帝丹小學。
“柯南，你上次答應要給我們的東西做好沒有啊？”元太詢問。
“什麼東西？”柯南一臉疑惑。
“哎，你這傢伙難道忘了那天在電動城的承諾嗎？你自己說的啊，如果我們打贏了你就給我們。”
元太氣鼓鼓的說。
“對啊，對啊，不要耍賴，”光彥和步美附和著元太。
回想當時，柯南苦笑，當初還是太小看他們。
“那麼久了，我哪會記得？”
“什麼啊，你太過分了吧，你要說話算話。”步美三小隻十分生氣。
“逗你們的，我早就準備好了。”說著柯南從書包裡拿出一袋物品。
元太迫不及待的接過來，倒在了桌子上，是四枚閃閃發光的偵探徽章。
“哇，太帥了吧，偵探徽章上還刻有少年偵探團。”
“真的是你做的嗎？”步美崇拜的望向柯南。
“不是的，是我的朋友阿笠博士做的。”
這種小玩具用來唬小孩子玩剛剛好。
“好吧，大家馬上行動起來。”
“你們要幹什麼？”柯南心中突然有不好的預感。
“我們不是已經決定要組建一個少年偵探團嗎？”
“那又怎麼樣呢？”
四人來到了學校廣播室。
“各位同學，午安，打擾大家用餐了，我宣佈少年偵探團正式成立。大家可以在下課之後的時間找我們處理案件，我們分別是一年一班的團長小島元太，最帥的原古光彥。還有可愛的吉田步美，陽光開朗大男孩江戶川柯南，期待你們的支援。”
說完後幾人便被趕來的老師訓斥，返回教室，三小隻幻想著自己以後會成為非常非常有錢的人，可是直到放學沒有一個人找上門，三小隻很是鬱悶，就在這時有一個胖胖的小男孩來了。
“我想委託你們一件事情。”
三小隻頓時開心：“是殺人事件嗎？還是偷盜事件。”
“不是啦，是我家小光昨天失蹤了。”
“失蹤案件，那孩子的長相是什麼樣的。”
“我有照片。”
眾人圍了上去，原來是一隻貓。
於是，少年偵探團接受他的委託，四處進行尋找。
就在一戶人家的窗臺上，發現走失的小貓，小貓渾身是血。
“怎麼辦，小貓是受傷了嗎？”
透過大家的檢視，發現貓本身沒有受傷，而是沾上了別人的血。
柯南瞬間覺得事情不對，透過窗戶爬了進去，他們四人發現一個男人溺死在浴室裡，柯南趕緊叫來警察調查，開門的是一個脾氣很差的大叔，柯南衝進浴室卻發現屍體不見了，而這個大叔卻表示什麼都不知道，自己則回二樓去睡覺讓警察隨便找，這時，臭脾氣大叔的弟弟回家並幫忙一起尋找，經過仔細的搜查，警察無獲而返，不甘心的偵探團在夜裡繼續調查。
“為什麼？為什麼屍體會消失不見？”
柯南無法解決自己心中的疑惑，於是又返回那個房子。
有可能是哥哥洗去浴室的血跡，然後弟弟利用這段時間搬運屍體，到底是用什麼樣的手法，夜間來探索的柯南，發現同樣目的而來的少年偵探團其餘三人。
“你們在幹什麼呢？”
“我們不找出屍體就不會善罷甘休。”
奇怪的是他們發現下午還在睡覺的哥哥一模一樣的姿勢，動都沒有動過。
看到這樣的姿勢，柯南心裡推測，莫非我的推理走錯了方向。
“柯南你幹嘛去？”
“我知道了屍體藏匿的手法，你們幾個先在這裡待一下，我去確認一下，我一發現屍體就會用徽章通知你們，然後你們就打電話給警察。”
柯南潛入房間後徑直走到哥哥的身邊發現果然是他推理的那個結果，這個時候小島元太透過徽章發來語音資訊，導致柯南被兇手發現。
柯南見無法躲藏，乾脆走了出來。
“田中先生，真正的兇手就是你，我們都找不到的屍體不就好好端端地待在家裡，而且還在大家都看得到的地方。”
“你說什麼，臭小鬼？”
“沒錯，那個屍體就是坐在這個房間好似正在睡覺實則已經沒有呼吸的你的哥哥。”
“什麼？”三小隻大驚。
柯南用手推了推屍體，屍體倒地。
“你到底是什麼人？”
“我就是名偵探江戶川柯南，快點，大家快打電話報警。”
“我已經瞭解你的作案手法，你為了應付警察檢查，身為雙胞胎的你就大膽偽裝成哥哥的樣子，返回二樓的房間，在警察搜尋二樓的時候你攀爬樹木翻出圍牆，順利逃脫以後，恢復弟弟的身份重新返回家中，這樣營造出哥哥還活著的假象。”
此時元太他們正在電話亭內打報警電話，而警方被騙了一次就不再相信他們，他們還在拼命的解釋。
這一頭，柯南和兇手還在周旋。
“小鬼，你逃不掉了，”兇手一邊說著殺人動機，一邊想捉住柯南。
柯南想用強力鞋把兇手踢暈，但是啟動後卻沒有發現身邊能當武器的東西，在這危急關頭。懷中的式神發出光亮，小封穆玉再次出現。
“我說名偵探，你就不能消停點，我的式神都被你浪費掉了。”
看到小封穆玉，柯南懸著的心終於放下了。
兇手見到又有個小孩憑空出現大驚失色：“這孩子到底是從哪出現的。”
小封穆玉使出結界打暈了兇手，轉過頭看向柯南。
“名偵探，多少注意自己的安危，小蘭很擔心你，見你這麼晚不在家，小蘭給我打電話，我說你和我在一起，快回家吧！”說罷酷酷的轉身消失。
“小蘭她…….”
此時，警方也趕到現場，並逮捕兇手抬走屍體。
“對不起哦，我還以為你們說謊了，”目暮警官帶著歉意真誠的道歉。
至此少年偵探團第一個委託任務終於圓滿成功。
