德川政權為日本提供了200多年的國內安定，然而在這段時間內缺乏明顯的關鍵性事件，這給歷史學家的分析帶來了困擾。對德川政治史的傳統處理方法是以將軍為中心，集中關注幕府如何鞏固其統治，並超越當時社會和經濟變革。結果，歷史被描繪成一個日益衰敗的時代，由一系列小潰敗和小振興構成，最終不可避免地走向衰亡。儘管這種分期方法具有啟發性，但它與政治過程的動力並不完全相符，尤其是如果特別關注幕藩制度內部的機構增長和結構變化。
德川家族內部的遞嬗歷史應該被視為武士領導下政府發展的一方面。最初的三代將軍，家康（在位：1603–1616年）、秀忠（在位：1616–1623年）和家光（在位：1623–1651年）被認為是強有力的統治者。他們集中精力鞏固幕府，並完善了統治機構。然而，接下來的四代將軍，家綱（在位：1651–1680年）、綱吉（在位：1680–1709年）、家宣（在位：1709–1712年）和家繼（在位：1713–1716年）則相對較弱。他們繼承了太平盛世，無需過多關注國家大事。一些批評者指責他們將過多權力交給受到私人扈從寵信的人。例如，在大老崛田正俊於1684年在朝房中被暗殺後，綱吉完全透過老中的會議以柳澤吉保（1658–1714年）傳遞資訊和指令。柳澤是一個因得到將軍寵愛而迅速晉升為幕府高官的小侍臣。將軍的興趣逐漸轉向文化追求和宗教儀式。
綱吉的行政鬆懈和揮霍無度的開支被認為是幕府陷入困境的原因之一。在他的時代，政府財政枯竭，不得不實行貨幣貶值的政策。到了晚年，由於受到佛教影響，頒佈了禁止殺生的法令，給日本人民帶來了痛苦。綱吉本人是一個充滿活力的人，他的個性使得幕府成為日本政治舞臺的中心。然而，他反覆無常的政策使日本人失去了對德川幕府的信心。他的繼任者在位時間較短，也沒有突出的領導才能。
第八代將軍吉宗（在位：1716–1745年，逝世於1751年）出生於德川家族的紀伊房。當他成為將軍時，已經是一個成熟的大名。他迅速親自掌握了幕府的個人指揮權，並著手進行一系列激烈的改革，被稱為享保改革。他的政策使傳統的改革具體化，德川統治者不時使用這些改革來應對政治和經濟上的困難。當時，最困擾幕府和家臣的問題是經濟，幕府的庫存空虛，武士們陷入負債。吉宗的做法是減少支出並限制商業活動。他發出強烈的呼籲，要求政府節約，個人樸素（他自己大幅減少了幕府的開支）。他頒佈了許多道德上的指令，規勸武士們恢復尚武精神，行政上要廉潔正直，併為各階層制定了反對奢侈的規定。在經濟政策方面，他傾向於使用硬通貨和土地均分論。他的新措施之一是重新鑄造貨幣，將貨幣恢復到綱吉時期的純度。為了穩定米價，他開始對糧食交易實行限制。他減少了大名參拜的次數，並對大名的封地收稅，以償還將軍御家人和旗本的債務。在農業方面，他鼓勵開墾和種植新作物。同時，他對農業稅提出了更加嚴格、硬性的徵收辦法，規定每年的稅款數目而不再根據收成的好壞而伸縮。他對改進政府職能的興趣表現在一些特殊的行政辦法上，包括1721年開始的五年一次的人口普查和1742年對幕府法令進行法典化。
儘管吉宗的改革在設想和實施上都是有魄力的，但在他逝世之前，他已經看到自己的努力大部分都落了空，有些改革反而使他試圖補救的情況變得更糟。他的硬幣政策和擴大稻米生產大大貶值了米價，對將軍的家臣的經濟狀況造成了極大的不利影響，因為他們是以定量的大米領取薪俸的。他的經濟政策不受商人歡迎，因為他們受到各種專橫的限制；農民也不歡迎，因為他們更多地受到了嚴苛的稅收制度的壓榨。
後來的兩位將軍，家重（在位：1745–1760年）和家治（在位：1760–1786年），對幕府的實際行政事務不太過問。家重體質孱弱，只能依賴他的老中大岡中光作為代言人。而家治很快就受到他的老中田沼意次（1719–1788年）的控制。田沼聰明絕頂，因得恩寵而由一名小官吏升為大名，並以異端政策聞名。與吉宗試圖透過限制商業來解決財政困境不同，田沼則採取相反的道路。在他的治理下，幕府公開鼓勵商業活動，透過給商會頒發特許證徵稅，或設立半官方的壟斷專賣處。為了資助負債的大名，甚至設立了集體基金，而這些基金的資金是透過強行向商家募集而來的。他還開始鑄造銀幣以增加貨幣量，這是在此之前未經鑄造的散碎銀子。長崎的對外貿易也得到了鼓勵，並透過出口北海道的水產品擴大了規模。田沼甚至考慮將北方島嶼殖民化，並與俄羅斯開展貿易。
然而，田沼的政策從未得到系統地實施，也沒有得到合法化。回顧歷史，他的政策可能被認為具有一定的“進步”意義，因為它們旨在利用商人來擴大幕府的財政。然而，他的政策也導致了幕府的財政和國家局勢的不穩定，使他在世時成為引發主要騷亂的元兇。在他執政的最後幾年，天災、饑饉和農民暴動不斷。家治一死，他立即蒙受恥辱，其封地和榮譽被剝奪殆盡。
第11位將軍家斉（在位：1787–1837年，逝世於1841年）是德川家在位時間最長的一位。在他的統治下，存在著兩個不同的幕府政策和情況。1787年到1793年，幕府政策由松平定信（1758–1834年）掌握。定信是吉宗的孫子，因為家斉尚未成年，他作為將軍的顧問，強烈反對田沼的政策。一上任就開始了激烈的改革，被歷史學家稱為寬政時代。定信採取了“回到吉宗”的口號。他的政策大部分是消極的，強調縮減經濟和限制商業。一些政策可能在短期內對幕府財政和御家人、旗本有利，但他試圖限制商業經濟的努力未見功效，從長遠來看對武士階級的經濟地位是有害的。
1793年，家斉年長，定信退位，將軍一切由自己主持。在接下來的幾十年裡，幕府政策似乎放鬆得多，不再強調緊縮經濟或限制商業活動，將軍自己也比較隨便地花錢。結果，幕府的政治經濟受到損害，國家的經濟和文化在短期內得到了發展。隨著商人的財富日益增長，城鄉貧民仍然貧困。德川社會開始出現新的危險形勢。
19世紀30年代，德川日本再次面臨危機，上層是經濟破產，底層是人民對貧困的反應。農村連年饑荒，德川統轄區域的人民情緒達到了爆發的邊緣，農民的騷動也日益加劇。1837年，大阪城的一名小官吏大鹽平八郎（1792–1837年）深受城市貧民悲慘境遇的感動，發動武裝進攻大阪城。他試圖奪取城市，以便將財富分給貧民。儘管他的叛亂很快被平定，但這場事件震驚了幕府和全國，人們意識到危機的存在。與此同時，英美船隻在日本海域出現，引發了對外來干涉的擔憂。家斉逝世後，第12代將軍家慶（1837–1853年在位，逝世於1913年）即位，幕府進行了最後的努力但未成功的改革。這次改革是由天保時代的水野忠邦（1793–1851年）領導的，將在以後的章節中詳細討論。水野和他的兩位前任一樣，堅持實行緊縮政策並
限制幕府對經濟的管制，但他也未能取得成功。到19世紀50年代，幕府的問題更多地變成了政治而非經濟的問題。在外部壓力下，德川權力結構逐漸解體，從1853年到1867年期間有三位將軍：家定（1853–1858年）、家茂（1858–1866年）和慶喜（1866–1867年，死於1913年），幕府就是在他們的統治下滅亡的。
雖然將軍制度的興衰給人一種朝代衰亡的印象，但作為一個政府形式的幕藩制度卻興盛了兩個半世紀以上。作為一個政治制度和管理國家的機構，必須看到它使國家保持瞭如此長時間的安定。儘管表面上是權力鬥爭，但在這場鬥爭下面有更廣闊的激流：政府的發展包含了行政技巧的變化，這是不能簡單地看作是朝代衰亡的跡象的。事實上相反，日本的政治機構正在經歷成熟化的過程，而這一過程對日本後來成為一個現代化國傢俱有重要意義。
在17世紀中葉，德川日本的政府，無論是幕府還是各藩，已經初具規模。然而，要使幕藩制度成熟，還需要半個世紀或更長的時間。在德川統治的第二個半世紀中，政治過程經歷了巨大的變化。行政結構的輪廓已經勾勒出來，但政府的機制、過程和原則仍需明確。發展的路線主要有兩條：第一是將儒家原則應用於官吏的行為，形成了一種被日本人稱為“文治政治”的趨勢；第二是行政辦法和政府職能分工逐漸超越個人，呈現出明顯的官僚主義化傾向。這些變化深刻地影響了武士階級的生活方式、事業型別以及價值觀和動機。當然，德川政府的總體模式也不可避免地受到了影響。
在17世紀初，大多數武士階級是粗俗、缺乏文化的武官。到17世紀末，他們已經轉變為具有相當文化修養、致力於文官政治的有教養階級。隨著武士階級生活方式和工作職能的這一變化，行政權力的使用原則也發生了變化。只要存在軍事威脅，武士可以以軍事專制主義的方式管理國家，全時任戰士、部分時間任行政官。然而，在和平時期，武士無法僅憑武力證明其治理方法的合理性。德川政府因此依賴儒家的倫理原則和道德規勸來統治。
武士的生活受到了明顯的影響。曾經軍事訓練是他們的首要任務，現在要求他們在文事和武功之間保持平衡（文武）。自從16世紀初頒佈“武家諸法度”以來，武士被要求在軍事技術和學問兩方面分配注意力。一系列儒家學者，以山鹿素行（1622–1685年）為首，闡述了相同的原則：武士是社會領袖，他們的責任是以身作則地保護、管理並領導人民。武士道必須將兩種根本不同的價值觀融合在一起：作為傳統的軍事行動家和新概念的文質彬彬的領導者。在整個制度中，這兩種概念之間的緊張關係一直存在。武士階級仍然是雙刀階級，而德川政府則繼續其又文又武的職能。然而，在實際操作中，武士的軍事職能降低了，變得更加規範化。儘管武士對失去強大武力感到悲憤，但在實踐中，幕府和大名強調公共法律和國內秩序。
行政機能的擴充套件和德川社會內部封建聯絡的削弱導致了對官僚行政機制日益依賴。在這個過程中，將武士從受封地的諸侯地位變為領薪水的官員（特別是在下級），是和武士最終退出土地的過程密切相關的。將軍對大名的關係，尤其是外樣和親藩，變化不大，他們仍然是封建意義上的諸侯。然而，譜代和旗本之間存在顯著差異，越來越被視為將軍的官員，經常從一個領地調到另一個領地，他們對幕府的重要性取決於其具體官職。將軍的效忠誓言逐漸變得草率，而就職宣誓則變得十分莊重。
