無論阿富汗政府的形勢多麼危急“人民派”和“旗幟派”之間的激烈鬥爭幾乎沒有停止過。這兩大派別內部也圍繞核心人物結合成小的派系。同時，據稱蘇聯間諜致力於建立自己的人民民主黨派別，並寄希望於訴諸武力來實現黨的統一。
卡爾邁勒設法在高層鞏固權力。在蘇聯的幫助下，他於6月清除了“人民派”的關鍵領導人薩爾瓦里。這可能是因為薩爾瓦里此前提出讓蘇聯撤軍的建議，並開始與其他“人民派”領導人聚攏。在這個月裡，有13人被處死，其中包括3名部長。
宗派主義繼續困擾著人民民主黨，儘管其成員的數量確實得到增加。1982年中期，卡爾邁勒聲稱人民民主黨有70000名會員，但據觀察家估計，真實的數字應該在20000名左右，其中至少2/3是旗幟派。派系鬥爭偶爾也會演變成流血衝突。在1982年3月的黨代會期間，卡爾邁勒試圖透過操縱選舉步驟來控制整個會議，最終導致5名黨員被殺。同時，蘇維埃大學的“人民派”和“旗幟派”學生爆發激烈衝突。
武裝部隊的隊伍（至1980年末僅剩30000名士兵沒有離隊）仍然主要是“人民派”的禁地。1980年4月，在“四月革命”的第二個週年紀念日慶典閱兵式上，有軍官掛起紅旗，拒絕恢復三色旗，公然表達對卡爾邁勒的不滿。他們抵制來自卡爾邁勒及其“旗幟派”國防部長的各種命令，並拒絕接受政府派遣“旗幟派”官員替換“人民派”成員，將後者調任到次要的崗位。
由於國防部掌握在“旗幟派”的手中“人民派”內政部長賽義德·古拉布祖伊建立了一個由“人民派”控制的武裝警察部隊，這支力量最終變得比正規軍還強大。這支武裝警察部隊下屬有一個步兵單位（Sarandoy），有時會與“旗幟派”成員穆罕默德·納吉布拉嚴密控制的國家情報機構發生激戰。國家情報機構擁有自己完整的獨立師，同時還有龐大的間諜網路。
這樣，原本可以用來打擊叛亂的武裝部隊卻充滿了紛爭和偏執。在蘇聯控制的地區，由於人力資源匱乏導致徵兵數量萎縮，也成為一個常見的難題。為了緩解這個問題，政府設法建立各種民兵組織。政府工作人員被要求在晚上負責守衛工作，而其他平民組織則負責看護農田和工廠。按照古老的阿富汗傳統，一些部落民兵組織實際上是透過向部落長老支付大量報酬而徵募來的。
卡爾邁勒的新政策對戰爭敵對方的命運沒有產生絲毫的影響。這些措施甚至都沒有觸及占人口大多數的鄉村和山區。至20世紀80年代中期，約有數百萬居民，據估計佔總人口的1/3，居住在由反蘇穆斯林游擊隊領導人控制的巴基斯坦和伊朗的難民營中。
這場戰爭持續在政治和軍事上榨乾蘇聯，並看不到結束的希望。儘管蘇聯改進了策略並實行殘忍的焦土政策，但到20世紀80年代，反抗組織在人數、軍事訓練，特別是武器裝備方面得到了改善。除了給蘇聯經濟增加沉重的負擔外，佔領也使蘇聯的聲望在全世界一落千丈，尤其是在穆斯林國家中。一次迅速而成功的侵略可能很快就被原諒，甚至可能會增加蘇聯在該地區的影響力，但長期而徒勞地與阿富汗人民的鬥爭將成為一個純粹的負擔。
然而，蘇聯沒有任何戰略撤退的意圖，年老的蘇聯領導人被幾乎整個時期內連續不斷的危機所吞噬。黨的首腦列昂尼德·勃列日涅夫經過至少一年的身體不適之後，於1982年11月去世。同時，他的兩位年邁的繼任者，尤里·安德羅波夫和康斯坦丁·契爾年科在其短暫的任期內一直與病魔抗爭。1985年春季，米哈伊爾·戈爾巴喬夫接任為黨的首腦，決定改善與美國和中國的關係，但即使他想從阿富汗撤退，他在蘇聯領導層也缺少足夠的支援。
據說，戈爾巴喬夫給予蘇軍一年的時間來粉碎抵抗運動，並向卡爾邁勒施加壓力，敦促他進一步遠離革命性的語言和政策。1985年4月，卡爾邁勒召集了一次大支爾格會議，據稱有1800名與會者，代表了整個國家（而實際參加者約600人）。隨後，又在“邊境部落”中召集了一次更大規模的支爾格會議，參加者有來自巴基斯坦邊境地區的數百名代表。大約在1985年8月，全民大選舉行，但在喀布林幾乎沒有人參加投票。儘管這些積極行動，阿富汗領導人並未贏得新的支援。
隨後的1985年，卡爾邁勒再次將非共產主義者納入政府。第二年，他委託一個新的民族和解委員會，其中包括商人和宗教人物，起草了一部新憲法。他還鼓勵半獨立的個人組織公開活動。
然而，此時蘇聯認為卡爾邁勒缺乏才幹，政權已經接近失敗。1986年5月4日，在蘇聯的支援下，粗暴但有才幹的國家情報機構領導人穆罕默德·納吉布拉，一位“旗幟派”成員，普什圖人，掌握了人民民主黨的領導權，並在隨後的幾個月裡不斷鞏固自己的權力。卡爾邁勒於同年11月被流放到莫斯科，十年後因肝病在他鄉去世。
1987年初，納吉布拉宣佈單方面停火6個月，並隨後延長停火期6個月。民族和解委員會的委員遍佈全國，與抵抗組織、流亡者和難民建立聯絡。納吉布拉聲稱有幾千名反對派代表參加了委員會，地方聯合政府已在多個地方建立。
穆罕默德·納吉布拉於1947年8月出生在帕克蒂亞省吉爾扎伊普什圖部落的艾哈邁德扎伊小部落裡，家庭富有。他的父親曾在20世紀60年代擔任阿富汗駐白沙瓦領事。
納吉布拉曾在喀布林哈比比亞高中上學，並於1975年在喀布林大學獲得醫學學士學位。在1965年，年僅十多歲時，他就參加了人民民主黨的建立大會。分裂後，他成為中上階層的“旗幟派”成員之一。因身材魁梧，他在1973年之前一直擔任卡爾邁勒的保鏢。
納吉布拉領導著大學裡的“旗幟派”成員，經常在大學為參加示威活動的學生演講。他是一位多語言演說家，可以用普什圖語、達里語、烏爾都語和英語演講。由於積極活動，他曾兩次被監禁。1977年，人民民主黨再次統一時，他被安排在中央委員會工作。1978年末，他與導師卡爾邁勒一同流亡國外，1980年回國，進入最高領導層。至1986年，蘇聯對卡爾邁勒失去信心，納吉布拉成為第四任也是最後一任阿富汗共產主義統治者。
1987年11月，納吉布拉召集大支爾格會議，批准新憲法，為多黨民主製做準備。會議任命納吉布拉為新的阿富汗共和國總統，廢棄國名中“民主”一詞。第二年，他開始發起選舉。此時，蘇聯既期待最好的結果，也開始準備從阿富汗撤軍。
