1958年10月28日，阿尤布·汗將軍領導的軍事政變，既是巴基斯坦歷史的轉折點，也是巴行政與軍事關係的新起點。這場軍事政變發生在美巴關係穩固、而印巴關係仍舊動盪不安之際，阿尤布·汗自己稱之為受到廣泛歡迎的革命，政變也被視為是對被指責為無能和腐敗的政治家們的抗議。雖然阿尤布·汗努力引入直接的民主體制，但諸如其統治的合法性、東西巴基斯坦之間的裂隙、宗教學者（烏力馬）領導的現代派與保守派之間的兩極分化等問題一直沒有減弱。
軍事角色已經從先前1947-1958年議會期間的間接性權力因素，變換成現在的旗艦地位。在後續的年份中，這種習慣的深深確立，同時提出了軍隊領導的政治文化生態這一嚴重問題。據說阿尤布·汗執政時期是發展的十年，但是其不可預知的特性，以及其不願使巴基斯坦人從事不同政見的多元政治，只是加劇了東西兩翼的緊張關係。
在一種軍隊領導的中央集權體制下，統治問題沒有得到解決，帶來的結果之一就是1971年東巴基斯坦的騷亂式分離。不過最近幾年，把阿尤布·汗看作是後殖民社會中的現代化者而進行研究的興趣逐步增加。尼赫魯於1964年去世之後，阿尤布·汗常常被看作亞洲最傑出的政治家之一。
軍方正式接管權力時，許多巴基斯坦人歡迎這一變化，認為這會帶來積極的轉變。另一些人持懷疑態度，不過作壁上觀。在過去的五十年中，軍隊一直掌握著這個國家的事務大權，在完全控制和部分收縮中搖擺不定。普通巴基斯坦人和學術界一直提出軍方統治的動機和結果問題。
在20世紀五六十年代，非洲、亞洲和拉美的很多國家都是在軍方控制下。所有這些情況下，將軍們都承諾改革、經濟發展、負責任的政治體制以及透明的統治。他們一度也因提供了穩定和秩序而受到西方政府的歡迎，連一些學者也支援軍事接管。
在其後的幾十年中，軍事政權未能提供這些，相反加劇了意識形態和經濟分裂，市民組織、分析家們和學者們對軍事獨裁的批評逐步增長。1989年冷戰結束後，雖然包括巴基斯坦在內的許多國家仍然被政治的和意識形態的挑戰所困擾，將軍們常常答應提供新秩序，但全方位民主化的觀點越來越流行。
關於巴基斯坦政治經濟結構和制度中軍方地位穩固上升的問題，存在許多種觀點。傳統上，巴基斯坦的發展和其地理上分隔為兩個遙遠而獨立的地區，導致了一些有關其生存狀態的懷疑主義看法。在奠基者穆罕默德·阿里·真納去世後，國家缺乏合適的領導，這些懷疑主義的情緒上升了。
雖然印度和巴基斯坦兩國繼承了類似的多元文化和結構，但這類分析的一個特點，是常常將巴基斯坦看成民主和世俗化印度的另一面。尼赫魯和其他的一些國父們透過世俗性和參與性憲法、透過對土邦的重組、透過依賴發展良好的政黨如印度國大黨，確保了印度聯邦的系統化形成。
在制憲過程中的延誤、把焦點集中在個人而非制度的錯誤，以及考慮安全超過國家建設，這些因素合在一起削弱了巴基斯坦脆弱的政治文化。在權力真空內，將軍們和官僚們成了獨裁者，政治家們成了他們的下級甚至是僕從式的助手。
精英階層追求土邦建設甚至不惜以犧牲國家建設為代價，這或許解釋了官吏比政治機構或其他民事機構如司法和媒體重要的原因。作為官僚機構中的最強力量，軍方既是政治家之間爭吵的受益者，同時也是相關聯的旁觀者，其偶爾利用這些不同政見時從不猶豫。
巴基斯坦軍隊首領阿尤布·汗自1951年成為總司令後，在國家的一些重要決定和發展中，從來都參與其事，這一點可從他的自傳和其他一些同時代資料、包括美國政府的檔案中得到證實。他強烈傾向於美國，後者在與共產主義進行作戰的全球戰略中需要包括這個穆斯林國家，這給巴基斯坦軍方帶來了更多力量和權勢。阿尤布·汗在東孟加拉領導軍隊時，就曾經利用過相比較政治家們而言所具有的間接影響力，在1951年接手處理拉瓦爾品第陰謀事件時，就建立了其作為巴基斯坦政治領域中最重要力量的地位。
這個陰謀是一些高階軍官與其左翼同盟者策劃的，據稱他們要密謀實施軍事政變，以將該國建成為一個社會主義共和國。由於一位內部人士向當局洩密，這個陰謀被官方所得知，阿里汗總理與軍方首腦採取了先發制人的措施。阿尤布·汗透過特別軍事法庭審判了這些軍事人物，並給他們判處了長期徒刑，同時使軍官們遵從嚴格的英國模式，遠離政治行為。
事實上，早在他於1958年10月28日正式接管國家之前很久，阿尤布·汗自己就計劃著奪取權力，使巴基斯坦的政治命運改變方向。阿尤布·汗1954年成為國防部長，從而在內閣中位居重要的一席之地，當然也在等待他的時間。
巴基斯坦將軍們在國家政治文化中的優先性，在諸多其他因素中，要歸於繼任美國政府迫切的冷戰需求，他們渴望在靠近中國和蘇聯中亞這兩個重要的亞洲區域中有一個戰略盟友。與此同時，這個前殖民地政權一度遭到嚴重削弱，印度也拒絕改變有關克什米爾的立場，使得巴基斯坦需要華盛頓的武裝與經濟支援。這種共同的優先考慮，得到了巴基斯坦西方化取向的文官與軍事領導們的認可，他們渴望與北大西洋列強建立更緊密的同盟關係。
不過，這種安全關係阻止了該國民主和外交政策方面的公開爭論，導致了其政治經濟的持久不平衡。即使在六十年之後，巴基斯坦的政治文化仍舊是破碎的，其包括教育和健康在內的發展部門，與包括未審計的核部門在內的大規模國防開支相比，依然處於貧弱水平。
將軍們接管政權或許很容易，但當他們個人的與部門的利益與國家的架構交織在一起時，總是騎虎難下。雖然軍隊在巴基斯坦的內政外交領域是不受挑戰的力量，但也在政治家和旁遮普之外的普通大眾那裡引起了巨大的被剝奪感，大部分人事部門的職位和高階軍職被來自旁遮普省的人員充任。
自英國統治印度以來，軍隊招募侷限於被殖民地當局稱為“勇敢的民族”的特定地區和集團，使旁遮普穆斯林與錫克農民佔據了大部分職位。
1947年，巴基斯坦的文職和軍事部門充斥著旁遮普人，軍隊的將軍們常常與旁遮普的政治家們一道，在國家政治中擔任領導角色，結果在東孟加拉人和西部其他省份中引起了嚴重的疏離感。經過幾十年的發展，巴基斯坦武裝力量已經努力招募了非旁遮普人，與20年前相比，高階軍官中普什圖人與說烏爾都語者越來越多。
是陸軍而非空軍或海軍處於該國政治經濟的前沿，另外兩個軍事部門常常被看作是更職業的而且非政治性的力量。與此同時.在陸軍內部，只是高階將軍們或兵團司令們，在做出一些更替政府、外交政策、核與預算分配等領域的重要決定。陸軍有很強的嚴密組織管理傳統，支援將軍們的決策，如實施軍事管制、與印度交戰或控制巴基斯坦一阿富汗邊境局勢。
