愛沙尼亞農民起義。 對於當地農民來說，戰爭帶來的只有苦難和責任。 雙方都對村莊進行了掠奪和軍事襲擊，但村莊卻沒有受到任何保護。 農民也被徵召入伍。
在某些情況下，農民利用壓迫者失去權力的機會進行報復。 一些德國人被處死，豪宅被燒燬。 農民認為俄國人是他們敵人的敵人，在戰爭初期，他們有時會作為間諜和嚮導協助俄國人。 但很快就發現，俄國人試圖透過各種手段來爭取當地的地主。 農民沒有機會，只能自力更生。
1560 年 9 月，一場起義席捲了萊內馬和哈爾尤馬的大部分地區。 編年史作者魯索寫道，農民們決定 "不屈服於貴族或執行任何徭役，而是尋求徹底解放貴族或徹底摧毀貴族並將其連根拔起。
倫納的編年史中寫道，農民 "選擇了一個非德國的鐵匠作為國王，並把他安置在一輛馬車上；12 名衛兵並排而行，一人拿著風笛騎在前面--他是國王的樂師。 國王的頭上戴著兩頂被荊棘環繞的帽子，這就是他的王冠"。 農民們試圖與塔林市議會談判，顯然是希望利用市議會與哈茹瑪-維魯瑪附庸的敵對關係。 然而，鎮議會建議農民們結束叛亂。
沒想到，農民們遭到了由 Laänemaa 貴族組成的強大騎兵隊的襲擊，他們先是消滅了一支 300 多人的農民隊伍，然後又消滅了較小的叛軍隊伍。 據信共有 200 名農民在科魯維爾被殺。 他們的 "國王 "被押送到庫雷薩雷，並被處以死刑。 直到 1561 年，起義仍不時爆發，但其脊樑已被打斷。
這是愛沙尼亞歷史上規模最大的農民起義之一。君主更迭。 俄國軍隊的推進和農民起義促使老利沃尼亞的勢力尋找新的、更強大的上司。
由於凱特勒騎士團團長與波蘭的關係，1560 年末，大部分未被俄國人征服的要塞都由波蘭軍隊駐守。但塔林的許多人認為丹麥，尤其是瑞典更有吸引力。 人們還希望在瑞典的統治下獲得更好的貿易條件。
1561 年，瑞典人將波蘭人趕出了塔林的 Toompea。 隨後7月4日和6日，哈留、維魯和耶爾瓦騎士以及塔林市分別向瑞典國王埃裡克十六世投降。 瑞典由此對北愛沙尼亞實行了統治。
在其他利沃尼亞領土上，利沃尼亞騎士團團長和里加大主教向波蘭國王西吉斯蒙德二世-奧古斯特宣誓效忠。 利沃尼亞騎士團從此不復存在。
1561 年，馬格努斯帶著一大筆錢和十艘戰艦回到了庫雷薩雷。 丹麥國王派副攝政王隨行，負責指導軍隊和外交政策。 薩雷馬-萊內馬王朝由此不復存在，直接與丹麥合併。
中世紀的政治分裂從此成為過去。 1561 年標誌著舊利沃尼亞時代的結束。 1563 年，瑞典和丹麥之間的衝突演變成了長達七年的北歐戰爭，利沃尼亞再次成為戰場。 戰爭期間，瑞典人入侵了希烏馬（Hiiumaa）島，該島為進攻薩雷馬提供了寶貴的基地。 主要的戰鬥都在這些島嶼上進行，不過在萊內馬島也有一些活動，瑞典在那裡與波蘭-丹麥聯盟作戰。
其中一些人奮起反抗瑞典人，征服了派爾努鎮，隨後將這個重要基地交給了波蘭軍隊。
丹麥和瑞典之間在經歷了一些猶豫不決的事件後，於 1570 年簽訂了和平條約。 丹麥的統治從此僅限於薩雷馬島。
到 15 世紀 60 年代末，波羅的海國家之間為爭奪利沃尼亞而進行的勢力劃分發生了一些變化。 1569 年，波蘭王國和立陶宛大公國加入盧布林聯盟，建立了一個聯邦，自然而然地將利沃尼亞視為其領土。 1568 年秋，瑞典發生政變，波蘭國王的妹夫約翰一世上臺執政。 雙方在利沃尼亞的軍隊簽署了休戰協議，後來甚至聯手對抗俄羅斯。
馬格努斯與丹麥國王不和，失去了對薩雷馬的唯一控制權，他希望擴大自己的領地，並尋求波蘭國王的幫助。 但由於談判無果，他於 1569 年向俄國沙皇派遣了使節。 伊凡雷帝現在感到有機會在莫斯科的影響下建立一個附庸王國。 他珍視馬格努斯，稱他為 "國王"，承諾幫助他對抗瑞典人，並促使他娶自己侄女的女兒為妻。 新王國的首都最初計劃建在波爾薩馬。 而年輕的公爵在莫斯科受到的豪華接待也讓他感到滿意和高興。
1570 年 8 月下旬，新的利沃尼亞 "國王 "率領一支龐大的俄羅斯軍隊和一些僱傭兵抵達塔林附近。 這座城市被圍困。 整個冬天，瘟疫一直肆虐著被圍困的城市。 然而，在三月，瘟疫蔓延到了圍困者身上。 經過近七個月的圍困，馬格努斯的軍隊於 1571 年 3 月中旬放火燒燬了他們的營地。 俄軍離開了愛沙尼亞，而馬格努斯則帶著他的德國人前往他的 "首都 "波爾薩馬，因為他擔心伊凡雷帝會因為這次失敗而大發雷霆。
在城鎮中，塔林和派德現在由瑞典人統治，而派爾努則由波蘭人控制。 庫雷薩雷在 1563 年被馬格努斯授予城鎮權，現在與薩雷馬一起被丹麥統治。 其餘城鎮以及愛沙尼亞的大部分領土都在俄羅斯的統治之下。
俄羅斯軍隊取得重大勝利。 在此之前，大多數機會主義冒險家--僱傭兵為了尋找更有利的攝政者，一直與馬格努斯保持一致。 但在 1571 年末，他們的幾支騎兵部隊襲擊了塔爾圖（當時在俄羅斯的統治之下）。 這次襲擊沒有成功，叛徒的首領轉而效忠波蘭國王。
馬格努斯擔心，他手下的這種行為最終會激怒伊凡雷帝。 1572-73 年，俄國人從瑞典人手中奪取了卡爾克西和派德，但在科魯維爾附近的一場戰役中被擊敗。 不過，沙皇對馬格努斯還是很仁慈的。 除了賜予新的土地外，他還用馬格努斯 13 歲的妹妹代替了他盟友去世的新娘。 在諾夫哥羅德舉行了奢華的婚禮後，這對新人在波爾薩馬定居下來。
戰爭仍在繼續。 瑞典人以塔林為基地，從德國、蘇格蘭和英格蘭運送僱傭兵。 1574 年，瑞典軍隊進攻波爾察馬。 他們未能攻下要塞，但設法將周圍的村莊燒為灰燼。 1575-76 年間，馬格努斯利用俄羅斯和韃靼軍隊，成功征服了包括派爾努和薩雷馬在內的幾乎整個愛沙尼亞。 波蘭軍隊被趕出了愛沙尼亞，而瑞典只保留了塔林和哈留地區。
戰鬥中的農民 對當地人來說，形勢非常緊迫。 除了受制於三個不同主人的軍隊和僱傭兵的行動外，蔑視耕作的農民還不得不忍受前農民幫派的恐嚇，他們為了搶劫而放棄了工作。 最後的打擊來自 15 世紀 70 年代反覆肆虐的瘟疫。 儘管如此，這片土地仍能或多或少地為城鎮、搶劫軍隊、強盜提供供給，在某種程度上，也能為自己提供供給。 長期的圍困往往導致周邊地區的饑荒。
瑞典軍隊於 1576 年組建，準備與俄國人進行遊擊戰。 他們的目標是在敵人的領土上進行搶劫，但也會對俄羅斯軍隊發動突然襲擊，甚至襲擊要塞。 這支約 400 人的隊伍由一位名叫伊沃-申肯伯格的工匠礦工領導。
他出色的勇氣為申肯伯格贏得了 "利沃尼亞漢尼拔 "的稱號，而他的農民則在敵人中贏得了 "漢尼拔人民 "的稱號。 然而，由於同樣的勇氣，這支部隊後來於 1579 年在拉克韋爾附近被俄國人包圍。 受傷的首領被帶到普斯科夫，與他的部下一起被殘酷處決。
除了來自該市的農民部隊外，還有幾支自封的農民小分隊也向敵人發起了進攻。 其中規模最大的是奧特拉-于爾根的部隊。
利沃尼亞王國滅亡。 沙皇對馬格努斯的指揮能力不再有信心，於是派自己的軍隊在俄羅斯指揮官的指揮下攻打塔林。 1557 年 1 月下旬，軍隊抵達塔林那城牆，這是決定愛沙尼亞未來的象徵性時刻。 城牆遭到大炮彈和燃燒彈的轟擊，但並未失守。 防禦組織嚴密，申肯貝格的部隊也採取了蔑視行動。 經過七週的鏖戰，俄國人再次燒燬了他們的營地並撤走了。
在艱難時期，馬格努斯開始尋找新主人。 伊凡雷帝很不高興，把這個叛徒關進了監獄。 馬格努斯公爵後來被允許前往庫拉瑪，並選擇為波蘭-立陶宛效力。 俄羅斯軍隊隨後佔領了波爾薩馬，並消滅了利沃尼亞附庸國。1579 年，俄羅斯只對斯特凡-巴托里的加冕戰進行了適度干預。 這一年，波蘭騎兵，甚至俄羅斯的一些波蘭和瑞典騎兵都獨立行動了。
戰爭結束。 波蘭迄今為止一直在愛沙尼亞領土上作戰。 但隨著對成功入侵塔爾圖地區的廣泛軍事行動，波蘭在第二年又奪取了自己的領土。
當俄國集中精力與波蘭作戰時，瑞典卻在 Laanemaa 和 Virumaa 取得了優勢。 1581 年，集結在芬蘭的瑞典軍隊在龐圖斯-德拉加爾迪的率領下渡過冰封的芬蘭灣。 經過圍攻，拉克韋爾被攻佔，隨後又攻佔了幾個較小的要塞。 哈帕薩盧抵抗時間最長，但也投降了。
納爾瓦在暴風雨中被攻佔，瑞典指揮官允許他的部隊肆意燒殺搶掠約 24 小時。 派德被攻佔後，整個愛沙尼亞北部都在瑞典的統治之下，戰鬥也延續到了俄國。
俄國現在受到了來自佩普西湖兩岸的攻擊。 隨著 1582 年 1 月中旬傑姆-扎波利斯克休戰協議的簽訂，伊凡雷帝從波蘭人手中奪回了俄羅斯的城鎮和土地，但不得不交出他控制下的所有裡窩那要塞。 南愛沙尼亞因此被移交給了熱什波利塔統治。
1581 年和 1582 年，瑞典軍隊在整個因格里亞直至拉多加湖都取得了勝利。 1583 年，在普柳薩河口，瑞典和俄羅斯也達成了休戰協議，瑞典人獲得了整個愛沙尼亞西部和北部，以及在因格里亞征服的地區。
利沃尼亞戰爭結束了。 戰鬥出現了短暫的中斷。 然而，取得的平衡只是暫時的。 波蘭、瑞典和丹麥的國王仍然瓜分著這片土地。 各地區的行政做法幾乎沒有共同之處。 因此，愛沙尼亞經歷了比舊立窩尼亞教團和教區時期更嚴重的分裂。
