在這一時期,儘管坎大哈的英國駐軍很快就面臨來自吉爾扎伊人持續襲擊的困境(其南部補給線受到俾路支人的襲擊),但1840年的喀布林一直相對平靜。當時,阿富汗人對英國人的憤怒主要是由於英國人在公開場合飲酒和開放的男女社交活動,但這並沒有發展到極點。英國總督麥克納頓發現自己被當地人看成是阿富汗真正的統治者,而舒賈則孤立地待在自己的皇宮裡。

然而,1840年9月,多斯特·穆罕默德從布哈拉返回,掀起了一場反抗的浪潮,但很快就被徹底擊敗。多斯特·穆罕默德被迫投降,並被遣送到印度。1841年夏天,阿富汗西南部其他杜蘭尼和吉爾扎伊普什圖人的叛亂也被輕鬆鎮壓。

在舒賈的兩年統治中,並沒有贏得真正的支持者,他似乎也沒有表現出統治的才能。由於倫敦方面財政預算的削減,部落首領的報酬被取消,吉爾查依人封鎖了通往白沙瓦的路線,舒賈的權威隨之消失。英國軍隊的威懾力也沒有持續多久。1841年11月2日,一群暴徒襲擊了亞歷山大·伯恩斯的住所,由於沒有舒賈的保護,英國軍隊未能及時趕到,伯恩斯及其兄弟被殺。

這時,阿富汗爆發了全國性的血腥暴動,英國守軍被切斷與外界的聯絡,甚至與喀布林城自身的聯絡也中斷。多斯特·穆罕默德的兒子穆罕默德·阿克巴開始指揮抵抗運動。面對這一局勢,英國司令官威廉姆·麥克納頓透過賄賂和前後不一的承諾,設法離間阿富汗人的各個派別。在談判中,麥克納頓可能被穆罕默德·阿克巴本人殺死。在得到吉爾查依人提供安全通道的承諾後,英國人在不勝任而可能年邁的將軍威廉姆·埃爾芬斯通的領導下,決定立即撤離。

1842年1月6日,威廉姆·埃爾芬斯通率領4500名士兵和12000平民隨軍人員,包括許多婦女和兒童,經歷飢餓和寒冷,穿越山口,撤離阿富汗。在前進的過程中,他們受到了吉爾查伊人和其他部落的襲擊。大部分英國人都未能逃脫,被俘虜或被殺害,僅有一些人成功逃回喀布林。在撤退的過程中,舒賈試圖走出巴拉·希薩爾城堡,但在喀布林被殺。

同年2月,倫敦的新政府取代了洛德·奧克蘭,禁止了任何進一步干涉阿富汗內部事務的嘗試。英國駐坎大哈和賈拉拉巴德的駐軍得到了印度的增援,於9月擊退了無組織的抵抗,重返喀布林,併成功營救出被俘的英國人。

途經加茲尼城時,英國人除去了伽色尼王朝馬赫穆德墳墓的木門,據說這扇木門是馬赫穆德從印度教廟宇Somnath拿來的。這一行動被認為是歷史性錯誤,引起了印度穆斯林的敵意,並未給印度教徒留下深刻的印象。這導致了幾次有意策劃的流血報復行動,以反對曾經反抗過的城鎮和村莊。喀布林的古市場在10月因搶劫和掠奪而被炸燬,而英國聯合軍隊則於10月12日離開喀布林,撤回印度。

英阿戰爭對於東印度公司的軍隊造成了嚴重損耗,並妨礙了士兵的招募工作。這場戰爭總共耗資兩千萬英鎊,國庫一度面臨困境。英國聲望的戲劇性下降被認為是1857年印度獨立戰爭爆發的主要誘因之一。與此同時,阿富汗首次面對現代歐洲國家的無緣無故的戰爭助長了阿富汗人的仇恨和輕蔑思想,形成了一種危險的混合體。

英國的撤退導致阿富汗陷入無政府狀態。直到1843年1月,多斯特·穆罕默德從流放中回到喀布林,開始了他又一次長達20年的統治。在這期間,多斯特·穆罕默德利用英阿戰爭中鍛造的國家一統意識,致力於重建破碎的阿富汗。在他的統治的頭十年,他的幾個兒子征服了烏茲別克和土庫曼地區,控制了興都庫什山北部。

1848年,多斯特·穆罕默德甚至短暫奪回了白沙瓦,但在英國最終勝利後放棄了這座城市。1855年,多斯特·穆罕默德將坎大哈地區納入其統治。在1863年5月去世之前的兩週,他最終吞併了赫拉特,這是經過長達10個月的圍攻後的勝利。

在這一時期,東印度公司也在更大規模地集結力量。英國透過對信德(1843年)、克什米爾的征服,在與錫克教徒的戰爭期間(1846年、1849年)對旁遮普的征服,以及對俾路支地區(1859年)的征服,將印度的控制範圍擴大到南部和東部的普什圖地帶。然而,山區部落繼續小心翼翼地守護著他們的自治,為之後幾代人的襲擊與反襲擊奠定了基礎。英國成功地讓至少一半的普什圖斯坦脫離了喀布林的統治。

面對新的力量實體,多斯特·穆罕默德於1855年和1857年分別與英國簽署了兩個友好協定,以確立正常的外交關係。儘管他拒絕英國使節進駐喀布林,但根據1857年簽署的協議,印度穆斯林獲准作為東印度公司的代表進入喀布林,這一狀況持續了20年。1856年波斯曾短暫地佔領過赫拉特,根據1857年簽署的協議,英國為阿富汗正規軍提供補助津貼,以作為抵抗波斯的一支緩衝力量。在1857年印度國內爆發叛亂時,多斯特·穆罕默德越界進行干預,可能是因為被圍攻的英國人接受了他的領土要求。在排除了幾個顧問和首領的力勸之後,多斯特·穆罕默德選擇集中力量統一那些至今被看做是阿富汗核心部分的領土。