愛沙尼亞沒有國家或農村抵抗組織。 較大團體的平均在較大的團體中，平均成員人數為 50 至 60 人，但更常見的是 5 至 10 人。 森林兄弟中有不同社會階層的代表，從專業官員、富裕農民到貧窮農民。
森林兄弟沒有得到任何外國援助，因此他們依靠當地人的支援，當地人為森林裡的人提供食物、必要時提供住所和資訊。 抵抗組織遍佈愛沙尼亞各地，其中最活躍的是派爾努、維魯和沃魯縣。 他們襲擊蘇軍安全部隊和殲擊營，殺害蘇軍農村活動分子，並組織破壞鐵路。 同時，商店、奶製品店甚至農場也遭到搶劫，這加劇了農村居民的恐懼。
為了打擊游擊隊，蘇聯當局動用了正規軍部隊和安全部隊民兵和當地的蘇維埃積極分子。 這場 "戰後戰爭 "使雙方都付出了慘重的代價。 游擊隊的抵抗力量在 1949 年的驅逐行動中被大大削弱。 到 20 世紀 50 年代初，佔領政權成功地鎮壓了抵抗運動。 多年的森林兄弟戰鬥清楚地表明，愛沙尼亞人不會不戰而降。
少數人在森林中留守多年。 1978年，最後一名抵抗戰士在南愛沙尼亞的森林中被俘。當局的征服政策多種多樣，針對不同的人口階層，旨在將整個社會置於其控制之下。 這項政策由黨的機構指導，由安全機構（內務部和安全部）執行。
早在 1944 年，當局就大規模逮捕了積極支援德國佔領或對蘇維埃秩序不忠的人，將他們送往囚犯營和苦役營。 從 1944 年到 1954 年，被鎮壓的人數約為 30 000 人。 一些人為了逃避逮捕，逃進了森林，從而增加了森林兄弟的人數。 為了讓人們離開森林，當局多次宣佈大赦，號召他們回到日常工作中去。 但很快就發現，儘管有這些承諾，但很快就發現，儘管做出了這些承諾，還是有一些離開森林的人被捕了。 除了直接的人身鎮壓外，政府還使用了精神暴力。 除了直接的肉體鎮壓外，還實施了精神暴力，具體表現為將社會的知識生活置於統治政權的意識形態教條之下，並對戰前的文化領域（教育、科學、藝術等）進行封鎖。 與此同時，與之相伴的是過多的 "紅色宣傳"。
戰後的暴力政策在 1949 年達到頂峰，當時實施了大規模驅逐。 3 月 26 日晚，20722 人被從愛沙尼亞驅逐到西伯利亞。 被驅逐者中大部分是婦女和兒童，他們主要被送往克拉斯諾亞爾斯克地區和新西伯利亞省。 三月驅逐行動的高峰是針對農村人口（佔被驅逐者的 90%以上），目的是恐嚇他們，從而使他們 "自願 "加入集體農莊。
另一個目的是減少對森林兄弟的支援。 1949 年 3 月，被驅逐者佔居住在愛沙尼亞境內的愛沙尼亞人的 2.5%。 現在的維爾揚迪、瓦爾加和佩爾努縣遭受的損失最大。1950 年，在普斯科夫省的領土上進行了一次驅逐，這些領土是 1944-5 年從愛沙尼亞和拉脫維亞奪取的。
被驅逐出境的總人數為 1400 人，主要是愛沙尼亞人和拉脫維亞人。 戰後愛沙尼亞蘇維埃社會主義共和國國內政策發展的核心特徵是反對所謂的資產階級民族主義。 這一概念由尼古拉-卡羅塔姆於 1944 年提出，古斯塔夫-納安在其小冊子《愛沙尼亞資產階級民族主義者意識形態的反動本質》（1947 年）中對此做出了理論解釋。
納安的觀點與安德烈-日丹諾夫指揮的 "意識形態鬥爭 "不謀而合，愛沙尼亞人對日丹諾夫早已 "耳熟能詳"。納安指出，"資產階級民族主義者是愛沙尼亞人民的死敵"，"鬥爭尚未結束。 敵對分子加強了他們的鬥爭，以應對即將到來的死亡"。 這與斯大林關於在社會主義發展過程中加強階級鬥爭的說法相吻合。
最先被貼上資產階級民族主義者標籤的是愛沙尼亞共和國富有創造力的知識分子。 這種攻擊的主要組織者之一就是馬克斯-勞松。 與此同時，愛沙尼亞蘇維埃社會主義共和國當局之間的內部鬥爭也越來越明顯。 最嚴重的是 "六月共產主義者 "與俄羅斯出生的愛沙尼亞人之間的衝突。
來自俄羅斯的當權者不禁感到，愛沙尼亞蘇維埃社會主義共和國的最高領導人，尤其是卡洛塔姆和阿諾德-維梅爾，也受到了資產階級民族主義的感染。 根據該委員會的報告，莫斯科就愛沙尼亞中央政治局工作中的錯誤和缺點單獨透過了一項決定。
全會指責愛沙尼亞蘇維埃社會主義共和國最高領導層低估了布林喬亞民族主義，對集體農莊採取了不正確的政策，對工作人員的選擇不當以及其他許多錯誤。 這些大規模指控的組織者是莫斯科的使者和他們在當地的黨羽。 八屆一中全會實際上成了他們的 "明星時刻"。 卡洛塔姆被解除了黨魁職務，約翰內斯（伊萬）-卡賓在莫斯科的批准下 "當選 "為歐洲中央銀行第一書記。
蘇維埃社會主義共和國最高蘇維埃主席團主席愛德華-佩爾也失去了他的職位，取而代之的是一位當時很受歡迎的作家奧古斯特-雅各布松。
雖然卡羅塔姆失去了在黨內的地位，但他保留了個人自由。 他先後成為蘇聯科學院研究員、經濟學博士和教授。 八屆八中全會的直接影響是徹底清洗了愛沙尼亞的權力機構（從部委到鄉村委員會）、教育系統、文化機構和創作協會。
1951 年，部長蘇維埃主席阿羅爾德-維梅爾被更容易被莫斯牛接受的阿列克謝-穆伊裡塞普取代。 他一直擔任這一職務直到 1961 年。 一些主要政治家和 "六月共產主義者 "被捕並被送往集中營，商業部長奧古斯特-漢森被槍決。
愛沙尼亞中央銀行第八次全體會議是一次革命性事件，對愛沙尼亞的未來發展產生了深遠影響。 俄裔愛沙尼亞人與講俄語的黨派活動家一起奪取了國家政權。 社會上的恐懼和抑鬱情緒與日俱增。 斯大林主義意識形態開始統治。 對民族文化和民族歷史的攻擊愈演愈烈。
