雖然阿富汗再也沒有遭遇草原騎兵的貪婪入侵和劫掠,但蒙古人和突厥人統治的時代並沒有完全結束。1504年,年方19歲且操突厥語的蒙古人查希爾丁·穆罕默德(通常被稱為巴布林,意即“老虎”)奪取了喀布林(在經受暴君統治的當地平民的邀請下進入喀布林)。巴布林是成吉思汗(其母系)和帖木兒(其父系)的一個後裔,這個年輕人經過多年征戰,最終將撒馬爾罕地區納入其世襲的完全無用的費爾干納汗國。北方的接連失敗使其把目光轉向興都庫什山以南。巴布林花去數年征討普什圖人,一直到坎大哈地區,然後向印度發起了一系列的襲擊。最終於1526年擊敗了吉爾扎伊阿富汗人統治的德里王朝,這次戰鬥的勝利,他的突厥火炮功不可沒。4年之後,也就是巴布林去世那年,他已然控制了印度北部大部分地區和幾乎整個阿富汗。

巴布林還是一個詩人(用波斯語和突厥語寫作)和作家,他的自傳,編輯了40多年之久,被認為是一部經典之作,也是這一歷史時期重要的資訊來源。他寫到他的帖木兒王朝的祖先,阿富汗各部落,還有阿富汗和印度的動植物種類,也寫到了他所熱愛的喀布林,那裡是他的夏都,他以著名的花原來加以美化,而他的陵墓便在其中一個花園裡。巴布林所締造的莫臥兒帝國統治了幾乎所有的印度和阿富汗大部分地區,其至少在名義上前後歷時300年之久。這些傑出成就的行政基礎是巴布林的一個將軍舍爾·汗所奠定的。舍爾·汗是一個土生土長的阿富汗人,他於1537年從巴布林兒子手裡奪得權力並統治了帝國8年。但隨後不久,巴布林的孫子阿克巴開始了其近50年的統治(1556—1605)。阿克巴擴大了帝國的地理範圍,規範了帝國的行政事務,經常任命被打敗的當地非穆斯林首領作為其代理。這種統治結構的大部分在後來英國統治時期仍得以保持,直至1947年印度獨立國家的建立。

儘管阿克巴自己是個文盲,但他是一個藝術的偉大讚助者。他支援波斯文化,並確保其在整個莫臥兒時代的主導地位。他對所有宗教表示寬容。1582年,阿克巴提出了一種新的融合的一神教,稱之為“亭-伊-伊拉希”(Din-i-llahi),即神聖的信仰,融合了伊斯蘭教、印度教、瑣羅亞斯德教和基督教的一些成分。最後一位偉大莫臥兒蘇丹奧朗則布(1658—1707年在位)不顧這種先例,開始迫害印度教徒,隨即激起大規模叛亂,最終削弱了莫臥兒帝國的統治。

雖然部落的忠誠經常可以被收買而不需武力逼迫,但在莫臥兒帝國皇帝正式遜位以前,喀布林和大部分普什圖斯坦一直在名義上作為帝國的一部分。此時,撒馬爾罕的烏茲別克人統治著巴爾赫和阿富汗北部地區(留下了很多有價值的帖木兒王朝風格的遺物),而阿富汗西部地區則被納入伊朗薩非王朝的統治(1502—1736),薩非王朝大約在1506年奪得赫拉特城。坎大哈在薩非王朝和莫臥兒王朝的統治之間搖擺不定,而這取決於權力平衡的波動。

薩非王朝,由蘇菲派宗教領導人的庫爾德人後裔建立,確立了現代伊朗的疆界,並確定什葉派作為國家的統一信條。從其都城伊斯法罕非凡的建築成就來看,阿拔斯一世(1588—1629)的統治是薩非王朝發展的巔峰時期。阿拔斯統治時期,薩非王朝還見證了歐洲各國的利益膨脹,在進行了一個世紀的適度貿易之後,葡萄牙對其進行宗教和殖民的侵略。阿拔斯得到西歐國家的支援,後者推動他開闢一個東方戰線,以反對在地中海和巴爾幹半島進行擴張的奧斯曼土耳其。英國戰艦幫助阿巴斯奪回了具有戰略位置的葡萄牙殖民地——位於波斯灣口的霍爾木茲。