阿育王死後,孔雀王朝開始地方化,因為衰弱的中央政權無法使遙遠的省份保持統一。旁遮普、克什米爾、羯陵伽和德干都變成自治地區,稅收達不到帝國的需求。印度河流域再次處在亞歷山大繼任者的控制下,恆河平原成了巽伽王朝的領地。巽伽王朝抑制了佛教的傳播,刺激了婆羅門教的復興。

佛陀被宣佈為毗溼奴神的化身,因而是印度教傳統的改革者,而不是一種獨立宗教的建築師。在國王們和教士們的勸說下,恆河流域大部分居民轉向了婆羅門教,其確立了自己的同化性傳統,最終演變成印度教。

印度河流域的後來統治者,亦即印度一希臘人,漸漸被印度河流域當地的佛教傳統同化,帶來了一個獨特的時代,通常被稱為鍵陀羅文化。這種獨特的輝煌文化,雖然從宗教構成看主要是佛教的,但吸收了希臘、波斯、大夏和印度教傳統,給古代巴基斯坦帶來了前所未有的多樣性融合和互相包容。

白沙瓦地區以及印度河、興都庫什山、喀喇崑崙山地區不僅成了犍陀羅文化的搖籃,生活在這裡的人們也將他們的價值觀和藝術品透過斯瓦特、吉爾吉特、罕薩、巴提斯坦和奇特拉輸出到中國,這些地區靠近今日的中國,位於歷史性的絲綢之路上。

石像、銘文、佛塔、廟宇甚至大學,比如坦又始羅附近朱利安城的大學,使佛教傳入中亞和西亞。今天的北部區域很快令新宗佛教的西藏和中國的君主們垂涎,由此開啟了以帝國競爭為特性的大博弈的早期形式。

阿育王死後,在次大陸政治普遍不穩定的境況下,早先曾輸給孔雀王朝的塞疏古一世的繼任者們,開始重新集結。在巴克特里亞國王德米特里的率領下,他們向犍陀羅發動了戰爭。德米特里的在位時間是公元前190年至公元前167年,他征服了犍陀羅,但此過程中將自己的大夏輸給了他的一位希臘將軍歐克拉蒂德。

德米特里於是將印度河流域變成了他自己的帝國堡壘。流行的佛教影響同化了這位國王和他的繼任者,他們一代代失去了與波斯一希臘傳統的接觸。在國王米南德時期,他統治鍵陀羅的時間是公元前155年至公元前130年,佛教成為印度河流域的國教。

米南德是次大陸最有能力的君主之一,常常與佛教僧侶那迦辯論,那迦成功地勸說米南德接受了佛教。米南德試圖從印度教的巽伽王朝統治者們那裡獲得恆河流域,但遇到了頑強抵抗。他不得不滿足於吞併拉賈斯坦和古傑拉特。

公元前130年米南德死後,印度河流域再度淪為外部入侵的物件直到另一箇中亞王朝斯基泰將之徵服。新的統治者最終是塞種人,因為中國的長城而被迫從中亞西遷。因受到另一支競爭的中亞部落月氏的驅趕,塞種人向南遷移,征服了巴克特里亞和帕提亞。

公元前88年,塞種人吞併了印度河下游,他們在那裡統治了四個世紀,直至被新興的笈多人擊敗。帕提亞人在印度河上游停留了一陣,後來從中亞來的一群新的探險者終結了印度一希臘人在大夏和犍陀羅地區的短暫復興。

貴霜王朝是月氏的一支,成功征服了巴克特里亞。他們與同時代的斯基泰人和塞種人一起,共同瓜分了西北部區域,即今天的巴基斯坦和阿富汗地區。因而在公元后早期,印度河流域南部是由塞種人統治的,其中部和旁遮普是帕提亞人統治的,犍陀羅北部和西部是貴霜人統治的。

從北部和西部源源不斷過來的人口和觀念,持續提高了印度河與阿富汗地區的種族和文化多樣性。與德干、恆河流域以及羯陵伽不同,這些巴基斯坦地區無止境地暴露在多重影響下,週期性地經歷相反的趨勢。

雖然源源不斷的入侵者、移民、商人和尋寶者在充當了橫跨比斯河的印度斯坦的緩衝劑,使印度社會更加多元,不過貴霜人控制絲綢之路後,在向其他亞洲地區輸送經濟的、政治的和文化的影響方面,扮演了重要角色。最有名的貴霜國王是迦膩色迦,他鞏固了印度佛教文化,使之傳播到中國,並且終結了印度河流域政治史上漫長而斷斷續續的希臘人時代。

迦膩色迦的統治開始於公元78年,預示了巴基斯坦和阿富汗古代史上貴霜王朝的金色歲月。次大陸和中國的貿易成倍增加,這可以從當時的金幣和其他考古發現的珍寶中看出來,印度商人和傳教士常常深入中國內地。總體的繁榮使印度河流域給外界傳遞了一個積極的形象,既是佛教的中心,也是一個富庶的王國,其在次大陸首次鑄造了金幣。貴霜王朝統治這些地區一直到公元后第三個世紀,此後領土被笈多吞併,笈多王朝是印度古典時代的典型時期,他們在次大陸包括印度河流域重建了印度教為主要宗教的傳統。

孔雀王朝消亡後,南亞各地的地區性王國維持著各自的統治,直到伊斯蘭教在次大陸西部和北部出現。與恆河流域的巽加王朝不同,奧里薩的羯陵伽國和西南地區的安度羅國,在克利須那河和哥達瓦里河三角洲地帶有優勢。因為德干地區免遭了印度河流域所經受的入侵,在諸如泰米爾這樣的地方,潘地亞國、朱羅王朝、哲羅國的統治一直到近代早期都未受到干擾。

1652年,高康達和比賈普爾的穆斯林蘇丹們佔領了這些地區,但最終還是割讓給了歐洲列強或者獨立的土邦統治者,如海德拉巴的尼查姆。不過在這些地區王國的早期,儘管經常發生政治不穩的狀況,它們的人口主要信仰印度教,受到婆羅門的關照和嚴格種姓制度的定型。這種文化的統一性,對於建立笈多王朝的政治統一性,再次發揮了重要作用。