很可能,蘇聯從未打算進行太多的戰事。他們希望透過動用武力來威懾阿富汗大部分地區,最終讓阿富汗武裝力量解決部落的反抗。具有諷刺意味的是,蘇聯的武力干涉極大地消弱了阿富汗軍隊的作戰能力。自“四月革命”後,大規模的逃兵在蘇聯入侵後不斷增加,與此同時,蘇聯支援的“旗幟派”政權對“人民派”所控制的軍隊進行了大清洗,用政治任命者替代訓練有素的指揮官。當阿富汗軍隊不能勝任作戰任務的事實變得越來越清晰時,蘇聯很快發現他們重武裝、為中亞平原區域性戰爭訓練的軍隊在阿富汗複雜的地形和當地的民兵面前並不適用。

到1980年,第一次較大規模的戰鬥爆發在阿富汗東部,喀布林與巴基斯坦邊界之間的地區。蘇聯第201摩托化步槍師在庫納爾山谷發起攻勢,但他們的坦克面對山區的反抗分子束手無策。根據穆斯林游擊隊的說法,蘇聯軍隊對山谷的平民進行了報復,殺死了1800名村民和無數家畜。作為報復,蘇聯第201師於同年6月在帕克蒂亞被全殲。蘇聯人從未能夠征服吉爾扎伊普什圖人的部落地區,後者很容易越界獲得增援和補給。

1980年在阿富汗東北地區,蘇聯軍隊向潘傑希爾山谷發起了最初的兩次進攻,此前潘傑希爾的游擊隊襲擾了重要的薩郎山口補給線和貝格拉姆空軍基地。蘇聯的進攻很成功,但沒有維持多久,蘇聯撤退後不久,穆斯林游擊隊再一次奪取了山谷,並重新部署在更高的山上。

在全國各地,阿富汗軍隊駐紮在沿著最重要的交通路線的設防哨所,這些哨所被延伸到抵抗者迫擊炮最大射程之外的雷區包圍著。在那裡他們很安全但沒多大實際用處。在整個戰爭期間,主要的陸地線路仍然控制在蘇聯手中(儘管所有的出行都需要護送),但抵抗者經常炸燬橋樑,導致軍隊交通運輸困難,成為伏擊的理想目標。抵抗者還擅長在道路上埋設地雷,有時還利用未爆炸的蘇聯炮彈的炸藥。在城市中,第一年示威遊行和罷工活動非常普遍,並伴隨著有針對性的襲擊,但這些活動在戰爭結束前的很長一段時間裡逐漸消失。

蘇聯曾幫助制定現代游擊戰爭的規則,然而,現在他們不得不重新組織和修改他們曾經支援的全國性農村抵抗運動的作戰計劃。蘇聯的直升機打擊力量從1980年的50架擴充到次年的300架,其中包括運輸機和武裝直升機,並增加隨機戰鬥人員130人。米-24武裝直升機,配備四挺重機槍和64枚火箭,每一件武器都對抵抗者造成傷害。重型轟炸機被調集到土庫曼前線附近,可以抵達深山裡的抵抗者基地。蘇聯坦克被改造以高角度開火(向高山開火),步兵和裝甲車都配備了高速且精確的武器。

然而,蘇聯的部隊從未超過115,000人,幾乎近一半的兵力被部署在喀布林周圍和東南各省份。這場戰爭每年耗資70億到120億美元,再加上向已經到位的部隊提供給養和補給的大規模後勤工作。除此之外,至1983年,在戰時阿富汗的原始條件下,蘇聯軍隊因惡劣的醫療衛生條件而遭受疾病的困擾,共計死亡6,000人,傷殘10,000人。許多士氣受挫計程車兵很快明白他們在這個國家是不受歡迎的,開始酗酒或吸毒,而這些東西在阿富汗,比在得到嚴密控制的蘇聯的任何地方都更容易獲得。

蘇聯人在1981年再次重返他們前一年攻擊的目標,向潘傑希爾山谷發起兩次進攻,但這次是更為無效的。他們摧毀了通往賈拉拉巴德道路附近的抵抗組織基地。另一次進攻將戰爭擴充套件到阿富汗西部地區,在法拉和赫拉特周圍爆發。

儘管有蘇聯空軍的威懾力量,抵抗者於1982年裝備升級,攜帶自己改進的強大武器。RPG-7火箭榴彈發射器能夠粉碎蘇聯的裝甲,AK-47卡拉什尼科夫突擊步槍和半自動步槍成為常規武器,陸地和防空重機槍也被廣泛使用。

1982年,新來的蘇聯部隊,大部分透過新建的“友誼橋”進入,沿著他們之前摧毀的老路重返。當蘇聯試圖平定赫拉特的長期騷亂時,數以千計的平民被殺,據稱有數百名政府官員生還。然後,蘇聯再次對潘傑希爾山谷進行最大規模的進攻,這是由於之前馬蘇德襲擊了貝格拉姆空軍基地。

在5月,突擊隊員在山坡上空降,伴隨著一週的轟炸,系統化的襲擊開始。阿富汗政府軍充當地面進攻的先頭部隊。他們被投入山谷,但隨後的蘇聯部隊被由地雷引起的山崩泥石所阻擋。阿富汗軍隊投降或加入抵抗分子,而抵抗者在這個過程中奪取了幾輛坦克。最終,蘇聯人小心翼翼地從兩端進入山谷,蒐集被擊退下山的突擊隊員,直到8月底才從山谷撤離。他們在低地展開有破壞力的系統作戰,夷平村莊、毀壞農田、破壞灌溉系統。

經過三年的戰鬥,雙方在1983年期間開始自我修整,甚至馬蘇德同意在潘傑希爾停火。美國和巴基斯坦對這場衝突感到厭倦,無法看到之前期望的明顯勝利。沒有蘇聯的進攻,穆斯林游擊隊開始相互爭鬥或淪為匪幫。美國和阿拉伯國家的資金和武器大量湧入巴基斯坦,為包括“巴基斯坦軍情處”在內的腐敗官員提供了豐厚的機會。

1984年,齊亞試圖再次加強穆斯林游擊隊的各個派別的統一運作,但沒有取得太大成功。卡爾邁勒政府努力儲存並實施其中一些規劃,包括為女性提供新的工作機會和改善教育系統。卡爾邁勒在納吉布拉領導的秘密警察部門“國家情報機構”的幫助下,在一些地區廣泛散佈對穆斯林游擊隊通常殘酷策略的嫌惡,透過明爭暗鬥來應對。

政府軍隊逐漸變得更為高效,這可能是因為穆斯林游擊隊開始例行公事地殺害落到他們手中的政府士兵,接受變節者的大門已經關閉。許多“國家情報機構”的間諜此時仍在蒐集有用的情報。儘管在城市中進行招募活動,但直至戰爭結束前,政府軍力量仍未超過40,000人。即使在蘇聯主力軍撤退後,沒有了大量的蘇聯顧問,阿富汗軍隊也無所作為。

在穆斯林游擊隊影響的廣大地區居住的阿富汗人正忍受著蘇聯人接近種族滅絕的行動。村莊在武裝直升機的襲擊下遭到破壞,牲畜被消滅,莊稼被汽油彈燃燒殆盡,農田埋設地雷以阻止使用。幾十萬枚蝴蝶形地雷被投放,目的是使人致殘而不是殺害,其中一些甚至被偽裝成玩具。

截至1984年中期,有500萬阿富汗人被迫流離失所,其中大多數前往巴基斯坦,剩下的停留在伊朗。在隨後的幾年裡,還有上百萬人加入這一行列。有100多萬的農村居民被迫前往喀布林尋找庇護,一時間喀布林的窮困難民數量激增,還有成千上萬的阿富汗人湧入其他城市。

蘇聯人犯下了滔天罪行,由於士氣受挫的蘇聯軍隊襲擊平民,發生了許多獨立的暴力事件,這些事件在世界媒體的聚光燈背後頻繁發生。媒體對蘇聯在越戰中的固執態度只是進行了一些譴責,但這種氛圍在穆斯林世界中瀰漫。法國的“無國界醫生”援助組織擔心他們危險的處境可能會引起政府的批評,只是報告他們的醫院被摧毀。1985年3月,美國人權委員會(UNCHR)報告稱,阿富汗存在“嚴重且普遍的”虐待。外國軍隊曾有計劃地轟炸村莊、屠殺平民並處死俘虜。該委員會報告稱政府曾監禁了50,000名政敵。隨後的報告還宣稱,拷打已成為例行公事;地雷被偽裝成玩具丟放在全國各地。