中石器時代的定居點。 1967 年，地質學家在 Pärnu 河附近的 Pulli 村發現，在三米厚的沙層和粘土下有一條細細的深色礦脈，其中含有煤塊和動物骨頭。 普利村是愛沙尼亞已知最古老的人類居住地，這裡有公元前九千年前半期的古代居住地遺蹟、
在普利聚落被發現之前，人們認為昆達的拉馬斯馬吉聚落是最古老的聚落。第一批居民於公元前八千年後半期在此定居。 當時，Lammasmägi 是昆達湖中的一個小島。 在對該居住區的考古發掘中，特別是從以前的湖底發現了許多物品。
目前已知的其他幾個居住區與昆達湖相似或稍近一些。 這些發現與 Lammasmägi 聚居地的發現非常相似。 愛沙尼亞的所有中石器時代聚落都屬於所謂的昆達文化。 昆達文化遍佈波羅的海東岸的所有國家，從芬蘭南部到波蘭的維斯瓦河口。
昆達文化的人們在水域附近建立定居點，在那裡他們可以捕捉魚類和狩獵渴水的動物。湖泊和河流比茂密和幾乎不透水的森林提供了更好的旅行機會。 人們可能住在錐形帳篷裡，帳篷由一些覆蓋物和杆架組成。 覆蓋物由樹枝、獸皮、樹皮和冬季的草皮製成。 帳篷中間有一個壁爐，周圍用石頭圍起來，在黑暗的季節提供照明和溫暖，還可以生火做飯。
石器時代的人使用的工具由石頭、骨頭和角以及木頭製成，儘管木製物品，但木製物品至今仍未儲存下來。
在礦物中，燧石最常用。劈開礦物後，燧石鋒利的邊緣可用於切割。 由於燧石在愛沙尼亞相當罕見，石英碎片也很常用。
在中石器時代，只有幾厘米長的小型工具被用來磨掉獸皮上的脂肪，磨平骨頭和木製物品的表面，等等。角和骨頭是用雕刻工具加工和切割的，這些工具有堅固的突出鈕。 箭鏃也是用燧石削成的。
在中石器時代，這種工具還不常見。 當時的石斧形狀不規則，表面凹凸不平，因為只有斧刃經過打磨。 石斧沒有斧眼，因為斧刃只是用帶子固定在木柄上。 較小的斧頭或楔子有時用自制的斧頭製成。 厚角的一端被挖空一個洞，作為楔子的末端，另一端被鑽一個眼，作為手柄。
昆達文化的人們大多用骨和角來製作各種工具。 他們製作了經過精心打磨的特殊漁矛，矛的一側有突出的倒刺。 用長骨製作的堅固的冰鎬用於在冰面上打洞，這也是當時人們進行冰上捕魚的證據。 在中石器時代後半期，人們還使用骨制魚鉤和原始漁網捕魚。 有更大更強倒鉤的魚叉被用來捕獵水生動物，其中最重要的是海豹和海狸。
從居住區發現的骸骨來看，麋鹿最常被捕獲（佔昆達發現的所有骸骨的三分之二），不過海狸的數量也相當大。 在昆達和普利發現的狗骨頭表明，狗是獵人的朋友。
最早居民的起源。 昆達文化人最初的家園在哪裡，目前還沒有令人滿意的答案。 目前的理論認為他們來自南方。 在普利定居點發現的一些物品是由高質量的黑色燧石製成的，這種材料在愛沙尼亞並不常見。 在立陶宛南部和白俄羅斯發現了這種型別的燧石礦床。
普利人可能並非來自那裡，但他們很可能在經過該地區時帶來了這種型別的燧石。 對拉脫維亞昆達文化墓冢的骸骨進行的人類學分析表明，大部分居民來自高加索地區，這也支援了他們來自南方的理論。 然而，這些古人無法與任何當代歐洲民族聯絡起來。
語言學家發現，愛沙尼亞語中的一些常用詞既不屬於芬蘭烏戈爾語，也不屬於印歐語。 人們認為，"meri"（海）、"mägi"（山）、"haug"（梭子魚）、"rääbis"（白鮭）、"eile"（昨天）、"häbi"（羞恥）、"must"（黑色）、"sugu"（性別、親屬）等詞來自印歐人之前居住在歐洲的所謂原歐洲人的語言--昆達文化的人可能屬於印歐人。 根據某些資料，芬蘭烏戈爾部落的第一批代表也是在中石器時代來到這裡的。 有人認為，整個昆達文化都屬於芬蘭-烏戈爾部落，但沒有確鑿證據支援這一假設。 不過，愛沙尼亞的第一批居民肯定是當地人口長期發展過程中的一個組成部分。
新石器時代的開始。 陶器的出現標誌著早期石器時代（或稱新石器時代，時間跨度為公元前五千年前半期至公元前二千年中期）的開始。 最早的陶器是用厚粘土混合卵石、貝殼甚至植物製成的。 這些器皿的形狀像大水壺，底部尖尖的，透過在土中挖洞或用石塊圍住底座來保持直立。 不過，目前還不清楚製陶技術是從哪裡傳到愛沙尼亞的。
梳狀陶器文化。 大約在公元前四千年初（或公元前 2500 年左右），愛沙尼亞出現了一種更為精緻的陶器。 這些陶器的外表面裝飾著凹陷和一排排小凹痕。因此，這種文化被稱為梳狀陶器文化。 大多數考古學家將梳狀陶器文化的出現與愛沙尼亞境內新部落的到來聯絡在一起。
新來的部落是獵人和漁民，就像昆達文化中的人們一樣。 不過，他們製造工具和器皿的技術要先進得多。 燧石器物不僅邊緣鋒利，而且表面的加工也很均勻。 用結晶礦物製成的幾種經過胴體打磨的斧頭和楔子非常普遍。
梳陶人的喪葬習俗也得到了更好的瞭解。 死者現在被埋在居住區內，有時甚至埋在住宅的地板下。 死者隨葬有一些刀具、刮刀和裝飾品--用動物的獠牙和獠牙製成的護身符、用骨頭製成的人像，還有琥珀，可能是為了 "來世 "使用。 在塔穆拉定居點，發現了一個墓葬遺址，墓中有一個男孩手持鶴翼的骨頭和其他物品。
這些發現不僅表明當時的宗教很發達，而且還表明當時的藝術成就很高。 用骨頭和琥珀雕刻的動物、鳥、蛇和人的小雕像被用作裝飾品。 同時，人們很可能相信這些雕像具有神奇的力量，可以保護它們的主人，甚至賦予這些動物和鳥類以力量和能力。
梳妝文化的傳播和起源。 在波羅的海東岸，從芬蘭北部到普魯士東部，以及愛沙尼亞東部地區都發現了梳陶器文化的遺蹟。 不同地區之間的接觸十分頻繁。 例如，波羅的海東南海岸的琥珀隨處可見，甚至在芬蘭北部的梳陶器聚落中也有發現。在波羅的海南部地區的古代聚落中發現了俄羅斯拉多加地區和芬蘭的板岩工具，以及伏爾加河上游的燧石工具。
在更東邊的烏拉爾山脈也發現了與梳狀陶器文化比較接近的考古學文化。 它們與早期的芬蘭烏戈爾部落有關。 一些語言學家認為，芬蘭烏戈爾人最初的家園位於卡馬河及其支流和烏拉爾山脈之間。
梳陶文化的人被認為是後來巴爾蒂芬蘭人的直接祖先： 愛沙尼亞人、芬蘭人、利沃尼亞人、卡累利阿人、韋普西亞人、英格里亞人（或伊佐里亞人）和沃提克人。 在梳狀陶器墓葬中發現的材料證實了這一假設。 在瓦爾馬定居點發現的一個頭骨的復原圖顯示，該男子臉部寬闊，顴骨高聳，眼睛呈杏仁狀，與生活在南亞的芬蘭-烏戈爾人相似。
梳狀陶器文化在芬蘭-烏戈爾人生活過的大致相同的地區或地名具有芬蘭-烏戈爾人特徵的地區的傳播也支援了這一理論。 此外，沒有其他與波羅的海芬蘭人有類似地域分佈的晚期考古學文化。 不過，梳狀陶器文化的人還不能被認定為愛沙尼亞人。
船斧文化，公元前三千年初（或約公元前 2200 年），來自南方的新部落來到愛沙尼亞。該文化被稱為舟斧文化，因為其戰斧打磨得非常光滑，斧眼像一條船。 用繩索印記裝飾的陶器和特殊的埋葬習俗也是新部落的特徵。 死者側臥，蜷縮在一起，膝蓋緊貼胸部，一隻手放在頭下，埋在挖開的土坑裡。 埋葬地點通常遠離定居點，要麼在附近的山上，要麼在水邊。
埋在墳墓裡的東西是用家養動物的骨頭做成的。 這表明舟斧文化部落從事畜牧業，飼養和繁殖山羊、綿羊、牛和豬。 因此，愛沙尼亞農業的開始可以與舟斧文化聯絡起來。
舟斧文化最初的領地位於第聶伯河和萊茵河之間。 他們為了尋找新的、更好的草原而向北遷移。 這些人是印歐人。 在阿爾杜的一個墓葬中發現的頭骨復原圖顯示，一個人的頭部呈長圓形，臉部較高，鼻子較細，這證明了這一理論。
許多世紀以來，這些部落與梳陶人毗鄰而居。 他們之間的關係似乎是和平的，因為現有的考古資料並未顯示有武裝衝突。 遺憾的是，也沒有證據表明兩種文化發生了融合。 根據一些觀點，這一過程完成的時間不會早於公元前第二個千年中期。 近四十年來，主流理論認為，舟斧文化的後裔在道加瓦河以南佔據了主導地位，成為波羅的海部落（立陶宛人、拉脫維亞人和老普魯士人）的祖先。 梳陶文化的後裔在道加瓦河以北仍占主導地位，為波羅的海芬蘭人的語言和民族奠定了基礎。
根據同樣的理論，波羅的海藉詞如 "(härg"（牛）、"oinas"（公羊）、"hein"（乾草）、"hernes"（豌豆）、"sceme"（種子）、"vagu"（犁溝）和 "kirves"（斧頭）等波羅的海藉詞將愛沙尼亞語與舟斧文化聯絡起來。
然而，人們對舟斧文化是否在波羅的海民族的發展中發揮了關鍵作用產生了嚴重懷疑。 同時，也不能否認這種文化在民族學程序中的影響。 例如，舟斧人的特徵對當地居民產生了影響。藍眼睛和淺色頭髮被認為是愛沙尼亞人的典型特徵，但梳陶器人卻並非如此。 在愛沙尼亞人形成這些特徵的過程中，舟斧人起到了一定的作用；然而，這些特徵的形成更多地是由於古代與日耳曼部落的接觸，以及過去幾個世紀與日耳曼人、拉脫維亞人、瑞典人、丹麥人和波蘭人的密切聯絡。
