戰爭前夕的波羅的海國家。 波羅的海幾乎成了瑞典的內海，因此即使是對所有其他外國船隻徵稅的丹麥也無法向瑞典船隻徵稅。 波蘭、丹麥和俄國反對瑞典在波羅的海的霸權。 它們都對瑞典的部分領土提出了要求。
到本世紀末，一個有利的機會出現了。 俄羅斯與波蘭的關係有所改善，而且由於簽訂了和平條約，兩國在一段時間內擺脫了土耳其在其南部邊境的危險。 瑞典的盟國英國、法國和神聖羅馬帝國則忙於解決各自的問題。 1695-1697 年的饑荒使國家的重要部分癱瘓。 1697 年，國王卡爾十一世逝世。 15 歲即位的新國王卡爾十二世缺乏經驗。 愛沙尼亞和立窩尼亞的部分貴族在政治上反對瑞典，並準備承認波蘭國王為主人。
1699 年，當選為波蘭國王的薩克森親王奧古斯特二世（強者奧古斯特）、俄國沙皇彼得一世和丹麥國王弗雷德裡克四世結成了反對瑞典的聯盟。 根據協議，一旦取得勝利，愛沙尼亞和利沃尼亞將臣服於波蘭。
儘管困難重重，瑞典仍保持著軍事實力。 它的礦山和工廠生產了世界上 30% 以上的鑄鐵和鋼材，這使得它能夠生產優質武器。 大量的自由農民使瑞典能夠維持一支廉價、高效和愛國的軍隊，這使瑞典與歐洲僱傭軍相比更具優勢。
戰爭開始 1700 年 2 月 12 日前夕，奧古斯特二世的薩克森軍隊集結在庫羅尼亞，進攻里加，大北歐戰爭爆發。 利沃尼亞總督意識到了危險，並採取了預防措施。 撒克遜人對里加進行了長時間的圍攻，但沒有成功。 1700 年夏，丹麥軍隊征服了瑞典在德意志的一些屬地。
然而，由於瑞典軍隊迅速圍攻哥本哈根，丹麥被迫立即求和。 秋天，俄國軍隊在納爾瓦附近集結。 10 月下旬，主力部隊在彼得大帝的指揮下開始猛烈轟炸該城。 與此同時，鮑里斯-謝列梅季耶文率領 5000 名騎兵攻入維魯馬，一直打到拉克韋爾，無情地蹂躪了這片土地。
在這種情況下，年輕的瑞典國王卡爾十二世採取了嫻熟而果斷的行動。 10 月初，他率領主力部隊在佩爾努登陸，決定首先進攻俄國人。
納爾瓦戰役 瑞典軍隊從派爾努出發，穿過塔林到達拉克韋爾，在那裡匆忙集結了人馬所需的補給品。 瑞典先頭部隊在前進途中，在普哈約與謝列梅季耶夫的騎兵相遇。 儘管俄國人佔據了河右岸高地的有利位置，但他們還是被輕而易舉地擊潰了。
瑞典戰報記載了一位名叫斯蒂芬-拉貝（愛沙尼亞語為 Ronga Tehvan）的愛沙尼亞農民，據說他率領部隊衝到了俄國人的後方，保證了戰鬥的迅速成功。
抵達納爾瓦後，卡爾十二世率領 10,500 人迎戰 30,000 人的俄軍。 在戰鬥的前一天，彼得因不明原因離開了他計程車兵，將部隊的指揮權交給了奧地利的克羅伊公爵。
在大霧的掩護下，瑞典軍隊直逼俄國防線。 11 月 19 日下午 2 點，卡爾十二世下達了衝鋒命令。 暴風雪剛剛颳起，風從瑞典人的背後直接吹向俄國人。 俄軍逃離戰場，但由於橋樑被毀，許多人淹死在寒冷的河水中。 俄軍指揮部中由外國人組成的部分投向了瑞典一方。 一些孤立的俄軍部隊英勇抵抗，但也在夜幕降臨前投降、
包括所有大炮在內的大部分俄軍作戰裝備都成了勝利者的戰利品。在納爾瓦取得輝煌勝利後，瑞典人還組織了對納爾瓦河以外地區的掠奪。 由於兵力不足和冬季來臨，繼續作戰已不可能。 瑞典軍隊和他們年輕的國王留在了萊塞過冬。
1701 年，瑞典王室軍隊離開了愛沙尼亞。 由安東-馮-施利本巴赫指揮的小規模守備部隊和野戰部隊留守利沃尼亞。
俄國的成功 在接受了納爾瓦戰役的失敗後，俄國人鮑里斯-謝列梅季耶夫的指揮下，在普斯科夫集結了新的部隊。 1701 年 9 月，20,000 名俄羅斯人分三路入侵愛沙尼亞東南部，但被 2,000 名瑞典守軍逼退。 在得到增援後，俄國人於 12 月底再次越過邊境。 在卡涅皮附近的埃拉斯特維爾莊園，俄軍以三比一的優勢擊敗瑞典人，取得了他們在北方大戰中的第一次重要勝利。
埃拉斯特維爾戰役是瑞典野戰軍在利沃尼亞遭受的一系列失敗中的第一次。 1702 年 7 月，瑞典人在瓦爾加附近的胡姆利莊園戰役中被擊敗。 人們甚至看到撤退的瑞典士兵
大北方戰爭（1700-1721 年）在帕爾努。 從此，馮-施利本巴赫的軍隊再也無法阻止俄國軍隊對利沃尼亞和愛沙尼亞的掠奪。
1703 年，俄國人無情地蹂躪了整個愛沙尼亞東部地區，直至維爾揚迪和耶爾瓦地區。 謝列梅季耶夫在寫給沙皇的信中公開寫道 "在敵人的土地上已經沒有什麼可破壞的了。
男人、女人和孩子成千上萬地被俘虜，馬匹和牲畜也是如此。 整個利沃尼亞和愛沙尼亞的部分地區空無一人，定居點只存在於地圖上。 在我看來，所有躲在沼澤和樹林裡的人都堅定地站在你們一邊"。 然而，愛沙尼亞的所有城鎮仍在瑞典人手中，他們的海軍完全控制了佩普西湖。
1704 年 5 月上旬，一支排列整齊的瑞典艦隊從塔爾圖駛向佩皮西湖。 由於缺乏謹慎，瑞典人在卡斯特雷附近落入了俄國人設下的陷阱。在狹窄的河道中沒有任何機動空間，大船無法進行任何抵抗。 為了不把旗艦拱手讓給俄國人，船員們炸燬了旗艦，隨船沉沒。 其他船隻則落入俄軍之手。 俄羅斯人將佩普西湖置於自己的控制之下後，就可以利用水路向塔爾圖和納爾瓦運輸重型攻城炮了。
1704 年 6 月，彼得一世再次試圖圍攻納爾瓦，之後又試圖圍攻塔爾圖。 對塔爾圖的轟炸沒有取得成功，這讓沙皇感到緊張，於是他親自出馬。 在彼得一世的指揮下，部隊開始從臨河一側拆除舊防線。 7 月 12 日，空襲開始，第二天早上，塔爾圖投降。 集中在納爾瓦的部隊也在 8 月 9 日的突襲中佔領了該城。
戰爭年代的愛沙尼亞農民。 戰爭給愛沙尼亞農民帶來了可怕的苦難。 在生活在恐怖統治下的地區，根本無法耕作。 在北方大戰的最初幾年，許多家庭試圖在愛沙尼亞西部地區重新定居。 人們還在樹林和沼澤島尋求庇護。
戰爭也增加了農民的義務、因為瑞典的政策所依據的原則是，戰爭所在國承擔戰爭費用。 軍隊在行軍途中會任意拿走他們需要的一切。 住宿和強制運輸的任務也很繁重。 1700 年，已經出現了一些農民騷亂。 農民通常拒絕履行義務，有時還會搶劫莊園。 這些起義大多發生在愛沙尼亞東南部，一些農民已經逃往俄國。
戰爭在愛沙尼亞境內再次爆發。 最重要的一次戰役發生在文尼莊園的田野上，最終以瑞典人的失敗而告終。 這也是愛沙尼亞最後一次重要的野戰。
瑞典還試圖招募愛沙尼亞農民加入瑞典軍隊。 以軍官為首計程車兵小組經常透過詐騙或暴力手段，在全國各地強迫農民加入瑞典軍隊。 與此同時，許多愛沙尼亞人自願參軍，甚至是為了解除他們在莊園的職責。 民兵部隊由當地人組成，他們的武器僅限於從俄國人手中奪來的舊槍和舊劍。
不過，農民們還是表現出了非凡的戰鬥精神。 例如，塔爾圖指揮官對兩個民兵營在城鎮保衛戰中的英勇表現給予了高度評價。 在大北方戰爭期間，約有 15000 名愛沙尼亞人被徵召入伍，其中一些人晉升為軍官。
然而，北方大戰的最終結果仍未確定。 俄國人擔心卡爾十二世會返回愛沙尼亞和利沃尼亞，也不確定他們能否奪取被征服的領土。
1708 年冬，塔爾圖和納爾瓦的所有居民及其家人被驅逐到俄羅斯，同年夏天，塔爾圖幾乎被全部炸燬。 被認為是第一位愛沙尼亞裔詩人的普哈牧師卡蘇-漢斯在一篇 "哀歌 "中描述了這一事件。
在 1709 年 6 月底舉行的波爾塔瓦戰役中，彼得大帝徹底擊潰了瑞典人的主力部隊。 現在，瑞典人再也無力控制愛沙尼亞和利沃尼亞了。 1710 年初，里加向佔上風的俄軍投降，8 月庫雷薩雷和派爾努相繼投降，9 月塔林投降。 瘟疫在一些駐軍中造成一半以上計程車兵死亡，也削弱了圍城的抵抗力。 1710 年 9 月 29 日，在塔林附近的哈庫莊園簽署了一份投降書，根據該書，瑞典軍隊投降，愛沙尼亞貴族和塔林承認了俄羅斯的霸權。
大北方戰爭結束，愛沙尼亞併入俄國。 雖然塔林投降了，公開的軍事活動也停止了，但愛沙尼亞人的苦難還沒有結束。 1710-11 年間，在瑞典軍隊中開始蔓延的瘟疫殺死了 1710-1711 年戰爭中倖存的一半以上的農民。
塔林四分之三的人口死於鼠疫，人口減少到 12-140 000 人。 國家處於混亂狀態，成群結隊的強盜（農民和退伍士兵）--即所謂的搶劫者--四處橫行。 其中一些人還來自俄國。
塔林投降後，大北方戰爭又持續了十幾年。 雖然瑞典陸軍被打垮了，但它的海軍仍然相當強大。 資金短缺給國家造成了困難。 在此之前，戰爭是以各省為代價的，但現在戰爭開始耗費瑞典自身的資金。 卡爾十二世準備將其波羅的海領地拱手讓給俄國，但卻想統一丹麥的挪威。
在1718年對挪威的一次戰役中，國王被殺。瑞典軍事指揮部仍試圖繼續與俄羅斯作戰，但在1720年的一次決定性海戰中失敗，使瑞典的海岸線暴露在敵軍面前。
因此，1721 年簽訂了《烏西卡烏蓬基和約》，根據該和約，俄國獲得了愛沙尼亞、利沃尼亞、英吉利亞和包括維堡在內的芬蘭東南部的一部分。 俄羅斯將戰爭期間佔領的芬蘭領土歸還給瑞典，並支付了 200 萬托勒的賠款。 瑞典獲得了從愛沙尼亞和利沃尼亞免稅進口穀物的權利，當時的價格為 50000 盧布。
