1985年,蘇聯領導人戈爾巴喬夫開始著手解決軍隊從阿富汗撤出的問題。然而,撤軍過程耗時較長,超出了計劃的時間,被視為徹底失敗,完全由美國和巴基斯坦主導,而非單純的單方面撤退。蘇聯開始與美國進行外交交涉。

早在1980年初,美國曾提出要求蘇聯從阿富汗撤軍,但由於蘇聯未做出明確回應,聯合國秘書長庫爾特·瓦爾德海姆於1982年2月指定副秘書長哈維爾·佩雷斯·德奎利亞爾為其代表,前往阿富汗進行外交斡旋。經過幾次訪問,佩雷斯·德奎利亞爾成為聯合國秘書長後,這些經驗被證明非常有益。

從1982年開始,在副秘書長迭戈·科多韋斯的指導下,聯合國秘書處的官員著手設計撤軍計劃。然而,即使蘇聯打算早日離開,由於喀布林政權的外交孤立,阿富汗民主共和國(DRA)陷入複雜的局面。巴基斯坦拒絕承認阿富汗政府,並設法阻止代表參加任何形式的會談。最終,科多韋斯將談判範圍擴大,包括蘇聯和美國代表。蘇聯領導人安德羅波夫似乎不願達成一致性協議,他的去世使談判變得更為複雜,而他的繼任者契爾年科則是一位堅決不妥協的人。戈爾巴喬夫上臺後,外交活動重新開始。

1986年7月,戈爾巴喬夫宣佈象徵性地撤回8000名士兵,表明其政治解決的真誠態度。到年底,他在莫斯科會見了納吉布拉,並告知了最終的決定。納吉布拉被給予足夠時間來穩定國內支持者,並得到巴基斯坦不干擾的保證。接下來的一年多時間,人民民主黨和巴基斯坦就撤軍時間表問題進行了斷斷續續的談判,直到1988年2月,蘇聯領導人對外宣佈在10個月內,從5月15日開始撤回所有軍隊。在這一訊息的刺激下,國內外的和談程序加速。不久,各方一致同意,即使阿富汗國內沒有政治解決方案,撤軍也照常進行。美國和俄國也達成共識,繼續為各自的盟國提供武器。

1988年4月14日,阿富汗和巴基斯坦簽署了一份雙邊協議,根據互不干涉和互不干擾的原則,確認了阿富汗的自主權。完整的日內瓦協定在隨後的一個月內簽署,規定了蘇聯在1989年2月15日之前全部完成的撤軍,並保證了所有阿富汗難民的體面返回。聯合國調停代表團透過在邊境點哈伊拉坦、托爾格洪迪和信丹德空軍基地的永久前哨監控了蘇聯陸軍和空軍的撤退過程。最終,蘇聯按照預定的時間表完成了撤退,將納吉布拉政府留在喀布林。經過3年的戰鬥和談判,在穆斯林游擊隊的支援下,納吉布拉總統下臺,新的阿富汗伊斯蘭共和國成立。

與以前的英屬印度類似,巴基斯坦成為阿富汗政治流亡者的天然避難所,他們在這裡療養創傷、積蓄力量謀求權力。自達伍德政權到蘇聯入侵阿富汗期間,許多小政黨在白沙瓦地區設立辦事處。

1979年夏季第一次激戰後,難民涓涓細流開始湧入,隨後在第二年初激增,形成了龐大的難民洪流,村落和宗族紛紛越過“杜蘭德邊界線”。為確立秩序和分發救濟,巴基斯坦政府求助於白沙瓦地區的政治組織。

1980年,巴基斯坦政府正式承認了白沙瓦的7個政黨,要求所有個人或團體必須向其中一個登記以接受援助。這些政黨也發展了軍事組織,得到來自巴基斯坦、美國、沙烏地阿拉伯以及其他外國政黨的大量軍事和經濟援助。這些政黨成員流動性強,他們之間的聯合在抗戰年代時斷時續。

然而,1980年5月,透過支爾格會議在白沙瓦統一各主要團體的努力迅速失敗。大多數戰鬥人員和難民支援扎希爾領導的聯合陣線,但他們未能制服古勒卜丁·希克馬蒂亞爾的激烈反抗及其激進的伊斯蘭黨。據觀察家分析,巴基斯坦政府並不真正希望在其西北邊境省出現一支強大而統一的阿富汗武裝,因為這些成員經常以難以駕馭的普什圖人為主。

阿富汗的秘密警察部門國家情報機構(KHAD)也在抵抗組織內部散佈不和諧,並獲得了巨大的成功。除了透過假情報和有目的的暴行煽動抵抗組織內部互相殘殺的間諜外,國家情報機構還在阿富汗內部設立了許多“虛假小分隊”,以穆斯林游擊隊的憑證建立起來,然後開始在後方攻擊真正的反抗組織。到1982年10月,已有84個這樣的小分隊在阿富汗各個角落活動。國家情報機構內還設有一個“外國情報理事會”,成功滲透伊朗和巴基斯坦境內的穆斯林游擊隊,並用蘇聯提供的資金收買了邊界兩側的部落。

與阿富汗和巴基斯坦的主要居民一樣,設在巴基斯坦的抵抗組織大多屬於遜尼派穆斯林。阿富汗境內的什葉派抵抗組織主要集中在中西部地區,得到伊朗什葉派政府的支援。

在白沙瓦的穆斯林游擊隊組織中,有3個被認為有“傳統主義”傾向,他們的目標是簡單地把異教徒從阿富汗驅逐,推翻反穆斯林的政權,他們沒有自己的政治綱領,接受杜蘭尼君主國的復辟。

而設在巴基斯坦的其他4個穆斯林游擊隊組織被認為是“伊斯蘭主義者”,他們支援用穆斯林的原則和價值觀建立政府、改造社會。他們排除了達伍德或世襲君主國曾嘗試的西方風格的議會共和制,認為這種制度違背了純正的伊斯蘭教。儘管他們中大多數是普什圖人,但他們反對普什圖民族主義,並譴責那些按照普什圖地方主義和其他傳統而不是穆斯林法統治的毛拉和烏里瑪。