"人民派"緊隨其後發動了一場逮捕和處決潛在對手的運動,顯然是為了排除反對其改革計劃的勢力。最初,這場運動牽涉到城市中的皇室成員、自由主義者、或對人民民主黨有異議的知識分子、高階教士,以及蘇菲教團領袖,如備受尊敬的哈茲拉特(Hazrat)肖爾·巴扎爾(Shor Bazaar),他的家族在1979年初就被殺害。教授、商人以及在扎希爾或達伍德手下任職的政府官員迅速成為嫌疑物件,其中大多數不久後也成為受害者。那些將才智貢獻給政權的人被新人所取代,這些新人唯一的資格是成為"人民派"的成員,許多有技術的人被迫離開故鄉。同時,宵禁和出行限制也迫使聯合國和其他國家的工作人員離開。

1978年初期的壓迫浪潮中,阿富汗的精英階層中有多達10萬人逃離家園,但他們的困擾才剛剛開始。在24年的逮捕和殺害活動中,大量人員逃離國外,反抗蘇聯入侵和內戰,以及喀布林市的大部分毀壞,最終使得社會階層減少至革命前數量的零頭。

1975年,達伍德逮捕了200名伊斯蘭主義青年武裝人員,到了1979年6月,這些人一夜之間全部被處死。在鄉村地區,類似的殺害活動幾乎沒有詳細記錄。1980年2月,由蘇聯扶植的新共產主義政府宣稱,一年內有數千人被處死,其中一半死於"人民派"發起的恐怖活動,反共產主義的阿富汗人佔了50000至100000人。

普里·查爾希(Pul-e Charkhi)監獄成為酷刑和執行死刑的中心,由於缺乏基本衛生設施而至今尚未完善。被逮捕或失蹤人員的家屬日以繼夜地在監獄牆外等待。執行恐怖活動的主要機構是阿富汗利益保護機構,它是情報人員網路的核心機構,這些人可能是自願或被迫的。到1979年中期,國際特赦組織估計,自革命以來,大約有12000人因未經審判而被監禁。

由於在各省農村地區自發爆發了反抗運動,尤其是在1978年秋末農忙季結束時,死亡人數迅速攀升。裝備精良的阿富汗人在部落長老的領導下發動了襲擊政府哨所的行動,並處死了他們能找到的所有武裝人員。儘管政府控制了軍隊中的高層,但招募的90000名新兵中有一半左右在戰鬥中脫逃或倒戈,加入反叛活動。隨著春季的到來,戰鬥仍未平息,與此前的內外戰爭一樣。

抵抗活動蔓延之際,一些地區從中央政府的控制中脫離,如哈扎拉賈特(Hazarajat)、巴達克尚(Badakhshan)和努里斯坦(Nures-tan),其中後者在1978年爆發,並於1979年3月宣告成立自由努里斯坦。在接下來的幾十年裡,這些少數民族地區一直保持著有效的自治,成為當今阿富汗統一的挑戰之一。

在1979年3月,赫拉特地區爆發大規模暴動,與此同時,赫拉特的伊斯梅爾·汗(Ismail Khan)率領軍隊叛變,其他地方的軍隊也分崩離析。阿富汗政府緊急調集來自坎大哈和喀布林的部隊,並派遣IⅡ-28戰鬥機壓制暴動,導致成千上萬人喪生,其中包括數百名殺害俄國顧問及其家屬的刺客,他們的頭顱被挑起在城市中示眾。伊斯梅爾·汗逃亡併成為穆賈希德(Mujahideen)的主要領導之一。作為回應,哈菲祖拉·阿明接管首相職務,並啟動了更多的政府清洗運動。

阿富汗利益保護機構("Da Afghanistan De Gato De Sat-alo Adara",AGSA)成立於1978年7月。在尼主德國國家安全部(the East German State Security Department)的幫助下,AGSA建立了一支強大的情報員網路,他們受鼓勵向政府提供有關當前敵人家庭成員、朋友、同事、同學及老師的情報。

1979年9月,首相哈菲祖拉·阿明試圖振作精神,做最後的努力,將阿富汗利益保護機構改名為“工人情報協會”,簡稱KAM,並承諾對其進行控制。實際上,這個新命名的機構由阿明的侄子阿薩杜拉(Asadullah)領導,繼續執行與以前相同的職能。到了1979年9月,蘇聯入侵後,巴布拉克·卡爾邁勒用國家情報機構("Khedamati Ittlaati-e Dawlat",簡稱KHAD)替代了工人情報協會,這個新機構接受了蘇聯克格勃(KGB)的培訓。他的親信納吉布拉負責這個新部門,並因其殘酷手段而得名“公牛納吉布拉”。納吉布拉於1986年親自掌權,國家情報機構在運作的13年間擁有約30000名僱員和約100000名情報人員。1984年,國際特赦組織報告指出,在喀布林和其他地方的國家情報機構中心,肉體和精神上的折磨已經制度化。

1979年6月,在以勞工武裝著稱的哈扎拉工人組織發起了一場反抗現政權的暴力示威遊行。地下反政府新聞公告(被稱為"Shab—Namah",即“夜信”)在首都喀布林隨處可見。這場大規模的示威遊行在6月份被血腥地鎮壓。同年8月,一支武裝力量奪取了巴拉·希薩爾城堡,也被進行了鎮壓。

儘管在一些吉爾扎伊人地區,人民派”保持忠誠,因為“人民派”領導人畢竟是阿富汗歷史上第一位吉爾扎伊人統治者,但在此之前,他們曾對杜蘭尼人低頭。政府在一些民族混合地區贏得了支援,那裡有一些底層群體在改革中受益,同時,政府在城市官僚機構的中下層也得到了歡迎。