如同任何帶有巨大而複雜爭議性的歷史題材一樣，南亞史促成了 一些理論爭鳴。直至現在，許多歷史學家仍不假思索地接受把南亞史 劃分成古代、中世紀和近代三個階段的做法，這源於早期英國人寫的 印度編年史。
在這三個重要階段的結構中，印度河流域文明和印度古 典時期通常構成第一階段，將早期史與史前時代聯絡在了一起。令人 奇怪的基、送受研禁人的別史在政神如分中根少得到共注、而雅利安 人和印度人時代，特別是在南部區域，佔據了學術著作的主要篇幅。
這個漫長的時期又進一步被分為兩個獨立的階段：希臘—佛教時期或 印度－希臘時期，和基督教時代。相應地，在早期基督教時代的印度帝國之後，是因次大陸週期性的地方化和一系列北部人侵造成的地方 性王國。
中世紀階段始於穆斯林蘇丹王權、以及南部（德干）一些地方性 印度王國的建立。有些英國曆史學家把莫臥兒王朝歸入中世紀，還有 -些人將之看作前現代時期。按照這種印度史的劃分，近代的完全出 現，是在 1857 年反抗東印度公司的起義失敗後，英國控制了印度並採 取了一些現代化措施。這種印度史的宏大敘述，把20 世紀印度融入全 球性的帝國、戰爭、征服和經濟，視為當代階段的開始。
這種流行的印度史分期受到了一些歷史學家的挑戰，他們拒絕接受對南亞完全不同的複雜遺產作歐洲中心論式的劃分。他們中許多人認為，強調近代似乎是英印政權的自我讚揚，把印度行政的統一和工業的進步歸功於自己。
另一種平行的印度史分期，將其分成互相聯絡的階段，分別是史前時期（達羅毗荼人）、印度時期（雅利安人）、瑣羅亞斯德時期（波斯人）、犍陀羅時期（希臘人一佛教徒）、印度教沙希時期（Hindu Shahi)、穆斯林時期（德里的蘇丹們、巴希姆們和莫臥兒人）、德干王國時期（達羅王朝、潘地亞王朝、朱羅王朝、遮盧伽王國、維查耶那加爾王國和巴赫曼尼王國）、英國/歐洲人時期（英國的東印度公司和英國王室）、錫克人時期和民族主義時期（在印度是世俗主義者和印度教徒，在巴基斯坦和孟加拉是伊斯蘭教徒）。
這種劃分的主要出發點，是把宗教作為集體身份的基石，假定印度即便不是地方主義的、也是內在地方化的，人們只忠誠於各自的宗教集團。南亞的宗教政黨可能容易接受這種劃分，不過在世俗主義者和自由派歷史學家看來，這是對多種遺產作了危險的簡單化處理，因為不同社會和文化的界限是流動的、甚至是合作的。
當然，殖民時期和地方緊張關係一直是這種歷史編纂爭議的根本因素，其超出了印度史中帝國主義學派和民族主義學派的兩極分化。前者認為是英國人發現並塑造了統一的印度，而民族主義者則認為統一的印度身份在南亞史中經常存在，並非現代主義工程所造就。
新興的歷史著作內容多樣，討論了諸如性別、農民、部族、種族、意識形態、抵抗、生態、藝術、觀念和下層。這種廣泛的歷史視野引發了更多爭論。
