分成兩翼之後，巴基斯坦一共轄有五個行政區，其中四個在西部，更同源的東孟加拉是第五個省。正如前面已經提到，東孟加拉主要是小規模說孟加拉語者的地區，但說孟加拉語的居民要比西部略多。在西翼，旁遮普人在國家的民事和軍事部門保持著重要位置。其中心地區主要是耕地，依賴運河樞紐工程的供水，如今大部分工程被撤離的英國殖民地當局留給了印度一方。
與東孟加拉、信德、北部邊境省、伸路支省相比，旁遮普省（即西旁遮普）是新國家的動力室，而其他部分渴望同等的政治權力、發展資金和文化保護。由於缺乏適當的憲法框架，旁遮普更健康的經濟和比其他省份更具優勢的服務引起了猜疑，這在以後幾十年中會與日俱增。1947年採用烏爾都語為官方語言並未在西翼引起很大不滿，不過無數東孟加拉人表現出一種文化疏離感。
旁遮普政治家和說烏爾都語的移民之間的聯合，加劇了對“旁遮普人的統治”的恐懼，因為許多文官來自這兩個民族集團，而武裝力量的各個級別都被旁遮普人壟斷。俾路支省佔巴基斯坦43%的領土，在頭幾十年不是一個省，不包括一小塊英國控制區，其餘部分被幾個土邦瓜分，卡拉特漢名義上擁有這些土邦。
除去領地最大的卡拉特邦外，馬克蘭、拉斯貝拉、卡蘭等土邦也想加入這個新省，不過卡拉特漢的兄弟以及其他一些人渴望完全獨立。在卡拉特漢和卡拉奇之間的談判持續了一年，直到該邦1948年夏天完全併入巴基斯坦。
10年後，巴基斯坦花300萬英鎊從馬斯喀特蘇丹手中購買了漁村瓜達爾。在北部巴基斯坦，諸如罕薩、那格爾、奇拉斯、吉爾吉特這類土邦和部分自治的地區加入了巴基斯坦.並武裝反抗克什米爾的馬哈拉賈，馬哈拉賈把這些重要地區看作查謨和克什米爾邦的一部分。
因為巴基斯坦行政和政治現實的乖離性，和擔心內部不平衡以及可能的印度入侵引發解體，卡拉奇的繼任政權選擇加強中央力量。這種政策不論多麼現實，發展的結果都不會帶來分享式政治，在國家缺乏憲法幾乎達十年之久的情況下尤其如此。
巴基斯坦的政黨如穆斯林聯盟，因其高階領導擔任公職和地方集團或意識形態集團組建了他們自己的政黨，而被削弱了，這個國家被拖入更新的方向。民族派如阿瓦米聯盟，人民聯盟)或人民民族黨要求給小省更多權利，而宗教政治派，包括賈馬特和阿拉爾會，倡導國家的伊斯蘭化。
對於意識形態集團而言，形成一個穆斯林為主的國家巴基斯坦並不夠，他們要求社會政治有全盤的重新定向。不過他們並不僅僅尋求系統性變化，即使居統治地位的政治和文職階層很快開始透過有選擇性地使用伊斯蘭精神來謀求合法性與民族內聚力。真納是世俗性人物，相信所有人的平等公民權，完全反對建立神權政治，但他於1948年9月11日去世，使得這個國家的民族和意識形態壓力變得十分尖銳。
巴基斯坦有幾個省和地區，分為兩個分離的部分，其一院制議會除了創造所有國民的平等感外，希望制定憲法和法律來管理這個國家。包括總理阿里漢在內的整個內閣來自議會，這阻礙了議會的運作。
各組成部分的不平衡，以及財產、政治位置和工作機會分配中的競爭很快浮出水面，使得政府管理成了吃力的問題。真納活著時，他能勸說甚至給地區領導人施加壓力，使雙方更能互相包容，但他死後，政治權力和經濟資源分配中的缺乏共識常常引起爭論。
連前幾個世紀在印度引發團結的力量，如伊斯蘭教或共同的歷史，也不能壓倒個人的和民族的競爭。巴基斯坦在第一個十年缺乏憲法，使該問題變得更加有挑戰性。制憲會議透過了種種決議和白皮書，包括1949年的《目標決議》與《統一方案》。共識性憲法直到1956年才出現，但也遭到軍方的破壞。
早年解散北部邊境省、信德省和東巴基斯坦省政府的舉動無助於創造和睦的氛圍，西巴基斯坦省份和地區合併為一體也沒有給該國東西兩翼之間的二分關係帶來解決辦法。實行統一方案後，巴基斯坦的西翼被稱為西巴基斯坦，而東孟加拉被稱為東巴基斯坦。
東西巴基斯坦的緊張關係根植於文化和經濟因素，以及憲法框架的缺乏。在另一層面，西巴基斯坦各省的關係常常是互相猜忌，而中央政府不能創造平衡的、可以接受的機制，許多種族政治家（包括孟加拉的同行）責難旁遮普壟斷了權力。因為政治家們通常傾向於總理府和國家缺乏憲法共識，因此文官在國民事務中充當主要角色。他們的權力可上升到這種地步，1953年，當選的納其姆一烏德一丁政府被巴基斯坦總督古拉姆·穆罕默德解職，後者指責前者無能。
可笑 的是，古拉姆以前也是文官，如同許多其他同僚一樣，直到魯莽地解散內閣後才爬升到最高位置上的。他後來還解散了制憲會議，他的指控都奇怪地得到了國家高等法院“法律必要性”名義下的支援，憑這個，一個強力行政官員就可以以國家最大利益的名義採取這類措施。
事實上，統一方案的思想與古拉姆的中央化傾向相連，要歸功於這個國家的政治結構特徵，被看作是針對為自己省份謀求更多權力和資源的東孟加拉政治家的解毒劑。東巴基斯坦一直是該國人口最稠密的地區，佔總人口的56%。
東巴的領導人對於巴基斯坦的旁遮普特徵感到苦惱不安。已經為巴基斯坦贏得勝利的穆斯林聯盟，不能引導該國通向有希望的議會制政府形式，也不能成功阻止其高階領導人貪圖政府公職。
1954 年的地方選舉敲響了穆斯林聯盟的喪鐘，預示著地區和民族黨派的興起，這些黨派在大部分情況下追求他們自己的政治目的。他們反對旁遮普政治家控制下的穆斯林聯盟，並造出一個被叫做聯合陣線的選舉組織，不過他們自己的爭吵只是鼓勵了中間派力量如官僚和軍方。巴基斯坦由擁有重要地位的高階文官管理,考慮到與印度因克什米爾失和，其安全需要使得軍方能從預算分配中分一杯羹。
