公元806年，傳奇人物哈倫·拉西德去世後，阿拔斯王朝開始走向瓦解（儘管在接下來的450年裡仍保持著形式上的權力）。到了9世紀中葉，許多半獨立的侯國開始出現，尤其是在東部省份。赫拉特的塔希爾·本·侯賽因及其後裔，即塔希爾王朝的君主們，自821年至873年統治呼羅珊地區。然而，在867年，耶古布·本·萊伊斯·薩法爾，一位來自錫斯坦的穆斯林銅匠學徒，奪取了赫拉特城，統一了包括今天阿富汗在內的地區。薩法爾統治期間，他在870年左右攻佔了喀布林，成功打破了印度教和佛教在阿富汗的最後據點。一段短暫的印度沙希王朝復興未能在下個世紀維持。此後，薩耶爾的後裔作為其他帝國和王朝的諸侯統治了錫斯坦地區長達600年。
大約在同一時期，波斯穆斯林王朝薩曼王朝由塔希爾·胡達（819—864年在位）建立，確立了在首都布哈拉和撒馬爾罕地區的統治。在他們的統治下，這些城市以及後來的阿富汗的巴爾赫成為了知識、詩歌、建築和藝術的中心，與巴格達一樣聞名。這一時期，來自巴爾赫地區的著名詩人有阿布·阿卜杜拉·加法爾（羅達基）、沙庫·巴爾希、沙希德·巴爾希，以及女詩人拉比耶·巴爾希。薩曼王朝的作家們為後來的波斯語文學奠定了重要的基礎。
在公元900年左右，薩曼王朝取得了對薩法爾王朝所有領土的統治權，統一了阿富汗，包括呼羅珊、河中地區以及烏滸水以北的土地，形成一個持續百年之久的穩定、寬容的穆斯林政權。然而，自960年起，薩曼王朝開始受到來自北方遊牧民族的壓力，即突厥人和蒙古人的後裔。這些遊牧民族將在穆斯林歷史中發揮核心作用，直至現代的黎明。990年，依蘭克·汗突厥人奪取了布哈拉，9年後滅亡了薩曼王朝。
薩曼王朝因其正統穆斯林的虔誠、對波斯文化的贊助以及鬆散的統治而享有盛譽。而隨後崛起的伽色尼王朝，在阿富汗歷史上以其強大的軍事力量和對伊斯蘭教的積極推動而著稱。
伽色尼王朝建立之初面臨著特殊的環境，為整個穆斯林世界奠定了一個普遍的模式。穆斯林統治者在攻佔伊斯蘭地區之外的領土時，將俘獲的奴隸補充到穆斯林軍隊中，並很快成為軍隊的領導者。這些奴隸軍官往往在省區甚至首都擁有有效的權力，最終崛起並掌握大權。
阿爾勒波的斤是一位奴隸出身的突厥將軍，曾是薩曼王朝呼羅珊地區衛戍軍隊的長官。在一場政變失敗後，他攜帶著突厥支持者逃往伽色尼，並從961年開始統治該地區，代替了薩曼王朝。到994年，他的奴隸兼女婿薩布克的斤將伽色尼王朝的控制範圍擴大到烏滸水以南的呼羅珊地區，藉助依蘭克·汗突厥人推翻了薩曼王朝。
薩布克的斤的兒子伽色尼·馬赫穆德（988—1030年在位）成為伽色尼帝國的建立者，這是第一個在阿富汗內部實現統治的穆斯林大國。他親征印度17次，將俾路支斯坦、旁遮普、克什米爾和恆河上游地區納入統治範圍，並透過洗劫城鎮，利用印度教廟宇的財富支援其統治。他不僅是一個征服者，還是一位激進的穆斯林，對印度和阿富汗進行了大規模的伊斯蘭化運動。他透過第一次地印度教清除行動最終使阿富汗成為世界上最純粹的穆斯林國家之一，幾乎沒有一個大的基督教少數民族存在。
在伽色尼當地，考古學家在伽色尼廢棄的清真寺附近挖掘出大量破舊的印度教雕像殘餘，這些雕像很可能在此被用作階梯。馬赫穆德以“搗毀偶像者”和“印度之鞭”而知名，他對索謨那特最大的廟宇的毀壞，以及他聲稱屠殺了成千上萬印度教徒的行為，成為20世紀印度民族主義者集結力量的象徵。
馬赫穆德在向西擴張領土的過程中，從什葉派布韋希王朝那裡奪取了伊朗的大部分領土。這次擴張受到了巴格達的遜尼派哈里發的支援，他與馬赫穆德同屬遜尼派，積極支援這一行動。
一旦馬赫穆德穩固了他的王權，他利用透過戰爭得到的戰利品將加茲尼重建成一個宏偉而輝煌的城市。他興建的一些清真寺和宮殿的廢墟至今仍矗立在阿富汗的各種考古遺址中，尤其是在阿富汗西南部的博斯特地區。然而，由於在隨後的年代中發生的多次破壞，伽色尼的遺蹟相對較少。作為蘇丹，他還建立了大學，教授數學、宗教、醫學和人文學科。
儘管伽色尼王朝的統治者是突厥人，但他們效仿薩曼王朝，將波斯語作為宮廷和帝國的官方語言。據說，馬赫穆德曾將900名學者、詩人和穆斯林哲學家帶回伽色尼。他任命科學家和歷史學家阿爾·畢魯尼（Al-Biruni 973—1048）為宮廷占星家，後者以阿拉伯語寫作，其著作《印度》是一部重要的歷史文獻。馬赫穆德還支援歷史學家阿爾·烏特比（Al-Utbi）和白伊海基（Baihaqi），哲學家法拉比（Farabi）以及一群重要的波斯詩人，包括偉大的菲爾多西（Ferdowsi）。這些作家不僅有助於傳播伽色尼王朝的榮耀，而且記錄了對美麗建築、花園以及以精美藝術品和壯觀慶典為裝飾的生活的描述。傳說中，伽色尼統治者的廄中飼養著2500頭大象，軍營中有成千上萬的奴隸士兵。
