1996年4月9日晚19時45分左右，一名楊姓女子從呼和浩特市錫林南路千里香飯店去廁所，當晚21時15分後，發現這個女子被扼頸窒息死於內蒙古第一毛紡織廠宿舍57棟平房西側的公共廁所的女廁所裡。
呼格吉勒圖於當晚與同事閆峰吃完晚飯分手後走出來，聽到了女廁所裡有女子呼救的聲音，便急忙趕往女廁內施救。但是當他趕到的時候，這個呼救的女子已經遭到強姦後被兇手扼頸身亡了。
眼前的悲慘畫面讓呼格吉勒圖這個剛剛十八歲的少年感到驚悚不堪。但是本著溫厚善良的性格，他還是打算要報警。
隨後，呼格吉勒圖跑到了附近的警亭報案，可是無辜而出於好心的呼格吉勒圖卻被當時任呼和浩特市公安局新城分局局長馮志明在沒有證據，非常著急要破案的情況下一意孤行自以為是地把呼格吉勒圖認定為殺人的兇手。
1996年，這個女子被辱殺的事件僅僅61天之後，法院在沒有充足證據支援的情況下，判決呼格吉勒圖死刑，並予以立即執行。
呼和浩特市人民檢察院指控被告人呼格吉勒圖犯故意殺人罪、流氓罪一案，呼和浩特市中級人民法院於1996年5月17日作出（1996）呼刑初字第37號刑事判決，認定呼格吉勒圖犯故意殺人罪，判處死刑，剝奪政治權利終身；犯流氓罪，判處有期徒刑五年，決定執行死刑，剝奪政治權利終身。可憐的少年，只是出於好心報案就被如此冤枉。
宣判之後，呼格吉勒圖以沒有殺人動機，請求從輕處理等為由提出了上訴。但是內蒙古自治區高階人民法院卻不調查為了草草結案，而於1996年6月5日作出（1996）內刑終字第199號刑事裁定，駁回了呼格吉勒圖的上訴，維持了原判，並根據當時有關死刑案件核准程式的規定，自以為是地核准以故意殺人罪判處呼格吉勒圖死刑，剝奪政治權利終身。
1996年6月10日呼格吉勒圖被執行死刑。
時光荏苒如流水，在2005年10月23日，呼和浩特市破獲了一起系列殺人案。犯罪嫌疑人趙志紅在交代的十幾起案件中，其中第16起就交代了呼和浩特第一毛紡廠宿舍大院女廁所的一起命案。當時系列殺人案專案組的幹警聽說之後，感覺非常的吃驚。因為當時這個案子的所謂他們認為的兇手已經被執行死刑了，現在又出現了一個兇手。這有些不可思議。於是警察觀察到趙志紅交代犯罪事實時很冷靜，並不像蓄意編造。公安幹警又拿出兩起案件試探趙志紅，這兩起案件與趙志紅的作案行為不一致，趙志紅否認了這兩起案件。幹警就帶著趙志紅到第一毛紡廠作案現場，那裡後來進行了改造，當時案發的女廁所也沒了，但他很準確地就指出了廁所的位置。
某位記者接觸後到這個案件為了真相，於是展開調查。最後確認了趙志紅就是這起命案的真兇。
在2005年10月30日，某記者採寫內參，內參發出以後獲得了中央領導的批示。經過了許多的波折，於2014年3月初，內蒙古自治區黨委政法委員會成立了呼格吉勒圖案件複查組。“4·9”女屍案告破。命案涉嫌人：趙志紅。
2014年12月15日，內蒙古自治區高階人民法院對呼格吉勒圖故意殺人、流氓罪一案作出再審判決，並向申訴人、辯護人、檢察機關送達了再審判決書。
該冤案案因呼格吉勒圖的父母堅定相信自已兒子無辜，忍著巨大的痛苦為兒子申訴，內蒙古自治區高階人民法院於2014年11月19日決定啟動再審程式，另行組成合議庭並依法進行審理。審理中，合議庭查閱了本案全部卷宗以及相關材料，聽取了申訴人、辯護人和檢察機關意見，經合議庭評議並提交審判委員會討論，作出如下判決：一、撤銷本院（1996）內刑終字第199號刑事裁定和呼和浩特市中級人民法院（1996）呼刑初字第37號刑事判決，二、原審被告人呼格吉勒圖無罪。
呼格吉勒圖案專案組組長因涉嫌職務犯罪被調查。
