路德教會的組織基礎只有在瑞典統治在愛沙尼亞牢牢紮根之後才能奠定。 利沃尼亞戰爭導致教會的狀況非常糟糕。 教堂建築被毀或遭到嚴重破壞，大多數教會失去了神職人員。 除了物質上的損失，古老宗教的習俗又開始在農民中傳播。 死者被埋葬在古老的墳冢中，洗禮和教堂婚禮被放棄，參加聖餐的人更少。 牧師們缺乏教育和道德。 十七世紀初繼續進行的軍事活動又一次帶來了挫折，一切都得從頭開始。 約阿希姆-耶林被證明是瑞典統治時期愛沙尼亞最有活力的主教。
正是他在任期間（1638-1657 年）為路德教會在愛沙尼亞奠定了堅實的基礎。在利沃尼亞，天主教波蘭的統治阻礙了路德教會的活動。 在利沃尼亞從屬於瑞典之前，利沃尼亞農村教會只有五位路德會牧師。 仿效埃斯頓的做法，利沃尼亞成立了路德教會管理機構--教會理事會。 塔爾圖大學成立後，利沃尼亞的教會管理機構轉移到了塔爾圖，大部分大學教授都擔任了總監。
利沃尼亞最傑出的總監是約翰-費舍爾（1675-1699 年），他被稱為利沃尼亞的新使徒。 促進教育、出版通俗讀物和鞏固利沃尼亞教會組織是費舍爾的主要成就。 瑞典在愛沙尼亞全境建立統治時，正值歐洲三十年戰爭--歐洲天主教國家和新教國家的對抗。 瑞典當局還將教會視為一個有助於使愛沙尼亞和利沃尼亞更快融入瑞典的機構。 這包括對任何偏離正統路德教教義的宗教運動或教派持否定態度。
十七世紀初繼續進行的軍事活動又一次導致了挫折，因此一切都必須從頭開始。 約阿希姆-耶林被證明是瑞典統治時期愛沙尼亞最有活力的主教。 在他任職期間（1638-1657 年），他成功地為路德教會在愛沙尼亞建立了堅實的基礎。
當地的路德教會試圖反對新宗教運動的傳播，尤其是虔誠主義，它在國家當局的支援下從德國傳播到波羅的海國家。 支援宗教改革運動的學生被禁止進入大學。 一些支援虔誠主義的牧師被解僱並驅逐出境。 從許多方面來看，對皮克特主義蔓延的恐懼是不合理的，與皮克特主義的鬥爭削弱了宗教運動。
在瑞典統治時期，路德教成為愛沙尼亞的主要宗教。 隨著被毀教堂的修復和新教堂的修建，教會的物質條件得到了改善。 牧師的教育水平也得到了相當程度的提高。
到瑞典統治末期，大多數牧師都受過大學教育，能夠用愛沙尼亞語佈道。 農民對教會的態度也變得更加友好。 為了處理會眾的經濟事務，從農民中選出了教堂管理員，這反過來又拉近了農民與教會的距離。
反對異端 十七世紀，路德教對於大多數愛沙尼亞人來說仍然是陌生的。 在中世紀，古老的愛沙尼亞宗教與天主教傳統混雜在一起，因此對路德教牧師來說，將這種宗教發揚光大並非易事。 牧師們認為人們的信仰是迷信，因此極為有害，他們摧毀了那些在戰爭時期被重新使用的祭祀場所。
1642 年，烏爾瓦斯特教區的奧蘇拉發生了一場被稱為 "普哈約起義 "的農民大騷亂，這也與異端邪說有關。 當地的一個地主在 Võhandu 河上建了一個水磨坊，而農民們卻認為它是神聖的。農民們認為歉收給國家造成的破壞是對汙染河流的報復，因此摧毀了水磨坊和堤壩。
雖然派往當地的軍隊成功鎮壓了叛亂，但當地牧師不得不承認，農民 "根本不瞭解上帝和他的話語，也不知道信仰和誡命。 他們的盲目、異端、偶像和巫術已經到了無以復加的地步。
依靠瑞典當局的支援，新教教會在迫害女巫方面表現得特別熱心。 當時，全國各地都發生過對巫師的審判，像民間醫生這樣比較活躍和有才華的人往往成為這種審判的犧牲品。
匿名告發也為懷疑某人使用巫術提供了理由。 1623 年，總督薩姆森出版了關於如何識別女巫以及如何處理女巫的詳細說明。 這樣一份 "女巫識別指南 "為新的審判提供了依據。 起初，被告面臨的是 "水刑"。被告的手腳被捆綁，然後用繩子放進水裡。
人們相信，無辜的人會沉入水底，而女巫則會留在水面上。 如果 "水刑 "顯示被指控者是女巫，此人將在殘酷的酷刑下被迫承認最荒謬的指控。 被綁在火刑柱上燒死是對女巫的常見懲罰，但在瑞典統治末期，被處以劍刑更為常見。 不過，在後來的女巫審判中，死刑變得相當罕見，被定罪者會被關進教堂附近的柱子裡並遭到毆打。
愛沙尼亞最後一次因女巫審判而執行死刑是在 1699 年。 為了加強路德教的影響力，當局認為有必要普及掃盲。 最初，教區書記（牧師的助手）應該教農民的孩子閱讀。然而，由於教區書記很少，而且他們缺乏教育，掃盲工作開展得非常困難。
本特-戈特弗裡德-福瑟留斯成長於一個對農民友好的家庭，他承擔了這項極其艱鉅的任務。 他於 1660 年左右出生在哈留地區的哈留-馬迪斯教區，父親是來自芬蘭的瑞典牧師。 福瑟留斯還能說一口流利的愛沙尼亞語和德語。 在塔林的一所高等院校學習並在德國的一所大學學習了一段時間後，這位年輕的教師開始免費教授農家子弟。
1684 年，一所師範學院在塔爾圖附近的 Piiskopimõisa 成立，目的是培訓愛沙尼亞學校教師和教區書記。 福瑟留斯是該校唯一的教師。 學制為兩年，大部分學生來自塔爾圖附近。 主要重點是流利閱讀和宗教教育，同時還教授一些讚美詩、書籍裝幀、德語和計算。 福瑟留斯引入了一種新方法，即讓一名男孩大聲朗讀，其他男孩默默跟讀，從而更快地掌握閱讀能力。 從 1686 年起，福瑟留斯自己編寫的新印刷字母書開始使用。
不喜歡農民接受教育的地主們開始散佈學校有害的謠言。 為了打破反對的聲音，精力充沛的福瑟留斯帶著他最好的兩個學生--來自坎布賈教區的伊格納茨-賈克和帕克裡-漢蘇-居里--長途跋涉前往斯德哥爾摩。
1688 年，福斯克利烏斯再次前往斯托克霍爾姆，在那裡他被任命為愛沙尼亞和利沃尼亞農民學校的督學，並被授予在必要的地方建立學校的 "許可和權力"。 然而，在返回途中，年輕的福瑟留斯在波羅的海的一場秋季風暴中喪生。 師範學院的工作停止了。 然而，人們對公共教育的未來充滿了樂觀。 四年內，約有 160 名愛沙尼亞年輕人在神學院接受了教育。
有證據表明，在福瑟留斯任職期間，愛沙尼亞有 41 所農民學校，其中大部分位於南愛沙尼亞。 1687 年，利沃尼亞議會決定，地主必須在每個教區建立一所學校，並支付當地教師的工資。 然而，學校建設進展緩慢，教學通常在穀倉住宅中進行。 儘管貴族中仍有一些人反對，但很快愛沙尼亞境內的大多數教區都有了學校。
除了學校，家庭教育在教兒童閱讀方面也發揮了重要作用。 在瑞典統治末期，愛沙尼亞人識字的比例非常高。 據桑加斯特的一位進步牧師 Chilian Rauschert 稱，甚至牧民也會一邊看牛一邊看書。 他還認為，"愛沙尼亞人就像休耕地，如果砍掉上面生長的灌木，就能獲得豐收"。
愛沙尼亞文字。 除了促進大眾教育，路德教會認為將《聖經》翻譯成白話文也很重要。 聖經》的形象風格不僅要求譯者精通愛沙尼亞語，還要求譯者衍生和發明一些新詞。 當時愛沙尼亞語分為北愛沙尼亞語和南愛沙尼亞語兩種文學語言，這使得這項任務變得更加複雜。
