建安元年，曹操打敗黃巾軍，漢獻帝從河東回到洛陽。
曹操商議迎接漢獻帝遷都於許之事，有人認為關東還沒有平定，韓暹、楊奉剛把天子送到洛陽，北面聯合張楊，還不能很快控制局勢。
荀彧勸曹操：從前晉文公護送周襄王返回京都洛邑而使諸侯像影子一樣追隨，高祖向東征伐項羽為義帝服喪而收取了天下人心，自從皇帝流離失所，將軍首先倡導興起義兵，只因為關東煩擾混亂，沒能趕到遙遠的關西、隴右，然而還是分別派遣將帥，冒著危險和朝廷取得聯絡，雖然在外面抵禦禍難，但是心裡無刻不牽掛皇室，這也是將軍匡扶天下的夙願。
現在皇上調轉車頭回到京城，東京洛陽一片荒蕪，忠義之士有保全朝廷根本的想法，百姓懷念先前的君主而更加哀傷，應該趁著這一時機，迎接皇上來順應民心，這是順應天道的做法；秉持公道來讓英雄豪傑歸服，這是雄才大略的表現;匡扶正義來招攬俊才，這是廣施恩德的行為，天下即使還有叛亂違逆之事，也一定不會牽累將軍，這很明顯了，韓暹、楊奉他們哪裡敢作亂呢！
如果不及時平定禍亂，各地產生了二心，以後即使想這樣做，也已經來不及了。
曹操聽從荀彧建議到洛陽迎接天子遷都於許，天子任命曹操為大將軍，提升荀彧為漢侍中，代理尚書令。
荀彧經常在朝中處理重要事務，曹操雖然在外征伐，軍國大事都和苟彧一起籌劃，
有一天曹操問荀彧說：“誰能代替您和我謀劃呢？”
荀彧說：“荀攸、鍾繇都可以。”在這之前，荀彧談到能夠出謀策劃的人，他向曹操推薦過戲志才，但戲志才死了，他又推薦了郭嘉。
曹操認為荀彧知人善任，他所推薦的人都很稱職，只有嚴象擔任揚州刺史被殺害，韋康擔任涼州刺史被馬超打敗身亡。
自從曹操迎接皇帝到許都後，袁紹就心懷不服，當時袁紹已經兼併了黃河以北地區，天下人都畏懼他的強大。
曹操正為盤踞東方的呂布憂心，還要與南邊張繡抗衡，而張繡在宛城打敗了曹操，袁紹更加驕橫了，他給曹操寫信，言辭傲慢無禮，曹操非常憤怒，連行為舉止都和平常不一樣了，大家都認為是敗在張繡手下的緣故。
鍾繇問荀彧，荀彧說：“以曹公的聰明睿智，一定不是為過去的事情悔恨，大概還有其他的顧慮。”於是他拜見曹操詢問原因，曹操就把袁紹寫的信拿給他看，說：“我現在將要討伐這個不義之人，可是力量又不足以打敗他，怎麼辦呢？”
荀彧把信放下後說：“自古以來決勝負的人，如果真的有才能，即使弱小也一定會變得強大，如果不是那樣的人，即使強大也會變得弱小，從劉、項的存亡，就足以看出來了，現在和您爭奪天下的人，只有袁紹了，袁紹外有寬厚之貌而內有猜忌之心，用人卻懷疑這個人有異心，您卻明智通達，不拘小節，只憑才能用人，這在氣度已經勝過他了，袁紹遲鈍而做事猶豫不決，容易失去時機，您卻能當機立斷，懂得隨機應變，這在謀略上也勝過他了，袁紹治理軍隊寬懈鬆垮，沒有設立法令規章，兵士雖然數量眾多，但是難堪大用，您法令嚴明，獎賞和懲罰言出必行，兵士雖然數量寡少，但是拼死效命，這在武力上也勝過他了，袁紹憑藉祖上積累的資本，舉止上總是裝得很有智慧，為得是博得一個好名聲，所以才能不多而喜好虛名計程車人大多歸順了他，您用最真摯的仁德對待他人，表現出誠心而不圖虛名，親自踐行謹慎與節儉，可是對有功之人的賞賜卻從不吝嗇，所以天下忠誠正直而注重實際計程車人都願意受您驅使，在道德上又勝過了他，您靠這四方面的優勢去輔佐皇帝，扶持正義，討伐叛臣，誰敢不聽從呢？袁紹再強大又有什麼用呢！”曹操聽後非常高興。
荀彧說：“不先攻打呂布，黃河以北也不是那麼容易拿下的。”
曹操說：“是這樣。我所擔心的，是恐怕袁紹會侵擾關中，勾結羌人、胡人作亂，向南引誘蜀郡和漢中，那樣我就只能靠兗、豫二州對抗天下六分之五的兵力了，我該怎麼辦呢？”
荀彧說：“關中將帥有幾十人，沒有人能夠將他們統一起來，只有韓遂、馬超最強大，他們看到關東正在相互爭鬥，肯定會分別擁兵保全自已，現在您要是用恩德來安撫他們，派使者與他們和解，即使不能維持長久的安定，等到您平定關東的時候，也足以保證他們不率先採取行動，可以把辦理西部事宜的任務託付給鍾繇，這樣您就沒有顧慮了。”
建安三年，曹操打敗了張繡，又在東面擒殺呂布解決了這個後顧之憂，平定徐州，最終和袁紹形成對峙局面。
孔融對荀彧說：“袁紹土地廣闊兵力強大；田豐、許攸這些足智多謀計程車人為他籌劃；審配、逢紀這些竭盡忠心的臣子為他做事；顏良、文丑這些勇冠三軍的將領為他帶兵：大概很難取勝吧！”
荀彧卻說：“袁紹兵士雖然多，但是法令不整肅。田豐性格剛直而容易冒犯主上，許攸貪圖財貨而不知約束。審配獨斷專行而沒有謀略，逢紀善於決斷但剛愎自用，讓這兩個人留守後方處理政事，如果許攸觸犯法令，一定不會放過他，不放過他，許攸就一定會叛變。顏良、文丑，只有匹夫之勇，一交戰就可以把他們擒獲。”
建安五年，曹操和袁紹接連交戰。曹操駐守官渡，袁紹圍攻。太祖軍中的糧食快要吃完了，寫信給荀彧，打算回到許都來迫使袁紹撤退。
荀彧說：“現在軍糧雖然缺少，但是還沒到楚、漢兩軍在滎陽、成皋相持時的地步。那時候劉、項都不想率先撤退，誰先撤退誰就處於劣勢，您現在以十分之一的兵力，堅守陣地，掐住敵人的咽喉使其不能前進，已經堅持半年了，形勢已經表現出衰竭窮盡的兆頭，這時一定會有變化出現，也是用奇兵的時機，不可以失去。”曹操於是打消撤兵的念頭。
最後他出奇兵偷襲袁紹在別處設立的營壘，將袁紹的部將淳于瓊等人斬首，袁紹就敗退逃跑了。
審配因為許攸家人犯法，逮捕了他的妻兒，許攸一怒之下背叛了袁紹，顏良、文丑在陣前被斬，田豐因為進諫被殺，一切都像荀彧所預料的那樣。
