從巧年到1 0年的日本歷史，被稱為基督教世紀，這是按照西方想法定出來的稱呼。雖然在這一時期，基督教傳入日本，並在17世紀的第二個10年裡影響了全國人口的百分之二，但西方人對日本文化的影響相對微薄。這個世紀是日本歷史上的重要一章，主要體現在國內激烈的鬥爭，推動了國家的統一以及基層社會與經濟機構的重建。
16和17世紀的東亞在世界歷史上引起特殊興趣，因為這是歐洲人第一次與中國人和日本人有廣泛接觸的時期，而這兩個東亞大國最初對西方人採取了拒絕態度。需要注意的是，與19世紀的西方接觸不同，16世紀湧入遠東的葡萄牙和西班牙人力有限，在馬來亞和菲律賓建立殖民地相當困難。荷蘭人和英國人在17世紀進入亞洲水域，也沒有充分準備進入中國和日本的貿易，因此在一個半世紀後，中國和日本得以在一定程度上“控制”西方人。葡萄牙人被驅逐出日本，並在中國僅限於小小的澳門殖民地。荷蘭人在日本的長崎建立了一個小規模而有限的貿易港口。中國和日本都恢復了傳統的孤立政策。
歐洲和東亞的首次遭遇如何與19世紀的遭遇有所區別？從西方的角度來看，通常以西方貿易活動的興衰和舊世界殖民大國荷蘭與後來的英國的對抗來解釋。但中國和日本的內部情況也產生了重要影響。不應忽視的是，16世紀東方國家在政府機能和國防武力方面並不遜色於歐洲。葡萄牙早期湧入中國海主要是因為中國和日本內部存在弱點。中國正處於王朝衰亡的最後階段，而日本政治上分裂，正忙於內部鬥爭。一旦這兩個國家恢復了國力，清朝的中國和德川氏的日本都有能力控制自己的邊疆。
1498年，葡萄牙人抵達印度。阿布可克在果阿設立了軍事前哨站和貿易中心，成為葡萄牙在東方活動的中心。一年後，葡萄牙奪取了馬六甲，進入了香料貿易和中國海。據說他們在巧14年就到達了中國。儘管未能從北京朝廷獲得所需的通商租借地，但在巧57年，他們在澳門建立了一個前哨站以便與廣州通商。不久之前，葡萄牙商人於巧43年在九州以南的小島種子島首次與日本人接觸，而西班牙人和荷蘭人則分別在巧92年和16開年抵達日本。
在中國海上，這是混亂而冒險的年代。由於日本和中國官方貿易的破裂，海上盜匪成群。日本人在安南、暹羅和呂宋建立了根據地，涉足了香料貿易市場。中國沿海島嶼成了海盜出沒的場所。日本船隻頻繁襲擊中國海岸，以至於明朝政府不得不將中國中部人民遷往內陸若干英里。在日本貿易中，中國是一個重要的因素，因為日本商人主要透過進口中國的絲綢和黃金來獲取利潤，換取日本的銀和銅。葡萄牙人強行進入這一地區的貿易。
葡萄牙和日本的通商始於巧45年。不久之後，九州的大名們紛紛招攬歐洲人來到自己的港口，不到十年，葡萄牙人基本上將中國商人趕出了日本港口。他們的手法更為積極，機動性更強，船隻也更大。葡萄牙人運往日本的商品新奇，也是一個主要的吸引力。歐洲的火器、絲絨和毛呢等紡織品、玻璃器、鐘錶、菸草和眼鏡引起了日本人極大的興趣。進船的港口時常變化，取決於當地大名的一時興致。鹿兒島似乎沒有什麼吸引力，平戶在巧50年後非常活躍，而福田在1560年後又受到歡迎。巧71年，長崎成為主要港口，成為葡萄牙人在日本的主要中心。
這種貿易對日本的影響是巨大的。首先，它在國家經濟中加重了商業的因素，使大量財富可以透過商業積累，而不是依賴專門掌握土地。商業的發展並非突然發生，九州港口的繁榮活動並非僅僅是葡萄牙人引入的結果。歐洲人給貿易帶來了生機，同時也增加了其破壞性的一面。九州一些較小的大名，相對於其土地規模，提升了聲望，使得日本中部和東部以土地為基礎的大名感到焦慮。這些大名都是在16世紀中葉以後曾以武力領導統一運動的。
在其他顯著的影響中，有兩個值得特別注意。第一個是新武器和新戰術的傳入，另一個是基督教的傳播。日本人對火藥並不陌生，在蒙古人入侵時就已經有所瞭解。曾經遭受中國人和朝鮮人保衛海岸的倭寇，也常常遇到飛彈爆炸的情況。然而，葡萄牙人引入的火繩槍是日本人第一次見到的準確武器，立即對日本戰爭的性質產生了影響。不到十年，日本西部的大名們就紛紛引進西式武器，種子島成了新興大名獲取新武器的重要地點。大友氏顯然是第一個，在巧58年就在戰場上使用了大炮。巧70年後，滑膛槍隊和長矛隊、弓箭手隊一同參與戰爭。到了巧75年，織田信長的3）人滑膛槍隊在一場主要戰爭中擊敗了武田氏。在某種意義上，這標誌著日本戰爭的轉折點，火力的強弱決定了實力，先前能夠抵擋弓箭手和騎兵的小山上堡壘，現在都在滑膛槍和大炮的射程之內。大名們不得不修建巨大的城堡、長長的城垛和護城河，以保護他們的軍隊。只有最富資源的大名才能倖存下來，滑膛槍的引入大概提前了這個國家最終統一的時間。
基督教在16世紀對日本的影響主要是耶穌會傳教士努力的結果。巧39年，耶穌會成立，十年後，其創始人之一沙勿略就開始在日本傳教。這顯示了歐洲教會活動的巨大生命力。沙勿略（巧06一巧52 年）於巧42年抵達果阿，但印度人對他的教義反應冷淡。在失望之餘，他在一個日本的乘船逃難者彌次郎的帶領下，來到了日本。到了巧49年，他來到鹿兒島，在這裡受到大名的歡迎，因為大名認為如果允許沙勿略傳教，將來就可以通商。然而，在一年之內，沙勿略被趕出了薩摩，只得遷到平戶。從平戶，他經過博多和山口到達京都。他希望能從足利將軍處得到傳教的許可，但在這裡他沒有成功，於是他經過鎅，回到九州。他在山口建立了第一座教堂，並得到了大內和大友兩大家族的支援。到了巧51年，他離開日本，希望能夠到中國傳教，但在巧52年，他在廣州附近逝世。
沙勿略在日本短短的兩年旅行中，為耶穌會在全日本最大的傳教成功奠定了基礎。然而，他和他的後繼者在向日本人傳達基督教教義方面遇到了不可逾越的困難。使日本人理解基督教教義非常困難，這一障礙在許多年內使得基督教無法取得有意義的感染力，除非透過個人行為和榜樣。
日本人稱葡萄牙人和義大利人為"南蠻"，意指他們是來自南海的野蠻人。最初，日本人將基督教看作是佛教的一種變體。然而，日本人仍然被這些遠方來者所吸引，他們的坦率、果斷、絕對忠誠和有力的性格在戰亂的年代裡顯得有吸引力，尤其是在佛教僧侶表現為實利主義者並腐敗的時候。
傳教士們也是有學問的人，他們帶來了一種新文化的知識。沙勿略原本計劃透過影響尋常百姓來傳播教義，但很快發現應該感染統治階級，以歐洲的物質文明作為宗教教義的外衣。因此，伴隨傳教士而來的是貿易，並且在大名接見時，傳教士們獻上了珍奇禮品。一些九州的大名，主要是為了通商而接受這個新宗教，有的甚至命令所有臣民皈依。在巧59年，神父加斯帕．威勒拉抵達京都，將這個首都建設成為基督教活動的第二中心。一度，耶穌會得到織田信長的積極支援，他是日本幾個重要軍事領袖之一。
三個九州的大名為基督教提供了最引人注目的支援。在巧70年，大村純忠開闢了長崎港口，允許耶穌會在那裡修建教堂，並在巧80年將這個城市的管理交給了教會。在巧63年成為基督徒後，他下令整個領地也照樣實行基督教。有馬晴信、大友義鎮（更以佛教教名宗麟見知）和大村純忠形成了所謂的三個基督教大名。在巧82年，他們派遣了一個由四名日本基督徒組成的使團，乘坐葡萄牙的三桅船前往羅馬教廷。使團成員包括伊東曼巧、千千石彌圭、中浦朱里奧和原馬丁，他們經過澳門、葡屬印度和好望角到達里斯本，巧90年返回日本。1613年，伊達正宗則用西班牙大帆船遣送了一個類似的使團，透過太平洋到達墨西哥的阿卡普爾科，再經過大西洋到達西班牙和義大利。
然而，日本領袖對容忍外國宗教的態度已經開始發生變化。隨著統一和鞏固的浪潮席捲全國，歡迎西方商人和傳教士的開放態勢逐漸消失。在1587年之前，基督教是不受壓制的，直到巧97年才出現第一個殉道士。1612年以後，德川政府以殘酷的決心和大量的生命犧牲開始消滅基督教。在接下來的數十年裡，外貿仍然得到鼓勵，但是在嚴格的限制下，而中央領導也嫉妒地禁止九州的大名透過外貿致富。到1610年，日本已經採用了閉關自守和壓制基督教的刻板政策。
