亨利在法律上取得的成功比他在教會上取得的成功要大。他與教會的關係一直動盪不安,最後以悲劇性地謀殺坎特伯雷大主教托馬斯·貝克特而告終。但是,僅僅把這種爭論看作是兩個高傲的、有強烈感情的人之間的個人爭吵,這會是一種嚴重的錯誤,因為個人爭吵的背後是一種根本性的政治糾紛。

亨利想恢復斯蒂芬統治時期失去的國家對教會控制權。在那些混亂的年代,在教會案件上向羅馬提出上訴變得屢見不鮮了。主教和修道院長的選舉由王室控制,教會法庭把審判權延伸到了契約和債務案件上來,並要求得到審判和懲罰被指控犯罪牧師的特有權力。而且,這些行徑正在受到教會法的庇護,並得到具有侵略性的、主張革新的教皇君主制的支援。格列高利七世及其繼承者建立了一個強大的、充滿自信的羅馬教廷,決心保護教會的獨立性。

為了幫助恢復這些權力,1162年,亨利二世任命他的大法官托馬斯·貝克特為坎特伯雷大主教。在亨利的統治中,這是一個最大的錯誤。貝克特是一個魯昂(Rouen)商人的兒子,他的父親定居於倫敦,貝克特成了城鎮居民,英國偉大人物最初都是這樣的。貝克特在城鎮中一個法語學校上學,之後進入了西奧博爾德大主教的府邸,成為了著名學者的門徒。但是,貝克特不是學者;他是一位實幹家,是一位精力充沛的管理者,也是一位令人愜意的夥伴。

同時他虛榮心強,穿著奢侈,而且被權力和成功的慾望所驅使。亨利看到了貝克特的偉大才能,便在1144年任命他為大法官。令西奧博爾德大主教吃驚又痛苦的是,作為大法官的貝克特維護國家的利益,而不維護教會的利益。貝克特成為了國王的好朋友,為國王組建法庭,為亨利作宣傳,並在所有關於教會的辯論中支援亨利。亨利認為這樣的人在教會的領導方面必將有用,因此便在西奧博爾德死後任命貝克特為大主教。

作為大法官,貝克特是國王真實的奴僕。作為主教,他成了教會的保護者。貝克特在任何事務上都反對國王,甚至在世俗的事件上。然而,這種以貝克特被謀殺而結束的爭辯涉及對犯罪牧師的審判問題。

對犯罪牧師的審判是一個嚴重的問題,因為在12世紀,次級神品 (minor orders)中的大多數人都被算作是牧師。因為教會法庭不能流血,也因為教會法庭只有為數不多的監獄,所以有罪的牧師經常逃避嚴重的懲罰。大多數情況下,有罪的牧師會被判降職,通常他們只需進行自我懲罰。這種豁免權使一些名聲不好的人進入了教會。1163年,紐伯格的威廉(William of Newburg)估計,1154年以來牧師所犯的謀殺罪超過1起。1163年10月,在威斯敏斯特的一次會議上,亨利宣佈他有權對在教會法庭中被發現犯罪的牧師進行懲罰。貝克特最初拒絕同意這種提議。貝克特拒絕了,確切地說,他一直到教皇(他不希望在與神聖羅馬帝國爭論時激怒亨利二世)迫使貝克特服從時才接受的。大主教因此同意了亨利的提議。

後來,亨利在編寫亨利一世統治時期的慣例時犯了錯誤,這種慣例如果是未成文的,貝克特和主教們尚能接受。在克拉倫登宗教會議上,亨利起草了一系列提議,被稱作《克拉倫登約章》(Constitution of Clarenton)。《克拉倫登約章》禁止在沒有得到王室同意的情況下向羅馬提出上訴,要求把債務上的訴訟留給王室法庭來處理,否認教皇不經國王許可就把國王的封臣和官員逐出教會的權力,並提議被教會法庭發現犯罪的牧師應被轉交至王室法庭接受懲罰。

貝克特立即大叫起來,他認為最後的提議意味著“雙重懲罰"。然而,貝克特非常莫名其妙地接受了它,更確切地說,他直到教皇對他進行了譴責之時才接受的。後來,貝克特懺悔他的行為,轉變了他的立場,反對《克拉倫登約章》。

被激怒的、懷有報復心理的亨利把貝克特召集到北安普敦 (Northampton)宗教會議上接受審判,這不僅為了在延期審判的關於坎特伯雷佔有土地問題上的爭議進行審理,也為了貝克特作為大法官時沒有清算他經手的錢財進行審判。在第一種案件上,貝克特接受了法庭的判決,但否認他必須解釋那些錢財,因為他被召喚來此僅是為了回答土地問題。之後,貝克特禁止主教們在會議上坐著對他進行宣判。

後來,亨利指示審判官以任何方式進行判決。那天晚上,貝克特逃離去了法國,在那裡他度過了6年的放逐生涯。國王和主教間劃清界限的真正爭論既不是關於土地問題上的爭論,也不是在金錢上的辯解,而是在《克拉倫登約章》上的爭辯。在那些引起很多爭論的問題上,權力是雙方爭奪的實質。透過頒佈約章,亨利維護王室傳統;透過反對約章,貝克特維護教會的法律。

英國詩篇中所描繪的在坎特伯雷謀殺托馬斯·貝克特;這幅圖畫揭示了1-年以來在盔甲上發生的變化:平頂的頭盔延伸到保護雙手和前臂的鎖子甲,以及覆蓋雙腿的盔甲 (The British Museum, 小 don The British Library Ltd)。

1170年,托馬斯·貝克特一直被流放。在這段時間內,個新的爭論使他和亨利之間的關係更加惡化。為確保亨利的長子和平繼承王位,亨利在他活著的時候把王位傳給亨利王子。因為坎特伯雷大主教在流放中,亨利讓約克大主教和六個主教履行加冕儀式。貝克特對此極為憤怒,因為為國王加冕是坎特伯雷大主教的職責。貝克特迅即得到了教皇的許可把那些參與加冕的人逐出教會。

可能為了防止大主教和教皇把英國置於禁令之下,即禁止所有宗教活動,亨利便與貝克特會晤。對於使他們產生分歧的爭論,他們無話可說,只是貝克特被允許返回坎特伯雷。1170年12月,貝克特回到了坎特伯雷。之後,透過把為亨利王子加冕的主教逐出教會,貝克特加劇了這種爭吵。這些被貝克特逐出教會的主教中有三個人和國王一起在諾曼底。他們對貝克特行為的報告讓亨利惱怒至極。據說,亨利言道:“難道就沒有人使我擺脫這個騷亂不安的教士嗎?”國王宮廷的四個騎士未等國王的怒火平息,便匆忙來到英國。他們在大教堂的北耳堂,在唱詩班的附近,找到了貝克特大主教。在那裡,他們用劍殺死了貝克特。

在12世紀,沒有任何一件事能如此深深震撼基督教世界了。這不僅是一種謀殺,也是對教堂庇護犯人特權的侵犯。兩年之內,教皇正式宣佈托馬斯·貝克特為聖徒。對聖托馬斯的膜拜迅速興起了:他的墳墓上出現了不可思議的事,遇難的場景被繪在彩色玻璃上,坎特伯雷成為歐洲偉大的聖地之一。教皇對亨利二世進行了許多懲罰:亨利二世要派2名騎士保衛耶路撒冷,要建立3座修道院,並補償那些支援大主教而遭受痛苦的人。

更重要的是,在和教皇商議《克拉倫登約章》上,駭人聽聞的謀殺事件削弱了亨利的優勢。此時,亨利二世在幾個關鍵問題上作出了讓步。他同意不再阻擋英國人向羅馬教廷上訴。他允許牧師不經國王同意可以擅自離開英國。他同意教皇的詔書(命令)可以不經他的許可進人王國境內。最為重要的是,亨利二世同意犯罪的牧師應在教會法庭中接受審判和進行判決,儘管這些犯罪牧師必須首先在王室法庭中證明他們的身份是牧師。然而,亨利沒有在任何事情上都退卻。他有權同意主教把他的直屬封臣逐出教會,至111關重要的是,他控制了主教和修道院院長的選舉權。一就像國王提名的候選人被選舉一樣,一這些主教和修道院院長的選舉是“自由的”。

正如在給溫切斯特大教堂教士會的令狀中寫道:

"亨利,英國人及其教會的國王,向忠誠的溫切斯特教堂的教士致以問候。我命令你們進行自由選舉,但我禁止你們選舉除了理查以外的任何人作為我的屬下艹普瓦提埃(Poitiers〗,副主教。"

亨利統治的不僅僅是一個王國,而是一個帝國。帝國的版圖從蘇格蘭邊境延伸到了比利牛斯山脈(Pyrenees)的山麓小丘。實際上,亨利是一位法國王子,他出生在法國,也埋葬於法國。在他作為英國國王的34年中,亨利有21年留居法國。亨利從他父親那裡繼承了安茹公國、緬因(Maine)、以及都蘭(Touraine);從他母親那裡,亨利繼承了諾曼底和英國。透過與阿基坦的埃莉諾(Eleanor of Aquitaine) 結婚,亨利得到了阿基坦、普瓦圖(Poitou)、還有奧弗涅(Auvergne)。

在他統治的前10年,透過婚姻、外交、詐騙和逼迫,亨利二世把維克辛和布列塔尼(Brittany)並人了帝國版圖。作為英國國王和半個法蘭西的統治者,亨利無疑是歐洲最大的君主,但是,這些迥然不同的土地並未由一個行政中心把它們統治在一起。而且,亨利以法國國王封臣的身份統治在歐洲的土地。這是亨利個人的帝國,它的存在依賴於亨利自己的精力和統治技巧。只有亨利本人的來往穿梭才使得帝國保持一體,正因為如此,亨利在南安普敦保留了一支常備快速艦隊。這便是他過人的精力和雄心,甚至他計劃取代在義大利的神聖羅馬帝國。但是,亨利宏偉的計劃被他兒子的叛亂所阻止。

亨利二世給他的兒子亨利、理查、傑弗裡和約翰授予頭銜和土地,但他的兒子們幾乎沒有收人和實權。在這種監護的摩擦下,在他們母親(漂亮的、有強烈感情的、固執己見的埃莉諾,因亨利對她不忠而憤怒不已)的激勵下,以及在法國國王路易七世的支援下,亨利的兒子們在1173年夏天興兵反叛。這是亨利統治時期最為嚴重的危機。儘管叛亂的範圍很大,但是叛亂者沒有把他們的行動配合起來。7月,諾曼底開始叛亂。8月,叛亂擴充套件到了布列塔尼,之後又擴充套件到了英國。在英國萊斯特伯爵率領一支佛蘭德人(Flemings)的人侵勢力。

最後,在1174年春,蘇格蘭國王率眾人侵英國。然而,透過迅速的軍事行動一一一這種軍事行動令法國國王震驚,亨利逐一鎮壓了各種叛亂。在鎮壓叛亂中,他得到了教會、忠誠的官員、城鎮、以及鄉村中有地產者的大力支援。約克郡長擊敗並俘虜了蘇格蘭國王。亨利對他的兒子示以仁慈之心,對叛亂者進行大赦,但亨利沒有放棄實際的權力,而且他拆毀了叛亂者的城堡。從1175年到1182年,安茹帝國處於鼎盛時期。然而,維持帝國統一的工作沒有結束。

1180年,法國國王路易七世去世,繼位的是一位更為殘酷無情和手腕高明的國王一一腓力,奧古斯塔斯(Philip Augustus)。當時,腓力和理查結為同盟,理查因小亨利死後便成了長子。理查對他父親計劃把繼承權傳給他的弟弟約翰而深表痛恨。1188年11月18日,力腓力私下請求亨利承認理查為他(亨利)的合法繼承人。亨利沒有應允。之後,理查向腓力跪拜,並將所有在法蘭西的土地獻給法王以示效忠。這種做法引起了戰火。在這次戰鬥中,亨利甚至被約翰所仍棄,遭到了失敗。1189年7月6日,亨利二世去世,理查繼承了亨利的全部領土,保全了安茹帝國。