卡爾邁勒作為領導人在其最早的宣告中,就大量地利用宗教語詞,甚至宣稱蘇聯的武力干預是“真主的意志”。自1980年4月起,穆斯林傳統的祈禱詞“奉普慈特慈的真主之名”在缺失近一年之後,再一次出現在政府檔案的開頭。憲法條款也正式承認了伊斯蘭教的崇高地位。

阿富汗政府在努力營造一個蘇聯風格的官方伊斯蘭教,從而使宗教功德服務於政府。在阿富汗歷史上第一次,伊斯蘭事務局在中央政府的資助下建立起來,其目的明顯是為了選派和控制教士。事務局隨後被改為事務部,控制了所有清真寺義捐和私有財產,並負責釋出宗教法令。還劃撥資金以翻修全國500多座清真寺,修建新清真寺,其中僅喀布林一處就修建了34座。宗教教士成為政府僱員,並被鼓勵參加宗教學者和教士委員會——民族祖國陣線的重要組成部分。

新政權還利用經濟刺激手段,最終包括為毛拉和鳥理瑪提供特殊補貼和定額優惠券。甚至還資助每年去麥加朝覲的人,在經濟條件惡化的情況下,為清真寺供應柴火。卡爾邁勒在1985年的演說中稱,政府已經分發了數千本《古蘭經》。

政府還經常組織教士會議以交流其見解,但只有做大量的工作才能把現有的教士拉攏過來。畢竟,不能期待曾經譴責塔拉基相對溫和的改革違背了神聖傳統的毛拉們會相信蘇聯的傀儡——這是他們對政府的看法,即使政府披上了伊斯蘭教的外衣。而且,阿富汗的宗教權威和政治權威一樣紛繁複雜,因此反抗中央任何形式統治的行為也就多了起來。除了個別聲稱自己是先知穆罕默德後裔的顯赫宗教世襲者,絕大多數教士只擁有當地的追隨者。由於前者曾被“人民派”慘忍地處死,因而活下來的人也難消仇恨地與現政權為敵。與之形成鮮明對比的是,從中亞到阿富汗北部的廣大地區,有勢力的“汗王”曾長期供養著強大的教士階層,蘇聯只需唆使一些“紅色毛拉”便可以獲取公眾一定程度的允諾。

相反,卡爾邁勒政權及其蘇聯顧問只關注於培養新一代的屈從的教士。一個更加“平靜的”伊斯蘭教在宗教學校教授,宗教研究也被安排在了普通學校和喀布林大學神學院。對於一般的公眾來說,蘇聯時期阿拉伯語——這門穆斯林經典和祈禱的語言——的學習大大衰減。

儘管有了卡爾邁勒所有的努力,但穆斯林反抗強權的品質只會被擴大化。在蘇聯入侵的幾個月內,一個被稱為“安拉胡艾克拜爾”的民族運動對國內的抵抗組織做了協調,還散佈了秘密檔案,唆使宗教團體高喊反政府的口號。1980年2月,喀布林市出現成千上萬的抗議者,其他城市的穆斯林每晚都爬上他們的屋頂高喊喚禮辭,擾亂政府的宵禁。據觀察者估計,大部分城市居民都參加了這次行動。

1978年5月,“四月革命”第四號政令宣佈烏茲別克、土庫曼、俾路支及努里斯坦族的民族語言與普什圖語和達里語處於平等地位。然而,這個法令的唯一實際意義似乎是在媒體上首次大量曝光少數民族文化。

在卡爾邁勒及其主要以非普什圖人組成的“旗幟派”統治時,借鑑蘇聯幾十年來實施的斯大林民族政策的經驗,阿富汗的民族政策進一步展開。北部地區的省立學校開始用各自的民族語言代替了先前所有阿富汗學校的教學用語,特別是達里語。相應的蘇聯民族共和國發行的書刊雜誌也開始在阿富汗散佈,兩國政府輿論也高度強調疆界兩邊民族的共性。

在蘇聯統治下的中亞地區,政府很大程度上基於蘇聯領土內易於控制的民族認同成功地替換了危險的泛伊斯蘭認同。而在阿富汗,新出臺的政策呼籲人民反對已有250年之久的普什圖優越論,特別是在“人民派”中的民族主義者。不過,阿富汗政府似乎未採取相應措施以促進哈扎拉少數民族文化,這個少數民族雖然使用達里語方言,但長期以來受到迫害。這或許是由於政府擔心這種努力可能為伊朗霍梅尼政權在這個什葉派居民中找到可乘之機。

具有諷刺意味的是,歷史證明阿富汗民族問題是蘇聯佔領軍的重要難題之一。由於故意安排,侵略部隊中的很多人是來自蘇聯伊斯蘭加盟共和國的預備役軍人。這些人通常是衝鋒在前的,有人認為他們的出現有利於戰勝阿富汗人,特別是那些來自北部地區的人。至少像蘇聯顧問所希望的那樣,穆斯林的背景可以使得蘇聯紅軍的反帝口號更為可信。

或許這些措施有利於北部地區作戰,但南部地區的普什圖人已經習慣了他們在阿富汗的主導地位,而且還知道與布哈拉和撒馬爾罕可汗在歷史上的敵對關係。因此,數以萬計的這種部隊突然入侵到普什圖人的腹地,對他們來說,或許,這是比蘇聯的公然武力干預更大的挑釁,更糟糕的是,侵略阿富汗揭示並加劇了蘇聯軍隊內部嚴重的民族分裂。

穆斯林軍人會經常感覺到被割裂的忠誠,甚至在更真實的情況下,他們會利用服役作為試探自己民族和宗教身份認同的機會。自然地,斯拉夫人軍人對陌生語言環境下的任何友善逐漸產生懷疑。隨著雙方犧牲者數量的增加,蘇聯軍隊內部的暴力事件也逐步升級。至1980年3月,蘇聯開始用斯拉夫人替換中亞地區的人。