《雙琴記》講了一個男人和兩個女人的唯美愛情故事：
傳說貴族伯牙善撫琴，樵夫子期善於傾聽。伯牙所撫之琴名為知音。
知音自伯牙學琴以來，一直陪伴左右，經伯牙長期撫談，漸通靈性，產生對主人的愛慕之情。
然自從子期出現，子期伯牙朝夕相對，知音被撇在一邊時間越來越多，知音漸心生不滿。
知音覺得只有高貴身份的人才有資格聆聽主人撫琴，但現在，知音美妙的琴音卻被一個下等人出身的樵夫聽到，還任由其評頭論足，知音覺得非常失身份，更失去了主人過去的專寵，便每每不惜自斷琴絃，拒絕發聲。
知音更擔心的是，子期說在林間砍木期間，發現一個上等造琴之材，聲稱正在趕製，將做出一件音色更醇正的古琴贈給伯牙。知音愈發擔憂自己將被拋棄，想阻止這件事。
一日，子期家中妻子重病，子期前來找伯牙借金給妻子治病，伯牙二話不說解囊助之。子期行走匆忙，伯牙便在子期走時撫琴以寬慰和鼓勵子期，知音琴抓住機會，拼盡全力違背伯牙之意，幾個走音，便奏出嫌棄不快之調。
伯牙只當是失誤之音，但聽者有心。子期從琴音中誤認為伯牙看不上他這個窮朋友，但為了給妻子治病，還是含淚攜金而去。
不久，妻子病情加重，撒手人寰。子期安葬妻子後，為儘快還伯牙欠金，日夜砍柴，過勞成疾，無暇醫治，待將欠金如數交至伯牙家主管時，已經病入膏肓，不久也在重疾拖累下離開人世。
伯牙上門主動去探望久未見面的子期，才發現他早已離世，留下未完成製作的古琴。伯牙從子期鄰居那裡得知原委，幡然醒悟。他砸掉知音琴，發誓永不撫琴，鬱鬱而終。
兩千多年後，三個抱憾而去的魂魄聚練為人，分別在1919年的中國和美國同時出生了。
知音在一家世代習琴的清末貴族中出生，取名那微瀾，她從小就修習古琴，後來清滅亡，在她18歲時家道徹底敗落，父母皆亡故，只剩一張祖傳古琴沒有典當，一位老年忠僕陪伴那微瀾。那微瀾便隨老僕以街頭撫琴為生。
伯牙在中國江南富商家出生，取名胡柏年，他從小接受良好教育，中西兼修，但一聽到古琴就不由得流淚。
胡柏年考入清華大學不久，抗日戰爭爆發，他自願入伍成為首批空軍飛行員，在美國受訓期間，他和華裔女鋼琴家盛望望一見鍾情。
盛望望的前世就是子期。胡柏年和盛望望很快墜入愛河，但戰爭的召喚和國家的危亡讓他在訓練結束後就回國加入抗日戰爭。回國前，盛望望苦苦勸說胡柏年，希望他不要捲入危險的戰爭中。
胡柏年不捨戀人，但想到山河破碎，還是選擇回國，兩人大吵。
不久後，已經有孕在身的盛望望思念戀人心切，帶著腹中胎兒不顧家人反對來到中國，想要和胡柏年團聚。就在兩人約定見面的前一天，胡柏年接到秘密飛行任務，在執行任務中被敵機重創，飛入無人區，生死不明。
以為戀人去世，因戀情和家人斷絕關係的盛望望為了平安生子，趕赴香港。
胡柏年墜落的地方是那微瀾僕人的老家，戰爭爆發後，那微瀾就隨老僕到老家避難，那微瀾外出時救下重傷昏迷的胡柏年。
醒來後，胡柏年從廣播得知全家人在戰爭中遇難，悲慟欲絕，有了輕生念頭。那微瀾想以古琴音激勵胡柏年，當那微瀾的古琴聲第一次響起，胡柏年大哭，他好像認出了前世故人，不再尋死。
康復後，胡柏年加入地下工作，不能與盛望望聯絡，直到抗日戰爭結束，才和已經是知名鋼琴家的盛望望有了書信往來。盛望望也和自己的家族恢復了聯絡。
由於盛望望家族和美國政府有千絲萬縷的關係，解放戰爭後，胡柏年和盛望望再次中斷聯絡，胡柏年和陪伴自己十年的那微瀾結婚。
1997年，80歲的盛望望作為重大盛典的鋼琴獨奏表演嘉賓來到中國演出，在觀看演出後的採訪後，胡柏年才知道，盛望望一生未嫁，和獨子共同生活。
80歲的胡柏年取出在20年前已經故去的老伴那微瀾的古琴，撫琴一曲，說：“微瀾啊，我們一起去見她。”
2019年，胡柏年和盛望望的結婚十年音樂會在那微瀾的故居舉行，二人合奏共創的《雙琴曲》，鋼琴和古琴同聲相應，雙琴的共鳴彷彿是在述說三個老人間的故事。
