在薩多查依家族統治的最後幾年,阿富汗陷入流血衝突和混亂無序之中。最終,杜蘭尼普什圖人中數量較多的巴拉克查依宗族奪得了統治權。在多斯特·穆罕默德(1826—1839年在位)和後來的阿卜杜勒·拉赫曼(1880—1901年在位)的領導下,他們將部落聯盟轉變為一個相對具有凝聚力的國家。

帕伊恩達·汗的兒子們(法塔赫·汗的弟弟們)最終一致同意巴拉克查依宗族奪取杜蘭尼王朝的王位繼承權。然而,他們在哪位兄弟能夠勝任這個寶座上存在分歧。每一支兄弟都組成了一個獨立的派系,通常得到其母系部落的支援。例如,吉爾查依宗族人站在控制著坎大哈的兄弟們的麾下。

在接下來的8年裡,阿富汗分裂成了激烈爭吵的幾個侯國,而外圍地區如俾路支斯坦和克什米爾則永久失去。這導致阿富汗政府的主要稅收來源大大減少。帕伊恩達的小兒子,法塔赫的副手多斯特·穆罕默德,被派往伽色尼地區,他成功將喀布林北部的科希斯坦地區納入他的統轄範圍。多斯特·穆罕默德在他母親所屬的紅頭巾部落的幫助下,以及憑藉他的自然魅力、外交手腕,以及在喀布林的政治巧妙贏得了支援。1826年,多斯特·穆罕默德贏得了對喀布林的全面控制權,並自稱為“埃米爾”(首領)。儘管其他兄弟尊重他為同輩弟兄中的第一人,但他們繼續在阿富汗南部進行獨立統治。

然而,多斯特·穆罕默德未能在奪取的巴爾赫地區保持“布哈拉埃米爾”的身份。在他執政的早期,他充其量只是一個地方封建領主。儘管據英國使節亞歷山大·伯恩斯證實,多斯特·穆罕默德在學習閱讀和書寫方面付出了努力,並試圖公正、和平地管理國家,但他也屠殺了許多反對者,對武力和背信棄義毫不猶豫。他未能建立一個現代的行政管理部門,他的統治雖然最終覆蓋了整個現代阿富汗,但更多地是個人性質而非國家性質。

在外交事務方面,多斯特·穆罕默德執政時期,擴張的俄國與英帝國之間爆發了歷時一個世紀之久的衝突,即著名的“大博弈”。這場衝突與這兩大帝國存在的時間一樣長,甚至更長,可能也諷刺地保證了阿富汗以一個緩衝國家的身份獨立。在18世紀30年代初期,英國擔心一個軟弱、分裂的阿富汗會成為俄國干預的藉口。英國還認為阿赫邁德沙·杜蘭尼的孫子,他們的老代理人舒賈,是一個比多斯特·穆罕默德更受歡迎和可靠的統治者。因此,英國於1834年給予舒賈財政上的支援,試圖重新奪得王權。

多斯特·穆罕默德率領巴拉克查依人在坎大哈外圍擊敗舒賈。然而,當他們正在激戰時,蘭吉特·辛格抓住機會,率領錫克教徒佔領了白沙瓦,並任命多斯特·穆罕默德的一位兄長穆罕默德·汗為白沙瓦地方長官。由於白沙瓦和周邊地區是普什圖人祖國不可爭辯的一部分,這次損失深深地刺激了多斯特·穆罕默德。

在1834年之後,多斯特·穆罕默德的兒子穆罕默德·阿克巴爾(1847年去世)率領軍隊贏得了一場勝利,大軍逼近錫克教徒,但突然停止向白沙瓦地區推進。兩年後,多斯特·穆罕默德請求新任印度總督洛德·奧克蘭,在其錫克教徒同盟者中斡旋,以歸還白沙瓦地區。這一重要請求引發了長達兩年的談判,由英國代表亞歷山大·伯恩斯主持。多斯特·穆罕默德期待收回白沙瓦地區,而英國則希望將阿富汗納入其勢力範圍,然而最終談判無果。

在談判進行的同時,波斯王穆罕默德·米爾扎(1810—1848)在俄國顧問和官員的支援下,於1837年11月向赫拉特進軍。赫拉特城仍然在馬茂德的兒子卡姆蘭的控制下,經過8個月的圍攻仍在堅守。這給英國足夠的時間採取措施,對抗他們視為印度威脅的俄國。1838年6月,英國印度軍隊在波斯灣的哈爾克島登陸,並透過英國特使的直接威脅,波斯王撤軍了。

由於英國不願對錫克教徒首領蘭吉特·辛格施加壓力,為了在與英國談判時增加砝碼,當波斯—俄國軍隊仍在圍攻赫拉特時,多斯特·穆罕默德同意接收一個曖昧的俄國使節,被稱為上尉或中尉維特克維奇。同時,多斯特·穆罕默德的兄長在坎大哈準備效忠於波斯王米爾扎。這導致洛德·奧克蘭怒火中燒,堅持認為多斯特·穆罕默德應該拒絕任何俄國或波斯使節。儘管亞歷山大·伯恩斯選擇支援多斯特·穆罕默德而非舒賈·沙,但他無法動搖洛德·奧克蘭的態度。於是,在1838年四月,亞歷山大·伯恩斯離開喀布林。這時,第一次英阿戰爭拉開了帷幕。