在德川社會和經濟規劃中，商人的地位反映出商人階層在儒家學說和日本法律下都沒有得到獨立。商業活動首先受到限制，包括不得進行外國自由貿易，關鍵性商品的生產和流通也受到政府的多方干涉。從經濟觀點來看，隔離政策可以看作是德川努力阻止西方大名透過外貿獲取利潤的最後手段。幕府官僚控制經濟的主要手段之一就是壟斷。政府還對國家礦產實行嚴格限制，作為管理國家貨幣的手段之一。
政府對商業活動干涉的理論來自儒家學說。他們將商人置於四個階級的最下層，認為商人不從事生產，僅僅是轉運貨物。傳統上，封建貴族認為金錢是骯髒的，與武士身份不相符。就像中世紀歐洲一樣，透過高利貸獲取的財富在社會中是受到輕視和厭惡的。牟利、聚財的町人（即商人）的行為往往被誤解和懷疑。因此，德川時代的商人地位相較於同時期的歐洲商人，在政府的專橫行動面前顯得脆弱可欺。然而，他們從未按照體制要求為利潤納稅。
儘管武士輕視商人的生活方式，但實際上他們深深依賴商人的服務。武士生活在城堡中，不得不依賴商人聯絡城市和鄉間。因此，德川時代初期，幕府和大名都僱傭了御用商人為他們提供服務。許多御用商人實際上是過去武士在內戰期間經營某些商品（通常是軍需品）的經驗者。這些商人定居在城堡附近，一方面為武士提供服務，另一方面受到大名官僚的監管，嚴禁參與領地或國家的政治。儘管這個位置一開始似乎受到過多的限制，但它也有其優越性——在近現代之前的東亞國家中，很少有商業社會能在國民經濟中取得如此重要的地位。
在德川時代，商人從未獲得真正的自由，因此町人轉而為統治當局充當管理人或代理人，形成一種實際上的聯盟。就像行會和一些特許的組織的出現所表明的那樣。早期，幕府就承認了一些像蠶絲和金子的專利行會“座”。在田沼時代，成立了管理銀、銅、石灰和植物油的專利機構。雖然一開始，幕府禁止私人組織的保護，但到了17世紀末，出現了大阪的十個批發行會（十組間屋）和大阪的24個行會。1721年，吉宗允許商人協會註冊（稱為仲株間），這種做法在田沼時代得到了推廣。對於這些按商品或行業組織的協會，當局期望它們能夠穩定物價、保證流通。它們需要每年繳納冥加金（特許費），並以政府的承認和保護作為回報。
在幕府和大名領地之間的商業和財務運作方面，武士和商人之間的相互依存關係變得非常複雜。在農村，城市的批發商從村裡購買商品，然後運到城堡或大阪、江戶等國家集散地進行銷售。在藩的首府，一些商家將商品和大米運到大名的江戶住所，有的則運到大阪進行交易。這些中間批發商（一般被稱為間屋）也獲得了與大阪、江戶的大批發商交易的特許。隨著時間的推移，由於城市交易需要財務代理人，藩設立了領地的貨棧（倉屋敷），由領地的財務代表（藏本）進行監督。這些管理人最初是由大名的御家人中指定的，後來逐漸由富有且在大阪有影響的商家中選擇。藩也越來越依賴具有特許的商業組織，以專賣他們自己的土產，並控制藩的首府和大阪或江戶的交易。大一些的藩還使用大米或銀子的證券，這種證券在藩境內是合法貨幣，限制了與大阪或江戶的商業組織使用相同方式付款。在領地的首府，他們設立了特別的代理處或商行（即會所）進行交易和財務活動，這也是武士和商人利益的一種形式。
德川時代的商人社會經歷了一定的發展階段，最終在經濟上取得了突出地位。在早期，重要的商人是得到將軍和大名特殊恩寵的御用商人。到18世紀，大阪和江戶出現了一些大型商家，他們的活動多樣化，以借貸和兌換為主。到了19世紀，以手工工場和鄉村製造為中心的家庭開始出現。到1761年，日本就有了至少估值20萬兩黃金的商家（每兩黃金大約相當於一石大米）。這個估值反映了商業資本的發展。因此，從總體資本價值來看，大商人和許多大名相比毫不遜色。
到德川時代中葉，許多至今仍然存在的町人字號已經成立。以三井為例，其建立人於1620年在伊勢國從事釀酒業，後來涉足高利貸、大米和兌換業務。1673年，他的兒子遷至江戶，在那裡開設了一家穀類商店，名為越後屋。到了17世紀80年代，三井在京都和大阪都設有分店，並擴充套件了兌換業務。到90年代，除了為若干大名服務外，三井還成為了幕府和皇家的財務代理人。在這個時候，它已經建立了龐大的批發網路，其店鋪為批發商品提供了出路。三井還提供了大阪和江戶之間的快速通訊服務，並透過大規模的土地開發進一步擴張。
鴻池家在大阪附近的攝津也是以釀酒業起家。1616年，創始人遷至大阪，從事運輸和借貸業務。到17世紀50年代，它已經成為重要的兌換店，併為幾個大名擔任藏本（即財務代理人）。到了叨年代，鴻池幾乎為40個大名代理財務，僅憑這項服務，每年就收入一萬石米。這個數目比大多數他所服務的大名可隨意處理的數量還要多。從這時開始，鴻池還開始開發土地的業務。
住友家最初在京都經營藥品和鐵器。早期，住友家透過在大阪從事銅的買賣，並在京都和大阪進行銅的煉製。1783年，田沼成立了幕府的銅專利機構，住友在關西擔任經紀人，隨後於1791年開始開發別子的富礦。
