1939年9月，歐洲突然爆發的敵對將印度拖入了第二次世界大戰，不過總督林立茲哥爵士（1887-1952）並不信任國大黨領導，特別是國大黨在各省有一些自己的部長。
二戰的那些年間，聖雄甘地鼓動民眾反對英國政府，國大黨的另一部分在鮑斯（1897—1945）領導下，透過武裝鬥爭和與軸心國聯手，來謀求獨立。因為印度領導人和斯塔福·克里浦斯爵士領銜的英國代表團的談判破裂，國大黨的反抗在1942年的“退出印度運動”之後更趨劇烈。
英印當局逮捕了罷工的國大黨成員，甘地、尼赫魯和一些其他領導也被投入獄中。形勢的發展使真納得以重新將“全印度穆斯林聯盟”組織成唯一的全國性穆斯林政黨。在此之前的1940年3月，穆斯林聯盟曾在拉合爾舉行年會，要求對次大陸領土進行重新分配，實質是建立未來的巴基斯坦國。
這次決議中並未出現“巴基斯坦”這一術語，不過媒體和人們將“拉合爾決議”等同於要求在穆斯林人口占多數的地區建立獨立的穆斯林國家。
真納說話的底氣越來越足，因為他得到了穆斯林學生、婦女和許多地方省份精英的支援，如旁遮普、孟加拉、信德、聯合省或北方邦與孟買。
1944年，真納與甘地舉行會談，試圖改善印度教徒與穆斯林之間日漸疏遠的關係，同時就印度獨立問題尋求一些共識。會談沒有結果，因為甘地不接受從印度中分出一塊，成立獨立的穆斯林國家。
甘地早已從國大黨辭職，但他仍然得到世界範圍內的廣泛支援。他的樸素生活方式、對非暴力的信奉，以及為政治目的而齋戒至死的做法，引入了一種新的政治哲學，很是讓殖民地政府氣憤1945年，總督魏匪爾爵士（1883-1950）與國大黨以及穆斯林聯盟領導人之間的政治談判，未能就英國撤離的時間表和此後的印度政治地圖達成共識。
1946年的一系列選舉，確認了穆斯林聯盟是穆斯林政綱的傑出代表，雖然國大黨仍然擁護印度的統一。隨著國大黨和穆斯林聯盟兩極分化的增強，印度教徒和穆斯林之間的分化也在加劇，英國人試圖勸說他們達成某些都能接受的框架。
印度事務大臣佩西克·勞倫斯勳爵率領的英國議會代表團，努力讓印度領導人們在印度聯邦制式的獨立基礎上團結在一起，允許各省享有高度自治權，自己決定他們最終的政治前景。
1946年英國政府公佈瞭解決印度問題的“內閣使團方案”，方案設計了一箇中央權力比較微弱而各省享有較大自治權的聯邦體制，允許地方根據人口的宗教構成組成一些區。
雖然兩黨早期接受了這些建議，但後來都加以抵制。敏感地察覺到印度無法無天狀態和社群暴力的升級後，英國工黨首相剋萊門特·艾德禮（1883—1967）宣佈，英國承諾在1948年之前撤出印度。為了讓撤離更加順利，1947年3月，艾德禮提名英國皇室成員路易斯·蒙巴頓爵士(1900—1979）擔任印度總督。
儘管他努力讓印度領導人之間達成了一些共識，蒙巴頓發現自己還是陷入了政治困境中。他最後決定將英國殖民地分成兩個獨立的國家。根據分離方案，旁遮普和孟加拉隨後也相應地被雙方認可的新疆界一分為二，1947年6月，所有領導人都在方案上籤了字。
最終，在世界史上最大規模的移民和伴隨的混亂中，巴基斯坦和印度於1947年8月14-15日分別成為兩個獨立的國家。蒙巴頓仍舊是印度總督，真納成為新成立的巴基斯坦的領導人。
