最激進的伊斯蘭主義組織之一是來自阿富汗北部的吉爾扎伊普什圖人希克馬蒂亞爾領導的伊斯蘭黨。由於希克馬蒂亞爾的果敢決斷和組織能力,許多巴基斯坦高層的文職和軍職權威人士,尤其是普什圖人,在美國中央情報局和沙烏地阿拉伯首次分發武器和資金時就開始支援他。據說中央情報局為反抗組織提供的援助中,希克馬蒂亞爾獲得了1/3,他的組織也是最早獲得大量防空導彈的。

希克馬蒂亞爾出生於1950年,早在學生時代就以激進的伊斯蘭主義者身份嶄露頭角,當時正值扎希爾統治時期,他主張透過全民暴動促成一次直接的伊斯蘭革命。希克馬蒂亞爾最初在軍事學院學習,後來進入喀布林大學工程學院,但並未完成學業。1972年,他因謀殺一名學生而被逮捕,並受到監禁。次年,他逃往巴基斯坦,建立了伊斯蘭黨。在1979年1月,希克馬蒂亞爾領導幾千名反抗者越境進入庫納爾省,奪取了當地政府要塞,得到倒戈士兵的支援。

希克馬蒂亞爾領導下的反抗者總數約為3000人,與大多數穆斯林游擊隊不同,伊斯蘭黨沒有在任何地區設立根據地。該組織與各種地方同盟者合作,活動於喀布林北部和南部普什圖地區。在1992年納吉布拉政權垮臺後,希克馬蒂亞爾被任命為臨時伊斯蘭共和國的首相。為了完全掌握權力,他對喀布林發起了不斷的火箭襲擊,導致數千名平民死亡和大規模破壞。1996年,塔利班政權迫使他逃往伊朗。然而,與大多數經驗豐富的穆斯林游擊隊領導人不同,他對美國於2001年推翻塔利班、建立哈米德·卡爾扎伊政府的行動持反對意見。直到2004年大選時,伊斯蘭黨的一些成員仍然與塔利班和基地組織並肩作戰,反對阿富汗政府。

伊斯蘭黨是由普什圖人主導的,其組織結構緊密且遵循嚴格的等級制度。在巴基斯坦設有學校和訓練營,在喀布林東部的楠格哈爾省、巴格蘭省及昆都士北部地區有強大的軍事存在。然而,該組織及其領導人從未培養實際的技能,對實際管理不感興趣,這可能調和他們的極端觀點。伊斯蘭黨1990年對喀布林的正面襲擊成為一場災難,使其大部分精力消耗在與其他穆斯林游擊隊的戰鬥中。最終,伊斯蘭黨捲入了鴉片的生產和銷售中,因為希克馬蒂亞爾的伊斯蘭純潔主義排斥了許多普什圖人的傳統,特別是對部落自治的排斥。他及其追隨者都是來自北部飛地的“脫離部落”的普什圖人,那裡的許多吉爾扎伊普什圖人曾在19世紀末被埃米爾·阿卜杜·拉赫曼放逐。

哈里斯是一位經驗豐富的伊斯蘭主義知識分子和政治領導人,他領導了另一支伊斯蘭主義的穆斯林游擊隊,命名為“哲瑪提伊斯蘭”(伊斯蘭促進會)。該組織的主要支持者是與拉巴尼志同道合的塔吉克人和其他非普什圖人,表現出溫和的伊斯蘭觀點。該組織在坎大哈附近活動,其主要武裝力量集中在北部地區,由自治的地方司令官領導。

這個組織的支持者包括哈克,他指揮著喀布林內外的抵抗組織;穆罕默德·奧馬爾,未來塔利班政權的領導人,早期在哈里斯的組織接受訓練,而哈里斯後來與塔利班和基地組織建立了聯盟。

布林汗努丁·拉巴尼於1940年生於巴達克尚,他領導了另一支伊斯蘭主義的穆斯林游擊隊“哲瑪提伊斯蘭”(伊斯蘭促進會)。該組織主要由塔吉克人和其他非普什圖人支援,表現出溫和的伊斯蘭觀點。該組織在坎大哈附近活動,但其主要武裝力量集中在北部地區,由自治的地方司令官領導。