒有被愛沙尼亞軍隊佔領。 停戰協議的簽訂迫使德國人放棄了他們的計劃。 這也標誌著愛沙尼亞人戰勝了長期佔領者。 在拉脫維亞，烏爾馬尼斯政府重新掌權。
和平之路 1919 年夏，愛沙尼亞境外的軍事活動仍在繼續。 其主要負擔由俄國白衛軍承擔。 不幸的是，西北軍（前身為北方軍團）的領導者未能得到平民的支援，這削弱了其軍事力量，紅軍的不斷進攻迫使其向愛沙尼亞撤退。
為了防止軍事活動轉移到愛沙尼亞境內，越來越多的愛沙尼亞軍隊投入到俄國領土上的戰鬥中。 大多數愛沙尼亞士兵都不想在俄羅斯冒生命危險，西北軍的領導層更是毫不掩飾他們對愛沙尼亞獨立的不滿。 他們許諾，一旦統一而不可分割的俄羅斯帝國復辟，就立即摧毀 "馬鈴薯共和國"。
與此同時，蘇維埃俄國政府也表示希望結束戰爭。 愛沙尼亞工人公社委員會被解散，愛沙尼亞共產黨步槍團被調往俄國內戰的其他前線。 這樣，莫斯科承認獨立戰爭實際上是兩個不同國家--愛沙尼亞和俄羅斯--之間的戰爭，因此，與內戰不同，可以透過國家間的共同條約結束戰爭。 8 月底，俄羅斯外交人民委員格奧爾基-奇切林向塔林發來電報，表示願意開始和談。
和談於 9 月中旬在普斯科夫舉行，但沒有取得任何結果，因為協約國仍希望推翻蘇維埃政權，對小國退出戰爭不感興趣。 其他小國，如芬蘭、拉脫維亞和立陶宛，也沒有加入愛沙尼亞的努力，但愛沙尼亞的政治家們不敢與俄國單獨媾和。
西北軍的彼得格勒行動。 10 月，西北軍為佔領彼得格勒發動了大範圍攻勢。 儘管與俄國白衛軍的關係日益緊張，愛沙尼亞軍隊還是從側翼支援了進攻。 愛沙尼亞海軍在芬蘭灣南岸進行了數次登陸，其第 2 師和第 3 師在普斯科夫和皮塔洛沃-奧斯特羅夫前線積極作戰。
紅軍在普爾科沃丘陵發動的反擊標誌著西北軍開始失敗。 士氣低落的俄軍倉皇逃往愛沙尼亞。 政府決定解除西北軍的武裝。 這使愛沙尼亞擺脫了一個令人不快的盟友，但也意味著愛沙尼亞軍隊必須接管愛沙尼亞所有邊境的防務。
10 月，拉脫維亞發生的一起事件表明，德國的威脅尚未完全離開波羅的海國家。 在帕維爾-貝蒙特-阿瓦洛夫的領導下，由德國人和俄國人組成的志願部隊向里加發起了進攻。 他們佔領了道加瓦河南岸。 在這種絕望的情況下，烏爾馬尼斯政府請求愛沙尼亞提供幫助。 兩列裝甲列車被派往裡加，幫助消除了貝蒙特部隊帶來的危險。
納爾瓦防禦戰 到 11 月中旬，紅軍已到達納爾瓦附近的防禦工事。 蘇軍總部決定不惜一切代價佔領納爾瓦，並在納爾瓦附近集結了一支由 16 萬士兵組成的軍隊，擁有 200 多件武器。 愛沙尼亞方面也調集了所有後備力量，到 12 月初，布林什維克的第一次進攻被擊退。
12 月初，和平談判在塔爾圖開始。 為了支援俄國代表團的主張，紅軍開始對納爾瓦發動了新一輪進攻。 到本月中旬，克里瓦蘇和韋斯卡的形勢變得十分嚴峻，因為突破前線的布林什維克即將切斷納爾瓦和塔林之間的連線通道，並將納爾瓦的守軍與愛沙尼亞其他地區隔離開來。 愛沙尼亞軍隊付出了高昂的傷亡代價，成功地消除了這一危險。
12 月的最後幾天，紅軍最後一次試圖佔領納爾瓦。 1919 年 12 月 31 日，疲憊不堪的紅軍團停止了戰鬥。
塔爾圖和談。 西北軍的彼得格勒行動失敗後，西方國家開始失去推翻蘇俄政權的希望。 愛沙尼亞政府利用這一事實，於 11 月開始準備繼續與莫斯科進行和談。 由於愛沙尼亞的經濟狀況和軍事形勢，迅速締結和平至關重要；紅軍即將再次進攻愛沙尼亞邊境，而愛沙尼亞人卻因戰爭而疲憊不堪。
由於其他波羅的海國家不同意開始聯合和談，愛沙尼亞決定單獨媾和。 俄羅斯接受了愛沙尼亞的提議。
在塔爾圖和談中，愛沙尼亞代表團由亞安-波斯卡率領，俄羅斯代表團由阿道夫-約菲率領。 討論的第一階段（1919 年 12 月）旨在達成停戰協議。 除了結束軍事活動外，停戰還必須使雙方相互承認並確定未來的邊界線。
關於兩國未來邊界的討論最為激烈，因為布林什維克聲稱擁有整個佩喬裡地區和一半的維魯馬地區（直到昆達）。
紅軍在納爾瓦的進攻失敗迫使俄國外交官屈服，12 月 31 日簽訂了停戰協定，並於 1 月 3 日上午 10 點 30 分生效。和談在新的一年繼續進行。這一次，雙方討論了幾個經濟問題，如愛沙尼亞和俄國的相互債務、愛沙尼亞在俄國黃金儲備中的份額、從愛沙尼亞撤往俄國的財產的命運等。
經過一個月的辯論，愛沙尼亞代表團取得了不少成果。 愛沙尼亞欠俄羅斯的金融債務被取消。 會議決定從俄國黃金儲備中支付愛沙尼亞1500萬金盧布的份額。 布林什維克承諾向愛沙尼亞歸還所有運往俄國的文化珍品，並與愛沙尼亞簽訂有利的經濟協議。
和平條約於 1920 年 2 月 2 日第一時間簽署。 愛沙尼亞獲得了令人滿意的邊界線。 蘇維埃俄國宣佈，它將 "明確承認愛沙尼亞的獨立，並將永遠放棄俄國對愛沙尼亞土地和人民擁有的一切主權權利...... "所有居住在俄國的愛沙尼亞人都獲得了返回祖國的權利，蘇維埃政府解散了在俄國內戰南部前線作戰的愛沙尼亞共產黨軍事部隊。 直到現在，愛沙尼亞人才有機會開始建設兩年前宣佈成立的愛沙尼亞共和國。
