光緒七年的江蘇江寧，夜幕深沉。江寧保甲局的捕快們如同暗夜中的獵豹，破獲了一宗驚心動魄的盜竊案。被捕獲的盜賊名喚李大鳳，他面對鐵證如山，為了求得一線生機，對自己的罪行供認不諱，甚至不惜出賣同夥，揭示出一幅錯綜複雜的犯罪網路。
令人震驚的是，李大鳳的供述中還牽出了一起舊案。他提到自己的表弟朱彪，三年前神秘失蹤，後來竟得知是被兩個小混混週五、沈鮑洪聯手殺害於江寧。這一訊息如同驚雷般在江寧上空炸響，官府立即下令捉拿週五和沈鮑洪。
兩人被抓後，經受不住官府的嚴刑拷問，很快便承認了罪行。他們供述，光緒三年的一個寒冷冬夜，兩人在江寧府上元縣的三牌樓竹園裡，殘忍地將朱彪砍死，隨後拋屍潛逃。兩人的供述如出一轍，時間、地點、作案手法都毫無出入，看似是一樁鐵證如山的殺人案。
然而，就在眾人以為案件即將告破之際，審訊的官員們卻面露愁色，記錄供詞的書吏更是手抖如篩。原來，週五和沈鮑洪供認的這起殺人案，竟與四年前的一起舊案高度重合，很可能是同一案件。而四年前的那起案子早已結案，兩名兇手也已被處以斬刑。
這究竟是怎麼回事？難道還有更大的陰謀隱藏在背後？江寧的夜空下，一場關於真相與謊言的較量悄然展開。
光緒三年的十二月初十，江寧城內的三牌樓竹園裡籠罩在一片詭異的氣氛中。有人在這裡發現了一具無名男屍，他的身上佈滿了傷痕，髮辮被殘忍地砍落，顯得異常悽慘。現場的物品散落一地，有表芯紙、石灰包、篾刀和草鞋等，但四周卻不見一絲血跡和踐踏的痕跡。這顯然是一起精心策劃的謀殺案，然而死者身份成謎，線索稀少，使得案件的偵破難度直線上升。
兩江總督沈葆楨接到這起詭異命案的報告後，心中湧起一股不安。他深知這起案件若不盡快偵破，必將引起城中百姓的恐慌。於是，他立刻派出了自己的心腹干將、營務處總辦洪汝奎，責令他務必儘快緝拿兇犯，給死者一個公道。
洪汝奎接到命令後不敢有絲毫懈怠，他立即安排緝捕委員、候補參將胡金傳全力追捕殺人嫌犯。胡金傳帶領手下開始了緊張的走訪調查，希望能從中找到一絲線索。
在走訪過程中，一個名叫左一良的乞丐提供了一條重要資訊。他稱自己曾聽賣瓜子的小販方小庚和一個三牌樓的老奶奶談論過這起命案，還說自己曾親眼見過死者。胡金傳立刻找到了方小庚，這個年僅十八九歲的少年雖然耳背、反應遲緩，但他提供了一條極為關鍵的線索。
方小庚回憶道，在十二月初九的晚上，月亮高懸，地上的積雪銀白一片。他路過三牌樓竹園附近時，隱約看見一個人躺在雪地裡。他好奇地上前一摸，發現那人臉上冰涼，已經沒有了氣息。他嚇得趕緊躲了起來，就在這時，他看見了三個人走了過來。其中兩人一高一矮，臉上都有麻子，第三人則是一個禿頭，看起來像是一個和尚。方小庚不敢出聲，等三人離開後，他才敢離開現場。
胡金傳根據方小庚的供述，迅速捉拿了三牌樓附近妙耳山的僧人紹宗、屠戶曲學如以及在營中當伙伕的張克友三人。經方小庚指認，這三人正是那晚他在竹園見到的三個人。
捉拿嫌犯的任務雖然完成，但接下來的審訊才是關鍵。洪汝奎命令候補知縣嚴堃、丁仁澤、候補同單之珩和胡金傳聯合審訊此案，務必查明死者身份、殺人動機、殺人過程和兇器。一場關於真相與謊言的較量即將展開，究竟是誰犯下了這起殘忍的謀殺案？又隱藏著怎樣的秘密？一切都將隨著審訊的深入而逐漸揭曉。
說是四人會審，但事實並非如此。丁仁澤匆匆參與了一回，便投身於繁忙的海運事務中；單之珩因與胡金傳有舊怨，沒多久就找個藉口，撇下案子走了。因此，這樁案子的審理重擔，實際上落在了嚴堃和胡金傳兩人的肩上。
審訊伊始，那三人咬緊牙關，拒不認罪。然而，嚴刑拷打之下，張克友的心理防線率先崩潰。他哆哆嗦嗦地招供，聲稱死者是何春榮家的一名姓謝的僱工。據說，這謝某生前與高馮氏有染，被高馮氏的另一個情夫紹宗得知。紹宗心生妒恨，便叫上他和曲學如，趁著夜深人靜，將謝某殘忍地殺害在竹園之中。
紹宗在嚴刑逼供下，也無奈地承認了此事。
當差役們將高馮氏和何春榮傳喚到大堂對質時，事情卻出現了戲劇性的轉折。高馮氏堅決否認通姦一事，還堅稱自己根本不認識謝某；何春榮也矢口否認，說自己家從未有過姓謝的僱工。顯然，張克友的口供完全是在胡編亂造。
嚴堃和胡金傳深感棘手，再次提審三人。這一次，他們加大了審訊力度，繼續用嚴刑逼供。在強大的壓力下，張克友開始語無倫次，一會兒說死者叫薛泳銓，一會兒又改口說死者是薛春芳；連殺人動機也變得模糊不清，一會兒說是為了錢財，一會兒又說是其他什麼原因。在張克友的招供後，紹宗和曲學如也相繼崩潰，紛紛招供。
在陰暗的牢房裡，紹宗、曲學如和張克友三人低著頭，承認了他們的罪行。他們垂涎外地販豬客商薛春芳身上的銀兩，於是在一個寂靜的夜晚，他們殘忍地將薛春芳殺害，並瓜分了他的錢財。殺人後，他們匆忙脫下薛春芳身上的血衣，帶回妙耳山焚燒，企圖銷燬罪證。
據他們供述，屍體旁的表芯紙是曲學如用來擦去手上血跡的，石灰是紹宗塞入死者口中的，而那把篾刀則是張克友用來行兇的兇器。至於那雙草鞋，則是死者薛春芳留下的唯一遺物。
官府根據他們的供述，在妙耳山廟中找到了一把屠刀，認定為殺人兇器；山上的一堆灰燼，被認定為死者衣服的灰燼；而在曲學如的家中，更是搜出了一把鐮刀，被認定為曲學如的殺人兇器。然而，死者的身份卻始終未能核實，官府只能簡單地將其認定為和州客商。
人證、物證、口供一應俱全，嚴堃和胡金傳將案情整理成卷，上報給了洪汝奎。洪汝奎接到案情後，進行了認真的核查。他再次提審了方小庚，讓他重新辨認嫌犯；還親自前往案發現場進行勘察。
或許是出於對嚴堃和胡金傳的信任，洪汝奎在核查過程中百密一疏。他並沒有親自查驗屍體，也沒有核對死者傷口和兇器的尺寸，更沒有察覺到嚴堃和胡金傳對犯人可能存在的刑訊逼供。因此，他順利地透過了案件的稽核，但在上報給沈葆楨時，還是謹慎地建議沈葆楨派官員重審一次。
令人意想不到的是，當案子交到沈葆楨手中時，他並沒有按照洪汝奎的建議重審此案，反而直接下令將紹宗、曲學如就地正法！這究竟是因為什麼呢？這背後又隱藏著怎樣的秘密和陰謀？
一枚五角銅錢，看似微不足道，卻如一塊巨石般激起了沈葆楨心中的驚濤駭浪。這枚銅錢，竟是從曲學如的物品中搜出，它並非尋常之物，而是兩江地區一個秘密會堂私鑄的標記。
兩江之地，曾是太平天國運動的暴風眼，戰後，秘密會黨如雨後春筍般湧現，歷任兩江總督無不將此視為心頭大患，嚴懲不貸。這枚銅錢，就像是會黨的暗語，讓沈葆楨嗅到了不安的氣息。他心中頓時有了決斷，認為這起案件不過是會黨土匪間的自相殘殺，無需深究。
於是，光緒四年的二月，紹宗、曲學如被就地正法，而張克友雖逃過一死，卻被割去耳朵，驅逐出江寧城。
然而，誰曾想，四年後，那起被匆匆了結的三牌樓竹園案，竟再次浮出水面。兩起案件，究竟是不是同一樁？真兇又是誰？如果週五、沈鮑洪真的是三牌樓案的真兇，那四年前審結的那起案件，豈不是一樁冤案？
江寧城內，關於兩起案件的議論如潮水般湧動。人們紛紛猜測，議論不休。訊息越傳越遠，甚至驚動了《申報》，進行了刊發。
而那些四年前被斬首的曲學如的家人，更是悲憤難平。他們組織起來，浩浩蕩蕩地前往兩江總督衙門，要求為曲學如申冤平反。他們的呼喊聲、哭泣聲，在衙門前久久迴盪，讓人不禁為之動容。
隨著輿論的譁然，三牌樓案已如野火般燃燒，再也無法遮掩。審訊官員們深知事態嚴重，只得將週五、沈鮑洪的案情緊急上報給了兩江總督劉坤一。劉坤一眉頭緊鎖，他深知這起案件已經不僅僅是一起簡單的命案，更牽扯到了兩江地區的安穩與民心。
於是，他迅速委派江寧布政使梁肇煌、鹽巡道德壽、江寧知府趙佑宸等一眾官員，組成專案組，決心合併審理這兩樁跨度四年的三牌樓案。
專案組一成立，便立刻提訊了週五和沈鮑洪。在專案組的嚴密審訊下，兩人終於招供了更多的細節。官府按圖索驥，迅速拘捕了更多的人證，找到了更多的旁證。隨著調查的深入，案件的真相如同剝洋蔥般，一層層地展現在了眾人面前。
原來，在光緒3年的一個深秋，週五在江蘇阜寧縣西鄉誘拐了劉王氏，並帶上和自己苟合成婚的劉高氏乘船南下。途中，他們遇到了週五的老朋友朱彪和沈鮑洪。同行的還有被朱彪誘拐為妻的趙高氏，以及篾匠許嘉福一家人。
在漫長的航行中，朱彪對劉王氏的美貌垂涎三尺，起了歪念。當船隊在江寧六合縣落腳時，朱彪輕而易舉地將劉王氏引誘到手，並與之同宿。之後，他更是趁週五不注意，與劉王氏私奔了。
週五得知此事後憤怒不已，但他深知自己不是習武的朱彪的對手。於是，他找到沈鮑洪商量對策，打算約他一起找朱彪算賬。然而，沈鮑洪此時已經和趙高氏有了姦情，他擔心朱彪知道後會找自己的麻煩。於是，一個邪惡的念頭在他心中滋生——不如先下手為強，以除後患。
於是，在一個風雨交加的夜晚，週五偷偷溜進許嘉福的住處，偷走了他的篾刀，並帶上幾包石灰。兩人相約前往江寧城，尋找朱彪的蹤跡。一場驚心動魄的較量，即將在江寧城的某個角落上演……
十二月初九，寒風凜冽，週五與沈鮑洪終於找到了朱彪。此時的朱彪正打算潛入三牌樓的一家香燭店行竊，見到兩人到來，他眼中閃過一絲狡黠，邀請他們一同入夥。週五和沈鮑洪表面上假意應承，心中卻早已暗藏殺機。朱彪興致勃勃地準備起行竊的工具，草鞋、火缽、表芯紙一應俱全。
夜幕降臨，三更時分，三人悄然來到三牌樓附近的竹園。天氣冷得讓人直打哆嗦，三人便圍坐在火缽旁取暖。朱彪起身小解，正是這片刻的疏忽，給了他致命的一擊。週五和沈鮑洪趁機靠近，沈鮑洪突然從後面扭住朱彪的辮子，朱彪驚恐地摔倒在地。週五手持篾刀，瘋狂地朝他砍去，瞬間，朱彪的辮子被砍斷，鮮血四濺。沈鮑洪也不甘示弱，從朱彪身上掏出一把小尖刀，與週五一同對朱彪進行殘忍的刺殺，直至他倒地不起，氣息全無。
兩人見朱彪已死，心中一陣慌亂，忙不迭地逃離現場。在慌亂中，他們丟棄了篾刀、石灰包、表芯紙、草鞋等物，這些物品散落一地，成了日後追查案件的重要線索。
第二天，週五和沈鮑洪來到劉王氏藏身的繆瘸子家。他們找到繆瘸子，託他將劉王氏轉賣給餘應昌。繆瘸子雖然心中疑惑，但看在銀子的份上，還是答應了他們的請求。就這樣，劉王氏被賣給了餘應昌，而週五和沈鮑洪則帶著滿心的罪惡和恐慌，消失在了茫茫人海中。
在被拘捕的證人中，趙高氏和劉高氏都堅決地站出來，她們的證詞如同一把把銳利的匕首，直指週五和沈鮑洪。她們聲稱，曾親耳聽到週五和沈鮑洪合謀商量如何殺死朱彪。而篾匠許嘉福更是顫抖著手指，指向那把在現場被發現的篾刀，確認那是他的物品。
一個謎團卻縈繞在眾人心頭：週五和沈鮑洪殺死的是朱彪，而張克友三人所殺的據說是薛春芳。但現場只發現了一具屍體，難道還有另一具屍體藏匿在暗處，未被發覺嗎？
這時，曲學如的哥哥曲學和站出來作證。他聲稱自己曾派侄子前往和州尋訪，但結果令人震驚——和州並無薛春芳此人。這一訊息如同一顆重磅炸彈，在眾人心中炸開。
既然四年前的遇害者只是一個虛構的人物，那麼四年前的結案就顯得疑點重重。重審的官員們開始傾向於一個大膽的假設：所謂的“薛春芳”，其實就是朱彪。也就是說，已經結案的三牌樓案，很可能就是如今的週五和沈鮑洪殺害朱彪的案子！
這個假設讓所有人都感到震驚。如果四年前的案子真的是一個冤案，那麼到底是哪個環節出了差錯？是誰在幕後操縱這一切？隨著調查的深入，一個更加複雜、更加驚心動魄的真相逐漸浮出水面……
在這起錯綜複雜的案件中，一個名叫方小庚的小販曾是關鍵人物。正是他提供的證言，讓紹宗、曲學如和張克友三人身陷囹圄。可以說，案件的走向在很大程度上是由這個小販方小庚所左右。
專案組決定再次提訊方小庚，希望能從他口中挖出更多真相。然而，令人意想不到的是，方小庚竟然聲稱案發時他根本不在三牌樓，更不知道那裡發生了殺人案。
原來，在光緒四年的正月十九，方小庚像往常一樣上街賣瓜子。突然，一個兵勇以買瓜子的名義將他騙到觀音庵，並關進了一間房子。中午時分，一個穿著高階軍官服飾的人走了進來，他正是胡金傳。
胡金傳將方小庚帶到了妙耳山的廟中，並引他見了和尚紹宗。之後，胡金傳又帶著方小庚回到觀音庵，並讓他向官府供稱，案發當晚他親眼看到現場有三個人，其中一個就是紹宗。
面對胡金傳的威逼利誘，方小庚心中十分猶豫。但胡金傳的手段狠辣，先是利誘，後是恐嚇，方小庚最終只得答應了他的要求。
後來，胡金傳又逮捕了曲學如和張克友，他隔著窗戶讓方小庚認清二人的面貌，並讓他按照之前的模式作偽證。胡金傳還不斷威逼利誘方小庚，警告他不許翻供。
當洪汝奎提訊方小庚時，他本想說實話，但抬頭卻看到胡金傳手持馬棒站在旁邊，心中頓時充滿了恐懼。他只能按照胡金傳所說，一字一句地講給洪汝奎聽。
就這樣，在方小庚的偽證下，紹宗、曲學如和張克友三人被坐實了殺人的罪名，遭受了極刑和流放。然而，死者已矣，張克友卻還活著。專案組決定四處搜尋，務必找到張克友，揭開這起案件的真相。
張克友顫抖著聲音，向我們講述了他的遭遇。他說，在光緒三年的十二月初九，他住在朋友陳永卓的家中，那晚他連門都沒出，怎麼可能去殺人呢？陳永卓也站出來為他作證，證明張克友那晚確實在他家借宿。
然而，案發後，張克友卻莫名其妙地被抓進了監牢。那個名叫方小庚的小販一口咬定他殺了人，張克友不停地申辯，但根本沒人聽他說話。在胡金傳的嚴刑拷打下，張克友被逼得走投無路，只得誣陷紹宗與他人通姦殺人，以求自保。
後來，嚴堃提訊時，張克友試圖翻供，但換來的又是一頓殘酷的酷刑。為了活命，他不得不再次承認殺了人，並胡編亂造了一個案情。但這個謊言很快就被何春榮和高馮氏戳穿了。
第三次，張克友又編出了一個叫薛春芳的人，聲稱自己夥同另外兩人殺死了他。然而，這個薛春芳根本就是子虛烏有的人物。
其餘的兩名嫌犯也經歷了和張克友一樣的遭遇。他們幾番受刑，幾番被逼供，幾番編造案情。只要有人想辯白，不服從，就會遭到嚴刑拷打。最終，在無盡的折磨下，三人不得不統一口徑，認下了這起命案。
專案組決定再次傳訊那些當年參與案件的低階官員和兵勇，希望從他們口中找到更多線索。
姜志，那位曾經的把總，在審訊中坦承，他親眼目睹了胡金傳和嚴堃對曲學如的殘酷拷打。那場面，簡直讓人不寒而慄。或許正是那番嚴刑逼供，讓曲學如等人心生恐懼，以至於在洪汝奎複核案件時，即便沒有動刑，他們也選擇了照前認罪。
而關於那所謂的殺人兇器，真相更是令人震驚。竟然是兵勇將紹宗的裁紙小刀沾了雞血，人為製造出來的！這一發現，讓專案組更加確信，光緒3年的三牌樓案，無疑是一個徹頭徹尾的冤案！
認定冤案只是第一步，真正的挑戰在於如何撥亂反正。劉坤一深知此事的嚴重性，他親自寫信給洪汝奎，邀請他前往江寧，共同商討如何妥善處理這樁陳年舊案。
此時的洪汝奎，內心卻是五味雜陳。他正處於權位的上升期，而這樁舊案，無疑是他仕途上的一顆定時炸彈。他知道司法公正的重要性，也知道冤案必須得到平反，但如果這意味著要犧牲自己的利益，那他該如何抉擇？
經過深思熟慮，洪汝奎最終選擇了按兵不動。他佯裝成一個旁觀者，靜待事情的發展。他明白，這樁舊案背後牽扯的勢力錯綜複雜，稍有不慎，就可能引發更大的風波。他只能靜觀其變，等待一個合適的時機，再出手解決這個棘手的問題。
劉坤一深知洪汝奎這塊硬骨頭難以啃下，於是果斷地將矛頭轉向了胡金傳。他毫不猶豫地奏請朝廷，將胡金傳革職查辦，勢必要揭開這起案件的真相。
胡金傳卻是個難纏的對手。他一到案，就矢口否認刑訊逼供的事實，要麼直接否認，要麼就東拉西扯，避重就輕。劉坤一看著時間一天天過去，重啟案件已經快要滿四個月了，再這樣拖下去也不是辦法。他下定決心，聯合江蘇巡撫，一同請求對胡金傳進行刑訊，同時將所有涉案官員全部卸任，傳訊到江寧聽候查辦。
這一舉動無疑在江蘇官場掀起了軒然大波，劉坤一等於是在與整個官場為敵。果然，這一做法立即遭到了部分朝臣的反對。其中，翰林院侍講學士陳寶琛更是站出來公開質疑，他認為這起案件已經超出了人命本身的價值，更像是競爭對手借勢打擊洪汝奎。陳寶琛還對案件提出了不少疑點，試圖動搖劉坤一的決心。
面對陳寶琛的質疑和朝臣們的反對，慈禧太后不得不親自出面。她指派理藩院尚書麟書和刑部侍郎薛允升擔任欽差大臣，專門查辦這起三牌樓案。
兩位欽差大臣不負眾望，經過二十天的緊張工作，他們呈遞了結案報告。報告中認定：薛春芳其實就是朱彪，兩起三牌樓案其實是同一起案子。這起案件是由胡金傳主導、矇蔽洪汝奎製造的冤案！這一結論無疑給了劉坤一最大的支援，也讓他在這場與官場的較量中佔據了上風。
光緒八年的二月二十九日，那個被眾人矚目的日子，朝廷終於公佈了關於三牌樓案的判決結果。週五，那個被指為殺人首犯的惡徒，被判處斬立決，即將受到極刑的懲罰。沈鮑洪，作為參與殺人的共犯，也難逃法網，被判絞立決，生命將在痛苦中終結。
半個月後，京城刑場上，週五和沈鮑洪被押赴刑場，面臨正義的制裁。圍觀的人群議論紛紛，都在談論著這起震驚朝野的大案。
而那個曾做偽證的方小庚，早已在獄中病死，他的謊言和背叛，最終也未能逃脫命運的懲罰。至於洪汝奎和嚴堃，這兩位曾經的官員，因包庇罪犯、翫忽職守，被朝廷革職，並被髮往軍臺效力贖罪，以償還他們的罪孽。
至於其他涉案的官員，他們的命運也將由刑部議處，等待他們的，將是法律的嚴懲和正義的審判。這起三牌樓案，終於得到了應有的處理，正義的天平，再次在朝野間恢復了平衡。
