沙賈汗的第三個兒子奧朗則布是穆姆塔茲·馬哈爾所生，是有才幹的軍事領導人，被認為是莫臥兒王朝的最後一位偉大皇帝，雖然在有些歷史學家看來，他的清教徒式的生活方式仍舊存在爭議。他是堅定的穆斯林，空閒時進行祈禱和背誦，避免祖先們擁有的特權和浮華與浮誇。
奧朗則佈於查罕傑統治時的1618年生在德干，他過著樸素而積極的生活，死於南方曠日持久的戰爭中。他對同胞們的戰爭和對父親的八年囚禁，使他受到一長串批評家們的詬病，不過這位莫臥兒王朝的皇帝，或許相信他正在採用防範措施來保證大帝國長久，帝國易於鬆散和奢華，而不是維持所需要的勤奮努力。
他頻繁的軍事行動使莫臥兒帝國的領土得到擴張，但代價也很大，部分原因在於帝國有太多的敵人挑戰其權威。日益增長的需求和曼沙達爾的工資總額與實際產出之間的缺口越來越大，扎吉爾危機給帝國國庫帶來了嚴重的財政失衡。行政管理和軍事行動對更多資源的需求更加增大，最終耗盡了農民的盈餘，不過在一些歷史學家看來，莫臥兒王朝的衰落源於缺乏政治團結和共識。據後者的看法，連政治忠誠也逐步依賴於宗派的忠誠。
奧朗則布與烏力馬一道，給其統治增添了宗教滋味，這種做法疏遠了錫克人和馬拉特人，他們早被稅收的一直增長所激怒。並且他於1679年重新引入了吉茲亞稅，這種有爭議的稅種進一步激怒了他的非穆斯林臣民。說莫臥兒王朝遇到了一些錫克教和印度教民族主義攀升大潮的對抗，顯然過於輕率了，因為奧朗則布也與穆斯林同胞普什圖族開戰，大部分衝突具有私人傾向所強調的政治根基。
錫克教第五任宗師阿佔因為慫恿王子庫斯勞的反抗，1606年被查罕傑處死。第六任宗師哈哥賓德曾試圖在錫克追隨者中發展出一些軍事定向。自沙·賈漢提出警告後，他曾在拉吉普特地區尋求庇護。經過第七任宗師不聲不響的插曲後，哈哥賓德的兒子得格·巴哈杜爾於1664年成為錫克社會的領袖，也即第八任宗師，隨後與1668年當上皇帝的奧朗則布產生裂隙。
1675年，泰格被官方處死，這個舉動激怒了他的追隨者。哈哥賓德·辛格宗師就任錫克教領袖後，透過引入強勁的武力定向，給他的追隨者慢慢灌輸了軍事精神。1699年，錫克教徒被規定要接受他們的五種純粹東西，包括一把匕首、梳子、一條短褲、手鐲和未剪過的頭髮，一切都詮釋了純粹的信仰和身份。第十任宗師比奧朗則布多活了一年，不過那時錫克教與莫臥兒王朝之間的關係已經非常反覆無常了。
拉合爾的莫臥兒統治者阿卜杜斯·薩馬德汗曾下令控制錫克教徒的行動。他的大規模用兵不僅加劇了錫克教徒與穆斯林間的隔閡，而且將許多錫克人推向山區，向莫臥兒人展開游擊戰。1799年，一位錫克教頭領蘭季特·辛格最終征服拉合爾，建立了自己的王國，在印度河上游與克什米爾地區一直維持到1839年，當時他的去世引發了一場王位繼承戰爭。1849年，這個錫克王國在旁遮普的一場戰爭後，被英國東印度公司征服，公司將克什米爾以微不足道的價格賣給了一位印度王子。
除了錫克人在旁遮普的騷亂之外，奧朗則布的主要挑戰來自南部的德干，重新組織的馬拉特聯邦復興了德里的印度教王國思想。自從阿克巴征服維查耶納伽爾，和莫臥兒王朝透過兼併阿馬德納加（Ahmednagar）、高康達和比賈普爾這些王國而向南部深人擴張之後，這個馬拉特人地區一直在繁殖，等待一些有魅力的領導。
當然，宗教和歷史是厭惡莫臥兒人的兩個主要支撐因素，但不能輕率地說馬拉特人的反抗象徵著印度民族主義，反映了文化之間的衝突。許多崇拜者認為，是西瓦吉煽動了反對莫臥兒王朝的情緒，雖然他早期的對抗是針對比賈布林的蘇丹，他的追隨者們經常攻打這個王國。
1659年，蘇丹派遣了阿弗柴爾汗領導下的懲罰性行動，他鎮壓了西瓦吉的反抗，在馬拉特人懇請和平後駐紮在該地。會談期間，阿弗柴爾汗被背信棄義的西瓦吉殺死，西瓦吉一夜之間成了比賈普爾的英雄，他尋求奧朗則布的支援。
莫臥兒王朝的大軍擊敗了馬拉特人，逮捕了西瓦吉，並將之關進阿格拉堡。西瓦吉藏在水果籃中，成功地從監獄中逃脫，回到他的領地。此時，奧朗則布忙於鎮壓印度河地區的反，使得西瓦吉能重新組織力量，恢復對莫臥兒領土的遊擊進攻。西瓦吉在最後幾年中遇到了內部衝突，直到1680年。他死後.他的兒子桑布吉在今天馬哈拉施特拉邦內的拉吉加爾繼承王位。
1682年，奧朗則布決定親自率領軍隊平息德干的騷亂，把奧朗加巴德選為下一個25年的首都。1689年，在一次決定性戰役中，皇帝擊敗了桑布吉，並處死了這位馬拉特人首領，由此引發了一段不穩定時期，直到1708年西瓦吉的孫子夏胡吉成為名義上的首領。不過夏胡吉決定過苦行僧般的生活，將政治事務留給了一位部長帕什瓦管理。
這種部長制延續到1818年，最後被英國東印度公司廢除了，但此前馬拉特的帕什瓦們還是給德里的莫臥兒統治者們帶來了麻煩。即使艾哈邁德1760年就在帕尼帕特擊敗馬拉特人，也沒有完全消除馬拉特因素，不過它為公司在印度斯坦的統治鋪平了道路。
奧朗則布希望他的繼任者們能更加負責，這可以從他給兒子們和總督們的信件中看出來，他竭力控制挑戰其帝國的種種反叛。1680年獲得蘇拉特後，他抑制了公司的權力增長。雖然在孟加拉表現得更自信，但由於缺乏適當的海軍，他無法逆轉公司不斷增長的實力，東印度公司早已擊敗了葡萄牙人，並將荷蘭人趕出了印度沿海。
公司進人了莫臥兒人從未吞併的富庶的烏木海岸。由於西班牙無敵艦隊在1588年被打敗，以及葡萄牙人1612年被貝斯特船長在蘇拉特居民面前擊敗，精明的亞洲事務觀察家們已經清晰看到了凶兆。陸上帝國如清朝、奧斯曼帝國、薩非王朝和莫臥兒王朝，註定要輸給西歐威斯特伐利亞條約後的國家的規模稍小、更強的、裝備更精良的軍隊。
奧朗則布無疑是莫臥兒王朝工作最勤奮的皇帝，但他的努力白費了，擴張的軍事行動只是進一步耗幹了資源，激怒了非穆斯林臣民。1707年去世之前，他心力交瘁，仍繼續著鎮壓異議者和反叛者的任務。
歷史無數次一再重複，繼位戰爭延續到穆柴姆·巴哈都爾·沙出現。他試圖透過減緩軍事行動修復與馬拉特人、錫克人的關係。他也取消了吉茲亞稅，但那個時候宮廷已經被反覆無常的精英們弄得四分五裂，而一些遙遠的省份也準備宣佈自治。
他於1712年去世，另一場繼位戰爭進一步削弱了這個帝國。不到10年時間中（1712-1720），12位君主走馬燈似的相繼出現，每個人都不得善終，直到穆罕默德·沙掌權，他選擇過一種放蕩的生活。他的統治被納德爾的入侵削弱了，這次行動不僅致使數千德里的居民被野蠻殺害，而且掏空了這座城市的財富。
隨後的另一次入侵來自阿富汗人，1760年，阿富汗國王艾哈邁德領導的入侵本可以拯救這個帝國，因為他在帕尼帕特擊敗了馬拉特人，不過艾哈邁德迅速回到了阿富汗，德里帝國很快回復到宮廷陰謀和地方軍閥狀態。那時，孟加拉、奧德、德干和古傑拉特等省份已經獨立，莫臥兒王朝的皇帝們——一長串無能的人物，完全依賴於地方精英或東印度公司的施捨。
1857年印度莫臥兒王朝的大幕一勞永逸地降落之前很久，帝國已經嚴重倒退。1707年標誌著偉大莫臥兒王朝的終結，因為它決定了印度一穆斯林文化輝煌時代的命運。正如過去，外部力量一再在南亞重劃著勢力範圍，儘管這時入侵者來自海上，沒有追隨中亞的足跡或從阿富汗山區過來。
